陈友谅兵强地广，雄踞长江上流，两次亲统大军要吞并西吴，结果反被消灭。西线的强敌解决了，朱元璋的军力更加壮大了，第二个进攻目标，便是东吴张士诚了。
元璋和谋士们分析当时的军事形势，他指出：“天下用兵，河北有孛罗帖木儿，河南有扩廓帖木儿，关中有李思齐、张良弼。河北军队数量多而没有纪律，河南的稍有纪律而军力不强，关中的一部分道途不通，粮饷接济不上。江南只有我和张士诚，士诚多奸谋，会用间谍，可是部队全不讲纪律。我有几十万大军，固守疆土，修明军政，建立严格军事纪律，委任将帅，捕捉有利战机，逐个消灭，统一天下是有把握的。[33]便一心一意整顿军队，加强纪律教育，练习攻城本领，准备下一个战役的攻坚战。
元末南方群雄，分作两个系统：一是红军系，一是非红军系。红军系分东西两支，东支以淮水流域为中心，小明王是东支的共主，郭子兴是滁、和一带的头目，子兴死，元璋代起，日渐强大。西支以汉水流域为中心，从徐寿辉到陈友谅，以及寿辉部将割据四川的明玉珍。非红军系如东吴张士诚、浙东方国珍。红军的主要成分是广大的贫苦农民和小手工业者以及一部分城乡游民，他们深受元朝蒙汉地主阶级的残酷剥削、压迫，怀着深刻的阶级仇恨，提出鲜明的政治目标，一定要推翻蒙汉地主阶级，取得自己的解放。他们和蒙汉地主阶级是势不两立的，决不妥协的，坚决斗争到底的。非红军系便不同了，领导人物和基本队伍主要是私盐贩子、盐丁、中小地主和摇摆不定的中农，和一部分贫雇农，尽管他们也是被剥削、被压迫、被欺侮的对象，反元起义的动机也是因为遭受元朝官吏、地主的凌辱、作践，奋起反抗，但是领导集团却没有明确的政治目标，更没有反抗阶级压迫的宣传鼓动工作。割据地方以后，便以为事业成功了，贪图生活享受，日渐腐化。他们在元朝兵力暂时不能到达的时候，自立名号，和元朝政府对抗。但是一遭受到统治阶级的强大军事压力，形势不利的时候，就变成软骨头了，妥协了，投降了。元朝政府从一开始便对他们采取招抚的政策。只要投降，就给官做。他们做了元朝的官以后，一看到元朝政府军事上的失利，便再次闹独立，另立名号。每反复一次，个人的名位就高了一等，地盘也扩大了一些，向元朝政府讨价钱的资本也就愈大。另一方面，他们对红军的态度却正好相反，决不投降，斗争到底，立场是十分坚定的。张士诚对小明王和朱元璋从一开始便处在敌对状态，十年来连兵不解；方国珍地小兵弱，虽然没有力量进攻红军，但也不肯真心讲和修好，表面上有时候表示低头，实质上却要顽抗到底。
张士诚对元朝政府的关系是不稳定的，反反复复，时而对抗，时而投降。至正十三年（公元1353年）元朝政府招降，授以官职，要他出兵进攻濠、泗红军，士诚怕吃亏，不肯去。知道泰州守军虚弱，袭取泰州，破兴化，据高邮。十四年自称诚王，国号大周，改元天祐。这年十一月，元丞相脱脱统大军围高邮，大败周军，士诚坚守无援，高邮将被攻破，突然脱脱被解去兵权，元军奔散，周军乘隙反击，声势复振，取昆山、嘉定、崇明、常熟、平江、常州、湖州、淮安等地。十六年三月建都于平江，改为隆平郡。改历法为明时。开弘文馆，招礼儒士。以阴阳术人李行素为丞相，弟士德为平章，提调各郡兵马。以蒋辉为右丞，居内省理庶务，潘原明为左丞，镇吴兴，史文炳为枢密院同知，镇松江。[34]郡州县正官，郡称太守，州称通守，县曰尹，同知称府丞，知事称从事。[35]
