随着神教的兴起，灵魂被劫持为上帝服务。现在，灵魂变成了寄居在身体里的碎片，人们将其描述为神性的反映，或是将其挣扎着向神性靠近。
新柏拉图主义者，如亚历山大的犹太哲学家斐洛·尤迪厄斯（Philo Judeaus，公元前20/公元前25年—公元50年）和罗马思想家普罗提诺（Plotinus，公元204年—公元270年）都采用了柏拉图思想中更加神秘的部分，将其改造得更适应宗教。斐洛把柏拉图关于人的感觉和理性的划分与希伯来的宗教教义融合在一起，将此作为自己的出发点，构建了一个犹太模式，即肉体注入了一个灵魂，这就是神的一个碎片。但与柏拉图不同，他不相信内省和理性会带来知识。他认为知识只能来自上帝、来自神的启示，人们的灵魂需要做好准备，以便获得知识的礼物，他认为有必要思考并保持与欲望的距离，才能避免身体的冲动。他还认为，启示也会在梦中和静坐中出现，因为这些活动保持了灵魂与肉体世界的距离。普罗提诺看到的灵魂反映的精神本身就是“那一位”的形象。这就给出了我们一个分为三部分的层次结构，顶部是对精神的不完美的成像，而灵魂又不完美地照出了精神像。他教导说，灵魂与一些低劣的东西结合在一起进入了身体中。
柏拉图和新柏拉图关于灵魂的模型都认为，灵魂试图掌控躯体冲动，这一观点立刻为基督教神学所采用。人们只需对此观点做些修改，就成了下面的样子：高尚的灵魂追求虔诚的信仰；肉体则试图将其拖入任性的嬉戏，而只为获得快乐。这种调整是由早期的基督教哲学家荷马（Hippo）和奥古斯丁（Augustine，公元345年—公元430年）完成的。800年后，意大利牧师托马斯·阿奎纳（Thomas Aquinas，1225年—1274年）对亚里士多德的理论进行了同样的调整。但从总体上看，欧洲心理思想发展成果最少的时期就是罗马帝国的衰落时期。那时，人们认为灵魂/思想受上帝的奴役，因此对其做出的任何解释都带有神学的意味。
斯多葛学派
斯多葛学派是一个哲学学派，它开始于希腊哲学家基提翁的芝诺（Zeno of Citium，公元前334年—公元前262年），诞生于公元前3世纪的雅典。斯多葛学派认为，毁灭性的情绪（如仇恨和嫉妒）是由于错误的判断所致，而只有聪明的人才能获得真正的幸福。后来，斯多葛学派还包括罗马哲学家塞内卡·扬格（Seneca the Younger，公元前4年—公元65年）和希腊哲人爱比克泰德（Epictetus，约公元55年—公元135年）等人。