阉党用了四个多月时间，把东林党的标杆人物六君子从肉体上全部灭掉了，用以杀一儆百。就这，他们还嫌不够。为了给阉党恶政搞一套漂亮的包装，魏忠贤还想从理论上做一番“正名”的工作。
他耿耿于怀的，就是要对万历末年以来的“三案”彻底翻案。不把“三案”翻过来，东林党就永远是国家的功臣，那么打击东林党，岂不是证明了自己是坏人？
这个工作，其实在天启四年（1624）十二月就已开始发动。当月，御史周昌晋上了一道疏，攻击东林党在“移宫案”中危言耸听、以移宫而邀功。这只是一个试探。因为要翻“三案”，最麻烦的就是翻“移宫案”，这里面直接牵扯到天启本人。如果说当年驱逐李选侍不对，那就等于说天启不应该亲政，而应让李选侍垂帘听政。这岂不是否定了天启皇权的合法性？
可是天启在政治上基本等于白痴，他的批复，虽然没有否定“移宫案”的定论，但却痛骂杨涟、左光斗等人“向来浊乱朝政”（《明熹宗实录》）。
这个效果，是周昌晋上疏前就预见到了的。他选的时机，正是杨、左刚刚被驱逐的时候，天启对两人的火正大着呢，此疏一上，必然会有这样的批示下来——小臣有时也可以左右皇上。
既然皇上说了，“移宫案”中的大功臣杨、左是一贯胡来，那么翻案就大有希望。
于是，到了天启五年（1625）二月，阉党正式发动了。由御史杨维垣出头，以比较容易翻案的“梃击案”做为突破口，公开翻案。杨维垣说，当年混进宫里棒打太子的张差，分明就是个疯子，跟李选侍无关。这一道疏，天启倒是心领神会，马上批示查处。结果，当年主持此案审查、现任刑部侍郎的王之寀立刻被革职为民。
等到“辽案”爆发，对六君子的逮捕令下达后，魏忠贤认为时机已完全成熟，就决定在“三案”问题上发起总攻。四月初十日，给事中霍维华上疏，要求全盘推翻“梃击”“红丸”“移宫”三案的结论。
霍维华写的这道奏疏，平心而论，逻辑相当严密，即便是强词夺理，也是抓住了“三案”中一些很悬疑的问题大做了一番文章。奏疏把刘一璟、韩爌、孙慎行、张问达、周嘉谟、王之寀、杨涟、左光斗、周朝瑞、袁化中、魏大中、顾大章等全部牵连在内，逐一攻击。
天启患了高度健忘症，移宫时对李选侍的恨与怕已全忘个干净，此时只是恨东林诸人。他看了奏疏，大为赞赏，马上让文书官把它送到内阁，让内阁票拟意见。并且口头传达了他本人的意见，说是：“这本条议一字不差!”要求把刘一璟、韩爌、张问达、孙慎行等五人削籍。
可是这次阉党内阁再次表现出奇怪的态度，他们不仅不赞同，反而认为处理过当，写了揭帖论救，说“若以一疏削五大臣，不论是否削当其罪，亦与陛下优礼大臣之礼相抵触”。
这已经是阉党内阁第二次不配合了，这一次的原因又何在呢？这是因为，所削之人全是退职的重臣，其中有两个还是前阁员。现任内阁兔死狐悲，决不能让皇上开这个口子，否则说不定哪一天自己也会同样倒霉。
这是官场惯例压倒了党派利益。从这一点看，阉党也和东林党一样，并不是个组织严密的团体，而不过就是一伙利益、观点相近的官员罢了。他们的步调，并不总是完全一致。
天启见拗不过这帮大臣，就降旨对刘一璟等人“姑不深究”，下令把霍维华的这道奏疏交付史馆，如实记载。此外，对前首辅叶向高为总裁编篡的《光宗实录》里的有关评价，也要修改过来。《光宗实录》就是天启老爸当皇帝一个月的历史记录，“三案”跟这段历史密切相关。
《光宗实录》一修改完，原先在“三案”中获罪的人就等于已经平反，各个都得到起复和晋升。那个在“红丸案”中因为献药把皇帝给吃死了的李可灼，也跟着沾光，从遣戍地回家闲住去了。
