公元17世纪中叶，格鲁派与觉囊、嘎举等教派不断斗争，特别是与嘎举之间的斗争。年轻的五世达赖喇嘛洛桑加措在固始汗统帅的蒙古军的支持下，不惜用武力流血残酷地镇压其他宗教派系，有效振兴了格鲁派，并扩大了格鲁派的势力范围，建立了政教合一的甘丹颇章政权，成为藏传佛教最大的宗教首领。现在拉萨周边的大寺院甘丹寺、色拉寺和哲蚌寺都属于格鲁派俗称黄教的寺院。但自从兴建大昭寺后，拉萨作为西藏的宗教中心，还隐藏着诸多小寺院，有些寺庙一度声名远扬，有些充满了神秘的味道。
哲蚌寺山下面的乃穷寺是拉萨最神秘的地方之一。很多去过哲蚌寺的人都会把这座小寺忽略掉，其实在现代的西藏历史中，这座宁玛派的小寺院的地位十分重要，乃琼寺的降神师多次灵验地占卜凶吉，指点迷津。过去，乃穷寺由乃穷神巫主持。乃穷神巫是五世达赖喇嘛指派为噶厦政府的首席宣谕神。在噶厦政府（200多年前建立的制度，由达赖喇嘛任命的三俗一僧四成员组成，呈文给司伦，司伦再附上意见交达赖喇嘛批示）的系统中，每遇到重要的事情，都要听取神谕，而乃穷神巫就是藏传佛教最重要的保护神之一——白哈尔的代言人。乃穷寺主供的白哈尔是最重要的世间护法神。
传说，桑耶寺建成后，莲花生大师请白哈尔做了桑耶寺的保护神，在桑耶寺度过了700年后，白哈尔搬到蔡公堂寺，却与寺庙住持祥喇嘛（蔡巴噶举的创始人）不和。建寺时，祥喇嘛叫画工不要在壁画里画白哈尔的形象。白哈尔非常愤怒，变成一个帮画工干活的小帮手，设计让画工在壁画上画了一只手持燃香的猴子。深夜，白哈尔变成了壁画中的猴子，用燃香将寺庙付之一炬。震怒的祥喇嘛用十字网纹灵器将白哈尔捕获，装进木箱抛入拉萨河。木箱顺水流经哲蚌寺时，被一名喇嘛捞出，掀开箱盖，白哈尔趁此变成了一只白鸽子，飞到附近的一棵桦树上消失了，于是，为祭白哈尔大神建了一座小寺于树林中，称为“乃穷寺”。五世达赖喇嘛本人对宁玛派很尊重，使得小庙被扩建成现在的规模，白哈尔也被格鲁派尊为世界护法神的主神。每遇战争、王室变故、活佛转世等大事件，历代达赖喇嘛都要请乃琼寺的降神师预测。
印度人萨拉物·钱德拉·达斯根据他1881年的西藏之行而写的《拉萨及西藏中部旅行记》中，就有关于乃琼寺的降神师的记录：1876年，十二世达赖喇嘛成烈嘉措圆寂一周年之后，摄政和三大寺的堪布（主持）向乃琼寺的降神师问讯有关达赖喇嘛的转世灵童一事，降神师宣布，只有道德极为高尚的僧人才会发现达赖喇嘛的转世。降神师又要求超自然力量指出谁是大喇嘛的发现者，回条是甘丹寺的夏孜堪布，神谥进一步指出，他应该去曲科甲，因为灵童将在工布附近被发现。最后的结果正如降神师所示。
拂去传说的痕迹，真实的乃琼寺更是一座绘画艺术的殿堂。乃琼寺与建于1671年的山南的敏珠林寺属于同时代，可惜在内乱中大面积壁画被破坏，后来又经俗手补画过，原存只余少部分。乃穷扎仓的壁画就像传说中的巫术色彩，以超然的想象力和精彩卓绝的画技成为近代壁画艺术中最具震撼力的作品。壁画内容表现的主要是密宗宁玛派的神环，绕大院回廊一周，感情强烈又血腥，六扇大门分别画着白、青两色倒挂的巨大人皮，每扇门便是一张人皮，足有三米高，气势非常恢弘。
于小冬在所著的《藏传佛教绘画史》中也写到了乃穷寺的壁画艺术：乃穷扎仓的壁画艺术有着西藏密宗文化独特的神秘魅力，有着宁玛派教法中具苯教特色的恐怖与惨烈之美，在神灵鬼怪的残酷世界中，体现着高原民族对神灵化的大自然无比敬畏的信仰传统。在恐怖的氛围中体现着超越和谐之上的审美境界，也体现了藏传佛教直面死亡，了悟天道的伟大精神，靠着绘画艺术的神圣之功，宗教的力量得以演示和升华。