从至正十六年（公元1356年）起，张士诚便和朱元璋兵戎相见，大小数百战，互有胜负。这年六月，朱元璋的部将，原来是地主军的降将陈保二执詹李二将降于张士诚。这时元璋的主要力量放在西线，为了避免两线同时作战，派遣使者和张士诚通好，要求“睦邻守国，保境息民”。士诚置之不理。[36]七月士诚以水军进攻镇江，和元璋军发生激战，大败于龙潭。徐达乘胜进围常州，士诚派士德驰救，为徐达所擒。士德有勇有谋，礼贤下士，帮助士诚创基立业，被俘后坚决不降，还秘密带话给士诚，劝他投降元朝，为元璋所杀。
至正十七年（二月元璋部将耿炳）文取长兴，三月取常州，五月取泰兴，六月赵继祖、吴良取江阴。长兴和江阴都是重要军事据点，长兴踞太湖口，从陆路可通广德诸郡，江阴枕大江，扼平江通州济渡之处，元璋得了长兴，派耿炳文镇守，士诚的步骑不敢出广德，窥宣、歙；得了江阴，派吴良镇守，士诚的水军不能溯大江，上金、焦，士诚的军事局势，从此便急转直下，处于劣势了。加上东面的嘉兴，驻有苗军杨完者的部队，这支少数民族军猛冲猛打，作战很勇敢，几次打败张士诚的进攻，士诚两面受敌，抵挡不住。几年来元江浙右丞相达识帖木儿千方百计劝士诚投降，到此只好听兄弟的话，再次投降了。元朝政府以士诚为太尉。士诚表面上做元朝的官，实际上有自己的打算，他设参军府和枢密院，分辖地为江浙、淮南二省。以李伯昇总军事，六七年间，南侵江浙，占了杭州、绍兴，北逾江、淮，直到济宁（今山东），西略汝、颍、濠、泗，东面到海，有地二千余里。
士诚降元，是因为军事上受到元璋的威胁，元朝招降士诚，也有他们的打算。原来从红军起义后，大都缺粮，支持不下去了。达识帖木儿为了解决南粮北运，便不能不对张士诚和方国珍采取招抚政策。他安排士诚出粮，国珍出船，由海运接济大都。但是两人心里都怀着鬼胎，张士诚怕把粮食交给方国珍，被吞没了，赔了粮不见功劳；方国珍却怕他的船出海被扣，张士诚乘虚进攻，达识帖木儿两面疏通，费了多少事，从至正二十年到二十三年，算是每年运了十几万石。杨完者的部队纪律极坏，抢钱抢人，奸淫烧杀，无恶不作。驻防过的地方比经过战争还惨。民间有民谣形容道：“死不怨泰州张（士诚），生不谢宝庆杨（完者）。”[37]仗着有实力，不听达识帖木儿约束。达识帖木儿要除掉杨完者，和士诚定计，攻杀完者，苗军将士大部分逃降元璋。达识帖木儿没有军队的支持，政权也随之失去了，事事受士诚挟制，不久便被拘禁。士诚乘虚进驻苗军防区。二十三年九月又自立为吴王，达识帖木儿自杀，从此元朝征粮，再也不肯答应了。[38]
士诚所占地方盛产粮食，又有鱼盐桑麻之利，人口众多，最为富庶。他生性迟重，不多说话，待人宽大，但没有一定主见，只想守住这块基业，怕冒险吃亏出差错。大将大臣们都是当年走私的江湖兄弟，如今成了局面了，有福同享，做错事以至打了大败仗，士诚也不忍责备，赏罚不明。将军大臣们修府第，建园池，养女优，玩古董，和诗人文士们宴会、歌舞。上下都腐化了。甚至大将出兵，也带着妓女清客解闷。损兵失地，回来照样带兵做官。张士德（九六）重待文学之士，当时有名的诗人陈基、饶介、王逢、高启、杨基、张羽、杨维祯等人都和他来往，有的在他幕府做事。浙西地区的开辟和国事的决策，士德很起作用。士德被擒死，士信（九七）做垂相，贪污无能，疏远旧将，上下隔绝。士诚也养尊处优，懒得管事。元璋着人打听了这情形，对人说：“我诸事无不经心，法不轻恕，尚且有人瞒我。张九四（士诚）终岁不出门，不理政事，岂不着人瞒！”[39]士信任用姓黄、蔡、叶的三个人做参谋，弄权舞弊，东吴有一民谣道：“丞相做事业，专凭黄蔡叶，一朝西风起，干瘪！”[40]