在“梃击案”中曾因隐瞒案情而得罪的岳骏声，此次也获起复，只是还要等等合适的位置。可他老先生官瘾太大，为了早点儿得到实职，就上疏再论“梃击案”。诬陷东林党人王之寀在“梃击案”中逼供，勒索皇亲郑国泰二万两银，还将郑国泰之子郑养性驱逐出京，等等。
天启既然想翻案，他对此的反应也就近于完全疯狂，把父子两代受郑贵妃家族欺压的前仇全然抛弃，恩将仇报，下诏让地方抚按对王之寀追赃，并准许郑养性回京居住。最重要的，是下令立即起用岳骏声。
——只要官到手，良心可喂狗。官场的险恶风波，常常就这样由私欲而起。
最可惜的是王之寀，此时已从刑部侍郎退下，在家乡被逮，后又于天启七年（1627）解入镇抚司诏狱，最后死在了狱中。死的时候，距天启“驾崩”仅有三个月！
天启五年（1625）这一年，阉党除了在不断打击东林势力外，还一直在抓舆论工作。正月，魏忠贤为摧毁东林党的根基，鼓动阉党成员兵科给事中李鲁生上疏，说“假道学不如真忠义”，请将京师书院改为忠臣祠，天启欣然接受这一建议。同年八月，阉党御史张讷又奏请“毁天下讲坛”，把“三案”惹出的乱子，都归结于书院。
天启立即批复，将天下书院尽行禁毁。原主持东林、关中、江右、徽州四大书院的邹元标、孙慎行、冯从吾、余懋衡，无论生死，全都削籍。
到天启五年年底，经过一年的整肃，东林党被驱逐削夺的官员，已有二百人之多。阉党认为有必要对东林阵营的人员来一个总的清理。此前，阉党成员也各自搞过《天鉴录》《东林点将录》等黑名单，但人数差别比较大，所列人名也有出入。阉党为了统一步调，由御史卢承钦出面，奏请“将一切党人姓名罪状，榜示海内，使其躲闪无地，翻案无期”（《三朝野记》）。
天启也很快同意了，下诏以上谕名义刊刻并张榜公示《东林党人榜》，共录有309人。当时就有人把这比做北宋的“元祐党人碑”。
党争起，国将亡。阉党是一伙“做官党”，只要我这一派的有官好做，什么是非正邪，都他娘的一边去。北宋末年的乱象又在明末重演了。
东林党既然被全面击溃，那就应该有一个法定的文件把他们永远钉死。阉党中陆续有人已经考虑到这一点。天启五年（1625）的五月，吏科给事中杨所修奏请，翰林院应该把与“三案”有关的奏章编辑成“学习材料”，刊行天下。不久又奏请仿照世宗御制的《明伦大典》，把“三案”奏章编辑成书，颁布天下。
世宗就是嘉靖皇帝，他以藩王入继大统，异想天开要追封自己已死的老爸为皇帝，因此闹出一场“大礼议”风波。他干的这事情于礼法不合，为了堵人的嘴，就搞了这么个《大典》，作为历史定案。
天启对这个建议，当时未有明确态度。到九月份，又有在移宫案中为李选侍辩护、跟杨涟互掐过的御史贾继春建议，杨涟等六人虽死，但受贿不过是小罪，他们的大罪在于结交王安、毁谤先帝、逼辱李选侍和“皇八妹”，所以应该把“三案”档案公布，让万世都知道杨涟他们犯了什么罪。
天启这次同意了，但对于怎么编、由什么人来编及怎么发行等等，都没有具体指示。
到天启六年（1626）正月，肃清东林党的运动告一段落，天启觉得关于“三案”的历史定论可以出笼了，于是发布特谕，说是为了让“天下万世，无所疑惑”，特命开馆编篡《三朝要典》，凡是那时候的“公论”，都要保存下来，凡是“群奸邪说”，都要尽量摘录，再由史官加上批判语，“以昭是非”（《明熹宗实录》）。
编辑这本大批判材料的总裁官是顾秉谦、丁绍轼、黄立极、冯铨，这全是铁杆阉党。其余副总裁官和编篡官，也大多都是一样，可以说是明朝的“石一歌”了。
阉党不仅精心挑选了负责官员，还认真筛选了誊写人员，政治不可靠的一律不要。顾秉谦第一次报上去的誊写人员名单中，就被魏忠贤及其“领导班子“查出，有四个人有东林嫌疑，不仅没批准，还把这四人削了籍。
