莱斯特伯爵仿佛为所欲为般，再度带着全新的三千兵力与一队战舰，于一五八七年六月二十五日重返荷兰。帕尔玛公爵故意使出时间战术，一度提出和平诉求，花了几个月的时间，进行迂回曲折的协商。
七月二十九日，罗马教皇与西班牙签署了一项条约，同意由菲利普国王提名任何一位他认为适合担任英国统治者的人选，唯一的条件是，这个人必须在英国重建天主教信仰。九月份，菲利普国王下令要帕尔玛公爵组织一支舰队准备入侵英国。伊丽莎白女王注意到敌国准备入侵的气氛，将所有的希望都寄托在和平协商的结果上，因为她知道英国没有强而有力的军队，仅有一支小小的海军，根本没有应战的实力。
同时，英国与荷兰盟邦之间出现了严重的分歧，眼见尼德兰可能就要爆发内战了，而莱斯特伯爵的无能就是造成现况最主要的原因，于是这一年的秋天，他向伊丽莎白女王提出自己在荷兰毫无用处的说法。女王便在十一月十日将他召回英国。在他离开之前，还下令制造一个纪念章，上面镌刻着他的传奇：“我不愿离开的并非人们，而是那忘恩负义的一群”。
回到英国宫廷中，他气愤地发现，虽然女王表面上亲切地欢迎他，但私下对于他无法与盟友间更进一步地团结并阻挡西班牙的推进感到相当不满。无法面对女王的斥责，他只好退到温斯特去，并放弃担任了将近三十年的骑士统领头衔，并说服女王将这个荣耀赐予他的继子小艾赛克斯伯爵。
在莱斯特伯爵二度离开英国前往荷兰后，年纪轻轻的小艾赛克斯伯爵与女王变得更加亲近，再透过他新建立的势力为继父赢得优势，毕竟继父对他的栽培，就是为了挽回自己政治上的颓势。也因为两人之间的情感，因此他们从未互相敌对。伊丽莎白女王为年轻的小艾赛克斯伯爵着迷不已，总是将他带在身边，认为有他在身边的生活相当有趣。他拥有伊丽莎白女王喜欢的各种男性特质，但女王相当清楚，他完全没有政治敏锐度。整个夏天，宫廷人士都看他忙着陪女王散步、骑马，晚上则常见两人一起玩牌或听音乐，直到“清晨的鸟鸣声声唤”。
小艾赛克斯伯爵拥有贵族血统：他的身上流着金雀花王朝的血液，同时从小也接受了莱斯特伯爵那严格的新教信仰。他具有骑士精神、自信满满且十分大方。他会写十四行诗，执笔的信件相当时髦、掷地有声，他在宫廷的化装舞会中总是表现良好。他身材看来“十分修长”，拥有红褐色的头发与胡髭，还有高雅的双手。
女性难以抵挡他的魅力、他的男子气概与他健壮的体格，伊丽莎白女王也不例外，尽管她比他年长了三十三岁。但这个年轻人也免不了要花言巧语地称赞女王，或假装被女王的魅力深深吸引，伊丽莎白女王就需要这样的注意力。传言中，她有永生不摧的美丽，她也刻意助长这样的传闻，但到了这个年纪，要维持传言中的姿态越来越困难，她只好使用假发与化妆品来协助。但在小艾赛克斯伯爵的陪伴下，她似乎恢复了逝去的青春。但女王似乎总把他当成自己无缘拥有的儿子，而非爱人或追求者。历史上从未有任何证据显示女王对他有任何非分之想，但曾有人推断，就外貌与体格而言，小艾赛克斯伯爵都让她想起了托马斯·西摩，在她青春正好的时期，唤醒她的性欲的那个男人。
但小艾赛克斯伯爵也有黑暗的一面。他有时相当情绪化、傲慢跋扈、莽撞无礼、难以相处，当他的脾气上来时总是冲动不已。他不懂自律，更不懂得“隐藏情绪。总是喜怒形于色”，也总是“非常容易被激怒，又难以平复情绪”。他是一个复杂的男人，生活过得仓促，但有时又仿佛活在自己的世界般爱做白日梦，做起梦来，连自己吃饭时吃了什么都不知道，也不在意自己的衣着是否搭配得宜。他总是迈开大步向前走，头部则总是向前倾。他的性格与其他的宫廷人士一样令人费神疑猜，但偶尔与人有了亲密接触后，他总会赶紧前往教堂，在神面前告解好几个小时。尽管他喜欢宫廷华丽炫目的生活，他也喜欢在查特里家中的安静生活。自小，他就有神经衰弱的问题，病情严重时，他甚至必须卧床多日，浑身发热、颤抖、重度忧郁，无法理性地说话或思考。
总是以自我为本位的小艾赛克斯伯爵拥有极大野心；总是想成为剑客中的佼佼者、宫廷中威风凛凛的年轻豪侠，但为了享受豪奢的生活，他需要很多钱，但在这方面却总是匮乏。因此他的生活总是寅吃卯粮，他的财务状况总是在破产边缘，也因此包括女王等人在财务状况许可下总是尽可能地帮他渡过难关。