士诚降元以后，要见当时著名诗人杨维桢，维桢拒绝不去。士诚又叫人征求意见，维桢回了一封信，指斥他的缺点，信上说：
阁下乘乱起兵，首倡大顺，以奖王室，淮吴之人，万口一词，以阁下之所为，有今日不可及者四：兵不嗜杀，一也；闻善言则拜，二也；俭于自奉，三也；厚给吏禄而奸贪必诛，四也。此东南豪杰望阁下之可与有为也。
阁下孜孜求治，上下决不使相徇也，直言决不使遗弃也，毁誉决不使乱真也；唯贤人失职，四民失业者尚不少也。吾唯阁下有可畏者又不止是：动民力以摇邦本，用吏术以括田租，铨放私人不承制；出纳国廩不上输，受降人不疑，任忠臣而复贰也。六者之中，有其一二，可以丧邦，阁下不可以不省也。
况为阁下之将帅者有生之心，无死之志矣；为阁下之守令者有奉上之道，无恤下之政矣；为阁下之亲族姻党者无禄养之法，有奸位之权矣；某人有假佞以为忠者；某人有托诈以为直者；某人有饰贪虐以为廉良者。阁下信佞为忠，则臣有靳尚者用矣；信诈为直，则臣有赵高者用矣；信贪虐为廉良，则蹠、者进，随、夷者退矣。又有某绣使而拜虏乞生，某郡太守望敌而先遁，阁下礼之为好人，养之为大老，则死节之人少，卖国之人众矣。是非一谬，黑白俱紊，天下何自而治乎？
又观阁下左右参议赞密者，未见其砭切政病，规进阁下于远大之域者，使阁下有可为之时，有可乘之势，而迄无有成之效。其故何也？为阁下计者少而为身谋者多，则误阁下者多矣。身犯六畏，衅阙多端，不有内变，必有外祸，不待智者而后知也。阁下狃于小安而无长虑，此东南豪杰又何望乎！[41]
杨维桢是站在元朝政府立场说话的，信里所责备：“铨放私人不承制，出纳国廩不上输。”骂他自选官吏，不缴粮食，的是实情。除此以外，指出张士诚的四个优点，四个缺点，特别批评张士诚的将帅、守令、亲族等只为自己打算，张士诚不分是非、黑白，刑赏失宜，狃于小安而无长虑，预言他不有内变，必有外祸。杨维桢和张士诚同时，他的朋友有不少人在东吴做官，这些批评都有事实根据，是可信的、公道的。
士诚从元至正十六年（宋龙凤二年，公元1356年）起和元璋接境，便互相攻伐，至正十八年十月徐达、邵荣攻克宜兴，廖永安率水军深入太湖，后军不继，为吕珍所俘，不肯投降，被囚到死。次年正月胡大海攻克士诚的重镇诸暨，杭州受到威胁，士诚倾全力要夺回诸暨，六月，士诚绍兴守将吕珍攻诸暨，决水堰灌城，胡大海夺堰反灌，吕珍退去。二十年九月第二次攻诸暨，二十二年三月乘元璋金华、处州苗军叛变的机会，以张士信统万余人三围诸暨，守将谢再兴苦战二十九日，设伏城外，大败士信军。士信发急，增兵再攻，再兴求援于李文忠。李文忠命胡德济驰援，扬言徐达、邵荣已从严州领大军增援。士信军心动摇，计划退兵，德济和再兴于夜半率壮士出击，士信军大乱溃退。二十三年九月李伯昇又领大军围诸暨，诸暨城守坚固，不克退去。二十五年二月张士信又统兵二十万来攻，为李文忠所大败。这五次争夺战，消耗了东吴大量军力。