编篡工作进展得十分神速，到三月底，全书编完。不过，崔呈秀看了看初稿，觉得问题还没有讲透。初稿是从“梃击案”讲起的，他觉得要从“争国本”讲起，才能把万历年的老案全翻过来。于是，他索性上了《三案本末》一疏，把这段历史重写了一遍。天启当即下诏准予采用。
四月份，又有工科给事中虞廷弼上疏，说有了这本官刻的《三朝要典》，此前私人搞的什么《点将录》之类，就太不严肃了，应该废止。天启大概还没忘那个“托塔天王”的典故，也就马上批准了。
六月十九日，万事具备。天启在皇极门内殿举行了《三朝要典》编成的进献仪式，百官同来称贺。正本共24卷，送到皇史宬收藏，副本由礼部刊刻，赠给百官，颁行天下。
紧接着十月，开馆重修《光宗实录》。
与修《三朝要典》相始终的，还有一个插曲。就在这一年正月，刚开始修《三朝要典》的时候，阉党又抓了一个东林党人惠世扬。
惠世扬原任给事中，在“梃击案”和“移宫案”中，都是相当激进的分子。他还参劾过大学士沈潅，说他“交通客魏”，因此得罪了阉党，被罢免。天启五年九月，他不知怎么被牵连进了杨涟案，天启下令逮捕进京追究。到天启六年正月，被押送到京城。
审他案子的，是三法司的官员。那时刑部尚书徐兆魁刚被魏忠贤提到这个位置上才七天，所以决心好好弄一下这个案子，以报大恩。
都察院的头头周应秋，也不是什么好货，是魏忠贤的“孙子辈”走狗，平时没事就请魏忠贤的侄子魏良卿到家吃炖猪蹄，人称“煨蹄总宪”。他对魏忠贤无比忠诚，一次聊天，老魏问他：“你是江南人，为什么好粥啊？”周应秋这个江南人听不大清河北话，听成了“你为什么好竹啊”。当下，他没正面回答，打个哈哈过去了。过后，立刻写信给儿子，叫把家里庭院中的竹子统统砍光——老魏的心事你莫猜！
就这样一帮东西，三法司的会审，结果不问而知。
惠世扬，悬了！
会审大堂设在城隍庙，那时候六君子已死，审官们没把惠世扬当回事儿，都想捉弄捉弄他，而后判个死刑就拉倒。
他们喝令衙役打二十五大板。一顿板子打完，几乎把惠世扬给打死。打完也不审了，把人关起来，几个人就七嘴八舌把判词写好了。他们揣摩了天启的心理，干脆把惠世扬窜入“移宫案”去处置，说他“结交王安，大恶备矣”，应处斩刑。
天启和魏忠贤对这判决书都很满意，但是魏忠贤不想马上把惠世扬砍头，想等到《三朝要典》和《光宗实录》都修好后，再拿这惠世扬祭旗，以图个圆满。惠世扬从这时候起，就蹲在大狱里等死了。哪知道，大批判材料编好后才半年多一点，天启就一命呜呼了。忙乱之中，阉党竟然没来得及杀惠世扬。
真是九死一生啊！后来这个惠世扬在崇祯朝官当大了，一直当到了副都御史和侍郎。
编篡《三朝要典》，把东林君子说成是狂悖小人，把有奶便是娘之徒说成是磊落之士，这得有唾面自干、当众舔主子屁股的厚脸皮才做得下去。在阉党精心挑选的“石一歌”中，也有良心未泯的知识分子。他们觉得实在是干不了。
精神之阉，甚于割卵！
比如副总裁、礼部尚书姜逢元，是一位大书法家，因与东林无涉而被选中。在修书期间，他老夫子“每搁笔而叹，忠贤朝闻夕逐，令其闲住”。这还算不错的，没丢命。
《三朝要典》的“光芒照耀了全明朝”。可是，魏忠贤想不到：历史虽然是强势者所创造，却不是强势者能写成的。好与不好，青史之名不会根据你自己写的牛皮文章，而仅仅在乎亿万人心！皇皇《三朝要典》，想做的是千秋文章，而实际寿命只有一年多，就随着天启的驾崩而成了废纸万张。
——咦！眼看它忽喇喇大树将倾，眼见得倏忽间猢狲四散，哪里有什么赤胆忠心永不变，何处有铁打江山万万年？
大梦，大梦而已！