年纪轻轻的小艾赛克斯伯爵，仿佛有用之不竭的精力，也想要在军事领域上有所作为。菲利普·西得尼死前将剑传给了他，因此他自视为菲利普·西得尼的传人，同时他对自己也相当有信心，认为自己有领导才能，能激发人们奉献的精神。他在这方面的确有相当程度的天分，但他有时行事太过轻率，也过于自负。“没有任何人比他还要更渴望荣耀，”康登记录下这些现象，“也没有人比他更不在乎荣耀以外的一切。”
有一个人相当妒忌小艾赛克斯伯爵的崛起，这个人就是莱礼爵士。他原认为自己能取代莱斯特伯爵，成为女王跟前的第一大红人，但江山代有才人出，他的光芒早已相形失色。莱礼爵士仿佛着了魔般地妒忌着，更暗自决心要颠覆小艾赛克斯伯爵显赫的地位。但当小艾赛克斯伯爵获得进入女王寝室，与女王交谈的殊荣时，负责在门外过滤访客的莱礼爵士，只能将愤怒与怨恨埋在心里。
只要可以，他绝不会放过痛击对手的机会。小艾赛克斯伯爵的姐姐桃乐丝小姐在与人私奔之后，就被禁止入宫了。但这年的七月份，伊丽莎白女王出巡，走访华威伯爵的豪宅诺斯堂时，华威小姐认为伊丽莎白女王的怒气已灭，便邀请桃乐丝小姐与小艾赛克斯伯爵为宾客。莱礼爵士含沙射影地向女王告状，表示小艾赛克斯伯爵将姐姐带进诺斯堂，因为他认为自己对女王不敬也没有关系。伊丽莎白女王大为光火，因此下令要桃乐丝小姐待在房里，一直到女王离开后才得露面。
又羞又窘的小艾赛克斯伯爵，早就猜到是谁在背后搞鬼。于是晚餐后，当他与女王和华威小姐坐在一起时，莱礼爵士正在门外偷听，小艾赛克斯伯爵为姐姐喊冤，并指伊丽莎白女王未经思考的作为“只是要取悦那奸诈的莱礼爵士，我就知道她会在世人面前羞辱我”——这是他事后在信件中对友人的抱怨。
结果这激怒了伊丽莎白女王，她直率地表明“自己无法忍受任何人批评莱礼爵士，同时表示我没有任何理由轻视莱礼爵士。她的一席话让我甚感纷乱，但我依然尽可能地向女王传达他的所作所为与真面目”。
小艾赛克斯伯爵问她：“我的女主公竟然敬畏这样一个男人，我该如何是好？”并以“悲痛暴躁的态度，尽可能地诋毁他”，希望能让莱礼爵士听到他的话。但这一席言论只是更进一步地激怒伊丽莎白女王，让她怒火中烧，让她毫不庄重地与小艾赛克斯伯爵吵了起来，甚至攻击他母亲莱斯特小姐的道德问题。这对情绪不稳定的小艾赛克斯伯爵来说，简直难以招架，他怒吼着说自己无法坐视家族蒙羞，并坚持在深夜里要把姐姐送走。至于他自己，他告诉女王陛下：“我到了哪里都无法开心，我的情感被狠狠践踏，如莱礼爵士这样的小人却大受敬重，我绝不想待在这样的人身边。”伊丽莎白女王并未回应，只是转过身去，继续与华威小姐聊天。
女王的忽视让他愤怒极了，小艾赛克斯伯爵随即离开那个房间，并安排姐姐立即离开，并随即前往马盖特准备去荷兰，在那里，他能将受伤的情绪发泄在战场上。“与其忧虑一生，不如光荣而死。”他宣称。
但伊丽莎白女王已经猜到，他可能会干傻事，便派出亨斯顿勋爵之子罗伯特·凯利（Robert Carey）将他追回；最后他在桑德维奇追上了小艾赛克斯伯爵，说服他返回诺斯堂，并与女王和解；但他仍不断抱怨女王陛下“对他的态度不够和善”——在接下来的几年中，还会常常听到他的抱怨。
这件事为两人未来的关系设定了模式，易变又易怒：性格刚烈的两人很容易爆发冲突，口不择言，接着冷战；但相较之下，伊丽莎白女王更需要小艾赛克斯伯爵的存在，最后只好让步。小艾赛克斯伯爵对女王相当有感情，他知道自己凌驾于女王之上，不断地得寸进尺。他绝不让任何女人控制他，甚至包括女王陛下；事实上小艾赛克斯伯爵鄙视女王拥有的王权到了极点，也厌恶自己必须卑躬屈膝的事实，他认为像他这样的男人，除了体能外，智能也比女性更加优越。他也许会奉承女王，装作爱慕女王许久的追求者，但他常以斥责的话来惩罚女王，同时毫不掩饰地表示，自己痛恨女王在两人的关系中占上风。他显然认为女王是个爱管闲事、令人烦躁又过时的老女人。令人最惊讶的是，女王屡次原谅他的放肆。甚至有人瞎猜，认为女王让小艾赛克斯伯爵在背后发号施令，但面对他不应得的政治势力，或他可能会不知羞耻剥削自肥的利益时，女王的立场又变得相当严谨。然而当小艾赛克斯伯爵深信，这些权位给错了人，与老派的、聪颖的人所说的不同时，他就能胁迫女王听从他的意见。伊丽莎白女王深知这一点，也早有准备。