在第三次诸暨争夺战之后，发生了谢再兴叛降张士诚的意外挫折。
谢再兴是淮西旧将，元璋亲侄朱文正的妻父。士诚绍兴守将吕珍在诸暨筑堰，每年水发，动辄渰城，再兴不时遣人偷决，力战功多。部下有两个将领派人带违禁物品去扬州贩卖，元璋发觉了，怕泄漏了军机，杀了这两个人，把头挂在再兴厅上，再兴已经受不住了。元璋又做主把他的次女嫁给徐达。召再兴到应天计议军事，返防后另派参军李梦庚节制诸暨兵马，再兴成为副将。再兴大愤，说：“女嫁不令我知，有同给配。又着我听人节制！”竟执李梦庚向绍兴吕珍投降，元璋气极，说：“谢再兴是我亲家，反背我降张氏，情不可恕。”[42]从此种下了他对部下将领的猜疑心理，对他们的监视越发严密了。
西吴和东吴另一据点的争夺战是长兴，至正二十一年十一月，东吴司徒李伯昇率十余万众，水陆并进，包围长兴，城中守兵只有七千人，苦战月余，常遇春、邵荣先后驰救，伯昇败去。二十四年十月张士信又攻长兴，为耿炳文、汤和所击败。
此外，至正十九年二月邵荣攻湖州，十二月常遇春攻杭州，胡大海攻绍兴，虽然都打了胜仗，却都不能攻克城池，取得决定性的战果。
在和东吴作战的长期战役中，元璋部下骁将邵荣、赵继祖立了不少功劳。邵荣、赵继祖也是元璋初起时的战友。邵荣于至正十八年和徐达攻克宜兴，十九年大破张士诚军于余杭，攻湖州大败李伯昇，二十一年三月以战功从枢密院同知升为中书平章政事，地位在大将常遇春之上。二十二年处州苗军叛变，命邵荣统兵平定。凯旋回应天后，和参政赵继祖密谋暗杀朱元璋，为检校[43]宋国兴所告发。元璋命廖永忠安排酒宴，席间擒了二人，锁了脖子。元璋和他们喝酒，问：“我与尔等同起濠梁，望事业成，共享富贵，为一代之君臣，尔如何要谋害我？”荣答曰：“我等连年出外，取讨城池，多受劳苦，不能与妻子相守同乐，所以举此谋。”不肯喝酒，对赵继祖说：“若早为之，不见今日，猎狗在床下死，事已如此，泣何益！”两人都被缢死。[44]这件公案，明朝史书记载都以为是谋叛，只有明末的史家谈迁认为当时朱元璋和邵荣都是宋的将领：“渡江勋旧，俱鱼服之侣，臣主未定，等夷相视，见兵柄独握，未免为所欲为耳。”[45]他们的行为说不上是什么造反，这个看法是正确的。尽管如此，这件事给元璋的影响是深刻的，内部发生了裂痕，非加强控制不可。不久又发生谢再兴投敌的事件，越发使他认识到必须牢牢掌握军权，建立一套必要的制度，使将不能专兵，军队不能由任何将领掌握，后来军卫法的制定和杀戮功臣，都和这两件事有密切关系。
元璋和张士诚相持了十年，打来打去，双方都占不到便宜。直到元璋从武昌凯旋以后，集中军力，进攻东吴，局面才发生剧烈的变化。[46]
元璋对东吴的攻势，分作三个步骤：第一步攻势起于至正二十五年十月，攻击目标是东吴北境淮水流域，到二十六年四月间，尽取通州、兴化、盐城、泰州、高邮、淮安、徐州、宿州、安丰诸州县。孙德崖早已死去，濠州四面受敌，也投降了。半年工夫，完成预定任务，使东吴军力局促于长江之南。
第二步攻势起于二十六年八月，分兵两路，进取湖州、杭州，切断东吴的左右两臂，到十一月间，湖、杭守军投降，造成北、西、南三面包围平江的形势。
