在工商银行系统完成改造的同时，支付宝自身的系统升级也迎来了攻坚的时刻。
当时支付宝主要分为财务和技术两条线，老苗领衔技术这条线，他的工作任务是满足整个产品链上买家和卖家的需求，使淘宝的交易过程能顺畅地完成，同时他还负责解决进出两条线的资金核算与对账等问题。那时，阿里巴巴B2B业务一天有一千多笔收入，对账的工作已经让员工焦头烂额了，但支付宝是10万甚至20万笔交易，仅打印出来的账单就很长，老苗每天对账直到很晚。当时支付宝的技术人员只有老苗一个人，他不分昼夜地开发，但活儿依然做不完，好在淘宝有外包的技术团队在协同，这分担了他的一部分工作。
2004年下半年，随着淘宝交易量的迅速提升，原本简单的PHP+MySQL的架构已经捉襟见肘，需要用新的架构和系统来代替，阿里巴巴集团在集结内部最强技术力量的同时，还请了外部的合作伙伴SUN公司。当时SUN公司也聚集了一批资深的架构师，这个外包的技术团队，在做淘宝网新架构项目的同时，也在为支付宝做基础平台的搭建工作。
有意思的是，这个项目中的很多人后来加入了支付宝。比如，当时项目总架构师是SUN公司的李静明，他后来一度担任支付宝的CTO。在SUN公司的外包团队中，还有一位来自上海交通大学的在读博士程立（花名“鲁肃”），他正是在这个项目之后，放弃了在读的博士学位，加入了支付宝。现在他是蚂蚁金服CTO和阿里巴巴集团的合伙人。
这个项目耗时很长，一共做了三期。第一期和第二期做淘宝网，这两期把淘宝网的新架构建了起来，第三期做支付宝。程立在做完前两期后，开始协助老苗一起做支付宝。当时，他和老苗一起为这个系统写下了四千多行代码。
那时，很多淘宝网的用户都希望尽快使用新系统，程立还记得，当时有一个淘宝用户在论坛里面发帖说：“冰天雪地，360度裸身跪求支付宝上线。”
经过几个月的紧张开发，2004年12月29日，支付宝独立的会员账户体系终于上线，然而系统刚上线却遭遇“难产”，几经周折才发布成功，发布的时候已经是清晨，多日劳累的老苗终于能睡一会儿了。那天，杭州正好下了一场大雪，在杭州这个不经常下雪的城市，很多人都记得那场雪格外大。
后来，陆兆禧回忆起这段往事时，不无感慨地说：“当时能够挺过来，最重要的是因为大家相信这件事情能做成，就坚持熬过来了，熬到最后系统准备好了，以往的问题就不是问题了，我们又开始面临新的问题。”
“事情就是这样做出来的。”陆兆禧说。