在这种氛围下，股东各方就支付宝的股权结构的谈判持续了三年，但一直没有结果。马云说，每当谈到支付宝问题时，孙正义就以“下一分钟要走”等为借口逃避。孙正义所逃避的是对支付宝股权结构的调整，当然这也是一种增加筹码的谈判艺术，这位被马云说成“能从蚊子身上找肉”的谈判高手，不会轻易亮出自己的底牌，他要在谈判中使自己的利益最大化。在涉及支付宝的股权谈判中，孙正义只是谈判的一方，另一方雅虎CEO卡罗尔·巴茨也在谈判中组建了一个超过20人的强大律师团。
三方都需要找到一个各自可以接受的利益平衡点。2011年7月29日晚，在进行了多个回合的谈判之后，补偿谈判终于落下帷幕。阿里巴巴集团、雅虎和软银三方就支付宝股权转让事件正式签署了一份框架协议。
在与阿里巴巴集团股东达成补偿协议之后，支付宝的股权事件在2013年末终于尘埃落定。2013年11月1日，支付宝通过官微公开了自己新的股权架构：员工持股40%，阿里巴巴的员工人人有份，马云个人持股不超过7.3%，而另外60%将引入机构投资者。
此后，在经历几次内部组织架构调整后，2013年，支付宝的母公司——浙江阿里巴巴电子商务有限公司，宣布将以其为主体筹建小微金融服务集团。除了支付宝，以阿里小贷为主要业务的阿里金融，也被合并进入筹备中小微金服集团。一年之后的2014年末，这家筹建中的小微金融服务集团最终被命名为“蚂蚁金融服务集团”，简称“蚂蚁金服”。“蚂蚁金服”在设立后，迅速开始了融资上市之旅。
2014年8月13日，阿里巴巴集团在上市前夕，曾修改招股说明书，力图再次厘清阿里巴巴和支付宝之间的关系。更新的招股说明书显示，阿里巴巴董事会、软银、雅虎、蚂蚁金服在上述框架协议的基础上通过了新的协议。
根据这份协议，阿里巴巴集团有权永久要求蚂蚁金服每年支付税前利润的37.5%。在蚂蚁金服中国合格IPO时（首次公开发行的估值超过250亿美元，融资金额超过20亿美元），阿里巴巴有权选择继续要求蚂蚁金服每年支付税前利润的37.5%，或者终止“利润分享”权利，改为要求蚂蚁金服一次性支付费用，金额为IPO时蚂蚁金服37.5%股权的总价值（应不低于250亿美元×37.5%=93.75亿美元），或者取得蚂蚁金服IPO时33%的股权。
如果按照蚂蚁金服500亿美元的估值计算，假如阿里巴巴集团选择要求蚂蚁金服支付一次性费用，蚂蚁金服给阿里巴巴集团的补偿就达到了187.5亿美元，可谓天价。
支付宝私有化事件可谓支付宝历史上一次重要的事件。2010年支付宝私有化事件刚刚曝光时，媒体和评论界有许多负面的看法。若干年后，我们再看这件事情时，恐怕会对马云和管理团队抱有更多的理解。
首先，在马云刚刚决定成立支付宝时，他就料到进入金融领域会面临很大的政策风险，所以才有“去坐牢”的心理准备。而当支付宝的业务初见规模之时，特别是要拿到支付牌照时，就更不能出任何的差池，因为这是中国几十年来第一次向民营机构发放准金融牌照，任何人都知道这张牌照的价值。虽然孙正义所说的其他没有斩断VIE结构的公司最后也拿到了牌照，但是在逻辑上并不能推导出监管机构也没有对支付宝做出类似的要求。所以，从公司管理层角度看，基于万无一失的考虑，果断地斩断VIE结构是情有可原的事情。任何一个理性的公司管理者都有可能做出同样的决定。
其次，支付宝公司在逐渐壮大的同时，作为生产要素之一的资本，其稀缺程度在不断降低，反而创业团队的影响力，即人力资本的权重在逐步增加，在这样的情况下，客观上必然需要在股权结构上有相应的反应。如果这时没有灵活地调整股权结构，那么对公司的发展以及创业团队的积极性都会有所影响。
从这几年支付宝和蚂蚁金服的发展来看，这家公司已经成为炙手可热的“独角兽”公司，其在资本市场的估值令人瞠目结舌。从这个角度看，达成这个补偿协议，对于雅虎和软银来说是十分划算的，支付宝之后几年的发展必会远远超出人们的想象。
[1] ［美］波特·埃里斯曼.阿里传［M］.北京：中信出版社，2015：66.
[2] 关于资本和创业者的关系，罗辑思维创始人罗振宇在他2015年跨年演讲“时间的朋友”中，借用生物学中“两性繁殖”来比喻。一个理想状态下的假设是，在商业社会没有资本介入的时候，任何商业经营主体，好比“寒武纪”之前“孤雌繁殖”的生物体，“孤雌繁殖”很难适应剧烈的环境变化，后来进化出了“两性繁殖”，因为每当雄性和雌性结合的时候，就有可能让生物形成更多适应性。罗振宇指出，资本就好比“孤雌繁殖”中分化出来的一支，和创业者进行媾和，在瞬间积聚力量，给原本“孤雌繁殖”的商业个体带来多样性。罗振宇指出，在资本和创业者之间关系的天平，会越来越倾向于创业者，因为资本好像提供精子的雄性，是一瞬间的用力，而创业者好比雌性，需要每天持续努力“将孩子拉扯大”，因此只要创业者能把公司做好，就有与资本进一步谈判的筹码。