第三步攻势是平江的攻围战，从二十六年十二月到吴元年九月，前后一共十个月，才攻下平江，俘执士诚，结束了十年来的拉锯战。
元璋于尽占淮水诸城之后，至正二十六年五月，传檄声讨张士诚，檄文详尽说明当时情势，和自己起兵经过，檄文说：
盖闻伐罪吊民，王者之师，考之往古，世代昭然。……近睹有元之末，主居深宫，臣操威福，官以贿成，罪以情免，宪台举亲而劾仇，有司差贫而优富。庙堂不以为虑，方添冗官，又改钞法，役数十万民，湮塞黄河，死者枕藉于道，哀苦声闻于天。致使愚民，误中妖术，不解偈言之妄诞，酷信弥勒之真有，冀其洽世，以苏困苦，聚为烧香之党。根据汝、颍，蔓延河、洛。妖言既行，凶谋遂逞，焚荡城郭，杀戮士夫，荼毒生灵，千端万状。元以天下兵马钱粮而讨之，略无功效，愈见猖獗，然而终不能治世安民。是以有志之士，旁观熟虑，乘势而起，或假元氏为名，或托乡军为号，或以孤兵自立，皆欲自为，由是天下土崩瓦解。
予本濠梁之民，初列行伍，渐至提兵，灼见妖言，不能成事，又度胡运，难与立功，遂引兵渡江。赖天地祖宗之灵，及将帅之力，一鼓而有江左，再战而定浙东。陈氏称号，据我上游，爰兴问罪之师，彭蠡交兵，元恶授首，父子兄弟，面缚舆榇，既待以不死，又列以封爵，将相皆置于朝班，民庶各安于田里，荆、襄、湖、广，尽入版图，虽德化不及，而政令颇修。
唯兹姑苏张士诚，为民则私贩盐货，行劫于江湖，兵兴则首聚凶徒，负固于海岛，其罪一也；又恐海隅一区，难抗天下大势，诈降于元，坑其参政赵琏，囚其待制孙，其罪二也；厥后掩袭浙西，兵不满万数，地不足千里，僭称改元，其罪三也；初寇我边，一战生擒其亲弟，再犯浙省，扬矛直捣其近郊，首尾畏缩，乃又诈降于元，其罪四也；阳受元朝之名，阴行假王之令，挟制达丞相，谋害杨左丞（完者），其罪五也；占据江浙钱粮，十年不贡，其罪六也；知元纲已堕，公然害其丞相达识帖木儿、南台大夫普化帖木儿，其罪七也；恃其地险食足，诱我叛将，掠我边民，其罪八也。几此八罪，……理宜征讨，以靖天下，以济斯民。爰命中书左丞相徐达率领马步官军舟师，水陆并进，攻取浙西诸处城池。已行戒饬军将，征讨所到，歼厥渠魁，胁从妄洽，备有条章。凡我逋逃居民，被陷军士，悔悟来归，咸宥其罪。其尔张氏臣僚，果能明识天时，或全城附顺，或弃刃投降，名爵赏踢，予所不吝。凡尔百姓，果能安业不动，即我良民，旧有田产房舍，仍前为主，依额纳粮，余无科取，使汝等永保乡里，以全室家。此兴师之故也。敢有千百相聚，抗拒王师者，即当移兵剿灭，迁徙宗族于五溪、两广，永离乡土，以御边戎。凡予所言，信如皎日，咨尔臣庶，毋或自疑。
橄文开始：“皇帝圣旨，吴王令旨，总兵官准中书省咨，敬奉令旨。”结尾：“敬此，除敬遵外，敬请施行，准此，合行备出文榜晓谕，故依令旨事意施行。所有文榜，须议出给者。龙凤十二年五月二十二日本州判官许士杰赍到。”[47]和这篇檄文同时，还有性质相同的一道宣谕徐州吏民的文告说：
近自胡元失政，兵起汝、颍，天下之人以为豪杰奋兴，太平可致。而彼唯以妖言惑众，不能上顺天意，下悦民心，是用自底灭亡。及元兵云集，其老将旧臣，虽有握兵之权，皆无戡乱之略，师行之地，甚于群盗。致使中原版荡，城郭丘墟，十有余年，祸乱极矣。[48]
这两篇文字，充满了封建理论的代表者儒家的思想，可以明白看出是刘基、宋濂等人的策略，也可能出于他们的手笔。指责张士诚的八款罪状，除了第四款和第八款和西吴有关以外，其他六款都是张士诚背叛元朝的罪状，不看头尾，使人容易误会成是元朝政府的讨伐令，朱元璋竟然站在他所反对的元朝政府立场声讨敌人了，由此也可以看出朱元璋这一方面实在举不出张士诚什么罪状。檄文末段分化东吴军民，说明只杀首恶，不追究从犯；东吴臣僚投降的都给官做；逃亡居民和投降军士，都许他们回来；百姓——主要是地主能够安业的，许其保有原来田产房舍，争取东吴治下官僚、地主的归顺，减少大军进攻的抵抗力量。这一段文字明确声明他的立场的变，从反对封建地主突变为维护封建地主的既得利益。他的根本立场改变了。特别值得注意的是，为了消除东吴官僚、地主对红军的疑惧，在第一段强调指斥弥勒教为妖术、妖言、凶谋，列举他们杀人放火，主要是杀戮士大夫的罪状，并且还严肃声言自己已经灼见妖言不能成事，不相信这一套了。他已经背叛了弥勒教了。陈友谅父兄子弟归降，都封列侯，将相都做大官，地主和农民各安生理，就是他不相信弥勒教的证据，也就是东吴官僚、地主的榜样。就这样，声讨张士诚的檄文实质上是声讨红军的檄文，而被声讨的最高人物——皇帝，恰恰就是红军的首脑宋帝小明王！表面上看来充满了矛盾，而在实质上却并不矛盾。这两篇文告公开、正式宣告了朱元璋对弥勒教、对红军的斥责、背叛，否认了自己和全军过去对弥勒教的信奉，脱去宗教迷信的外衣，进一步宣称进军的任务是为了伐罪救民，是为了使民庶各安于田里，使百姓永保乡里，公开地取消了阶级斗争的内容，公开地声明他对于农民起义的背叛，明确维护旧的封建地主阶级秩序，保证给官僚、地主、庶民以和平安定的生活，这是朱元璋一生中划时代的转变，从农民起义的领袖转变为地主阶级的领袖的转变。陶安、李习、刘基、宋镰等这一地主儒生集团几年来所起的作用，到这时候明朗化了，具体化了，公开化了。宋的军队没有了，将领都已死亡，小明王寄居滁州，仅存名号，红军的招牌已经没有号召作用。元璋的周围充塞着地主阶级的首脑人物，政权的本质起了根本性质的变化，和这基础相适应，便不能不提出新的口号争取地主巨绅的支持，各地“民兵”“乡军”的支持，士大夫的同情和拥护。这两篇文告把朱元璋一生划作两个时期，前一时期他是弥勒教徒，农民起义的领袖，任务是破坏旧的封建社会秩序；此后则公开和地主、巨绅联合，成为他们的保护人，封建统治理论的代表者——儒家的护法，不但要巩固封建地主阶级的既得利益，并且要建立并维持旧的和新的地主阶级政权和封建秩序了。
朱元璋已经公开宣告和红军决裂，小明王的存在就没有意义了。至正二十六年（龙凤十二年）十二月，元璋派大将廖永忠迎接小明王，于瓜州渡江，中流把船凿沉，永忠径回应天复命。小明王死，宋亡。[49]此后，朱元璋不再提龙凤的事，连当年镇江西城打败东吴的纪功碑，因为有龙凤年号，也捶毁灭迹。[50]文书上有关的龙凤史料，更是销毁得干干净净。元璋死后所编的《明太祖实录》，不提元璋和龙风臣属关系一字，这一段历史被湮灭，被歪曲了几百年。
元璋对东吴的第二步攻势，动员了二十万大军，以大将军徐达、副将军常遇春为统帅。在出兵前商讨战略，常遇春坚决主张直取平江，以为巢穴既破，其余诸郡可以不战而下。元璋却决定用叶兑的次策，以为士诚出身盐枭，和湖、杭诸郡守将都是愍不畏死之徒，同甘共苦。如先攻平江，湖、杭守军必然齐心并力，来救老家，援兵四合，不易取胜。不如想法分散他的兵力，先取湖、杭，士诚无法援救，我军可以集中兵力，个别击破，枝叶一去，根本动摇，使士诚疲于奔命，然后移兵直取平江，必然可以成功。遂分兵攻围杭州、湖州。元璋亲自誓师，叮咛嘱咐，要将帅和睦，不许左右欺凌军士，进城时不要烧杀掳掠，不要挖掘坟墓，尤其平江城外张士诚母亲的坟，千万不可侵毁，以免刺激东吴人民，增加抗拒心理。说了又写成戒约，印发给军士。[51]
第三步攻势，湖、杭既下之后，应用叶兑的销城法，进围平江，徐达军葑门，常遇春军虎丘，郭兴军娄门，华云龙军胥门，汤和军阊门，王弼军盘门，张温军西门，康茂才军北门，耿炳文军城东北，仇成军城西南，何文辉军城西北，四面筑长围困之。
又架木塔三层，下瞰城中，名曰敌楼，每层施弓弩火铳于上。又设襄阳炮日夜轰击。士诚死守，外无援兵，内无粮草，突围又失败了。元璋一再派人劝降，士诚坚决拒绝。城破时亲自率兵巷战，看到实在不行了，一把火烧死了家属。他也上吊自杀，被部将解救，西吴兵已到府中，俘送应天。在船上闭眼不说话，也不进饮食。元璋问话不理，李善长问话，挨了一顿骂。元璋气极，一顿乱棍把他打死，连尸骨都烧成灰，这年士诚四十七岁，东吴亡。[52]
元璋后来和群臣总结战胜汉、吴两大敌人的经验说：“元末群雄中，张士诚、陈友谅最强大，士诚地方富庶，友谅军力雄厚，我都不如，只靠不乱杀老百姓，说话算话，刻苦做事，和大家同心协力，才能成功。开头夹处在汉、吴两大之间，士诚尤其逼近，有人主张先向东吴进攻。我的看法是，友谅志骄，士诚器小。志骄的好生事，器小的没长远打算，所以决定先攻友谅。鄱阳湖这一场决战，士诚果然不能出平江一步。假如先攻士诚，友谅一定空国而来，我便被迫两线作战，腹背受敌，胜负便很难说了。”[53]
李伯昇是士诚十八兄弟之一，同时起事，父亲李行素做丞相，他官为司徒，守湖州，兵败出降。平江固守，使说客招降的是他，把士诚交给常遇春的也是他。平江人记住这段历史，凡是出卖朋友的人就叫作“李司徒”[54]。
张士诚从起兵到败死，前后十四年。城破前他把征收赋税的鱼鳞图籍全部烧毁，平江固守十月，朱元璋恨当地人为士诚坚决拒守，取沈万三家租簿定额，格外加赋，每亩完粮七斗五升。[55]六百年来，苏州人每年于七月三十日烧九四香，托名为烧地藏香。九四是士诚小名，七月三十是士诚生日。[56]从这两件事看来，士诚得到当地地主的坚决支持，他的政权也是变了质的，是属于地主阶级的政权。
元璋大军凯旋后，论功行赏。第二天诸将来谢，元璋问有没有摆酒席庆贺，都说吃了酒席，高兴得很。元璋说：“我也何尝不想和诸军欢宴一天，但中原尚未平定，还不是晏安的时候。你们应该记取张士诚的教训，他经常和将相们宴会、酣歌、逸乐，今天怎么样了？要引以为戒才是。”又对东吴降将讲话：“你们都是张士诚旧部，做将官带部队，计穷势屈，才不得已投降。我厚待你们，还让你们做将校。但是要给你们讲清楚一条道理，我所用诸将，多是濠、泗、汝、颍、寿春、定远诸州的人，勤苦俭约，不知奢侈。不比江浙地方富庶，耽于逸乐。你们也不是富贵人家出身的，一朝做了将军带了兵，就胡乱取人子女玉帛，什么坏事全做了。如今既然在我这里，就得改去老毛病，像我的濠、泗诸将那样，才能保住爵位。人人都想富贵，但是取富贵不难，长保富贵却是难事。你们真能尽心尽力，和大军一起除暴平乱，早日统一天下，不但你们能享富贵，连子孙也可以享福。假如只图一时快意，不向前看，虽然暂时快乐，却保不住日后丧败。这是你们亲见的事，不可不戒。”[57]
平江合围后，吴元年九月元璋又遣将攻讨浙东方国珍。令参政朱亮祖率浙江、衢州、金华等卫马步舟师攻台州，征南将军汤和、副将军吴祯率常州、长兴、宜兴、江阴诸军攻庆元（今浙江宁波）。又命征南副将军廖永忠率水军从海路进攻，与汤和军相会合，切断国珍逃入海中的退路。
方国珍从至正八年聚众海上起事，吴元年十二月降西吴，在群雄中最先起事，称雄浙东二十年。
台州黄岩靠近海边，人多地少，无地少地的农民只好靠海吃饭，打鱼晒盐，漂洋过海，在海上过的日子比陆地上的多。国珍和兄弟国璋、国瑛、国珉一家子，世代贩盐浮海为业。国珍是地方上有名的土豪，生得身材高大，黑紫脸膛，体力强壮，快步如飞。至正初年海盗劫掠商民，抢了运皇粮漕船，杀了督运使臣，地方官千方百计追捕。国珍的仇家向官府告发国珍私通海盗，坐地分赃。国珍杀了仇家，带领全家和邻里怕事的逃入海中，集结了几千人，四处抢劫。[58]元朝发兵围杀，国珍打败官军，连将官也俘虏了。受招安做定海尉。不久又反，俘获元朝大将，又受招安做了大官。如此时降时叛，每反复一次，便升一次官。到至正十七年一直做到元浙东行省参知政事海道运粮万户。他以庆元为根据地，兼领温州、台州，占有浙东沿海一带地方，拥有水军千艘，控制着丰富的渔盐资源，兄弟子侄全做大官，心满意足，只想保住这份好基业。[59]
元璋攻取婺州后，和国珍邻境相望。国珍兵力弱小，北有张士诚，南有陈友定，他和这两家都不大和洽，见元璋兵势甚盛，怕被吞并，就派使臣向元璋送金银绸缎，接受龙凤官诰，口头还说愿意献出三郡，只是不肯奉龙凤年号。元璋多次派使臣督责，国珍推说：“当初献三郡，为保百姓，请上位（当时人称君主为上位）多发军马来守，交还城池。若遽奉正朔，张士诚、陈友定来攻，援兵万一赶不到，就危险了。不如姑以至正为名，他们便找不出罪名来攻。若真要我奉龙凤年号，必须多发军马，军马一到，便以三郡交还。情感领弟侄到应天听命，止求一身不做官，以报元之恩德。”元璋听说，笑了一声：“也好，且摆在那里。等我取下平江，那时他要奉正朔也晚了。”[60]国珍一面向西吴进贡，一面又替元朝运粮，脚踏两只船，左右摇摆。到元璋取了杭州以后，国珍越发害怕，使人北通扩廓帖木儿，南联陈友定，打算结成犄角之势，抵抗西吴进攻。还盘算万一两头的支援都靠不住，敌不过，好在他有千数的海船，到时载满金银财宝，合家逃奔大海，也还够一辈子享用。主意打定，日夜搜集珍宝，修治船只，准备随时下海。[61]
吴元年九月，朱亮祖军进占台州、温州，汤和大军长驱直取庆元，国珍逃入海中，又为廖永忠水军所败。走投无路，只好哀辞求降。西吴军从进攻到凯旋，前后不过三个多月。[62]
这一年，韩林儿已死，龙凤年号不能再用了，更不能用元至正年号。按甲子这年是丁未年，未属羊，童谣不是说：“但看羊儿年，便是吴家国”吗？东吴已在包围中了，为了再一次应童谣，元璋下令叫这年为吴元年。