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十二月二十一日，伊丽莎白女王指派霍华德勋爵查尔斯（Charles，Lord Howard）为中将、海军大臣兼英国海军指挥官，并下令要海军全员戒备。此时，菲利普国王可能很快就要派出他的无敌舰队前来；十一月份时，伊丽莎白女王便听说了他的计划：西班牙大型帆船的无敌舰队，准备痛击英国海军，为帕尔玛公爵先杀出一条血路，让他尽快由荷兰派遣一支精兵进入英国境内。推翻伊丽莎白女王、掌握英国政权后，菲利普国王就会来到英国，为女儿取得英国王位并重建天主教信仰。
根据霍林斯·赫德所记，在一五八八年年关将至之时，英国许多民众想起，部分占星家与预言家曾预测，英国这段时间会有“非比寻常又异常的意外”发生，因此引起极大的恐慌。但伊丽莎白女王拥有自己专属的占星预言家，则较为乐观。
实际上，伊丽莎白女王与她的政府已经开始准备迎战。海港与各地都加强边防，建造了七艘新船，旧船也进行翻修工作。王国各地高处都架起了烽火台，以在敌军入侵的第一时间通报。同时招募水手与军人，并向民间征用武器与仓库。尽管如此，面对敌人入侵，英国仍未有足够的准备，当她发现菲利普国王的舰队也并未完全准备好，可能到来年夏天都不见得有能力出击时，从不愿浪费金钱的伊丽莎白女王，下令遣散英国舰队。
纵然伊丽莎白女王有过人的勇气，但她仍不乐见两国开战：她天性不喜欢军事上的荣耀，对于战争可能带来的财政与生命损伤，她感到相当吃惊。若能透过外交手段解决的问题，她一定会选择这样的途径，当然，一直到无敌舰队真的出港以前，她一定会持续追求和平解决的方法。
因为女王仍然相当气愤，因此并未邀请莱斯特伯爵赴宫中过圣诞节，到了一月，莱斯特伯爵依然没有收到女王的音讯时，他只好写信哀求女王“用陛下那仁慈宽厚的眼睛，看看可怜又苦命的我”。而当莱斯特伯爵知道，当巴克赫斯特勋爵（Lord Buckhurst）提出要他为荷兰战争执行不力一事面对质询，但伊丽莎白女王却拒绝时，又感到相当欣喜。
战争恐将成真，伊丽莎白女王因而召回莱斯特伯爵，在一五五八年的前几个月中，尽管健康情形每况愈下，他仍一丝不苟地出席了枢密院会。莱斯特伯爵展现更甚于他人的态度，警告伊丽莎白女王，外交途径不足矣：她应该更进一步地加强军事实力。
到了四月，伊丽莎白女王下令额外翻修十二艘船，她的政府并负责着手开始针对女王的部队进行密集训练。德瑞克爵士倾向直接航向西班牙，破坏菲利普国王的船只，但伊丽莎白女王担心，在这最需要船只的时期，她可能会因而遭到报复，使得船只被破坏或遭窃，因此并不同意这么做。同时，女王表示，若真的在海上发生冲突，也一定要在英国近海一带进行，这样才能让海军牢牢记得自己为何而战。
伊丽莎白女王依然希望，两国不需要走到战争这步田地。四月份时，她派遣前驻巴黎使节瓦伦泰·戴尔（Dr.Valentine Dale）与帕尔玛公爵见面，希望求和。五月三十日，两国代表见面讨论和谈相关事宜，就在同一天，西班牙无敌舰队的一百三十艘船舰，搭载着三万精兵，在麦地那·西都尼亚公爵（Duke of Medina Sidonia）的带领下从里斯本出发前往英国。此时，英国舰队已经进入备战状态，在普利茅斯待命。
在西班牙的船舰上，带着数千份罗马教皇对此战役祝福的诏令，除了重申伊丽莎白女王遭到逐出教会外，甚至呼吁她的臣子们背弃她。这些诏令将在西班牙军队入侵后，在英国境内大肆散布。但到了六月底时，当伊丽莎白女王的臣子们知道诏令存在的消息后，更进一步地展现出对女王的忠贞。
六月初，枢机主教威廉·亚伦发行了一份手册，恶狠狠地攻讦了伊丽莎白女王，这本手册名为《给英国贵族与平民的警告》。在手册中，他将亨利八世形容为“伊丽莎白女王那让世人信以为真的父亲”，而伊丽莎白女王则是“近亲相奸生下的杂种，生来就招致灾祸，是无耻的妓女”。这样的诽谤中伤，让伊丽莎白女王感到气愤又难过，因此她指示戴尔大使，以女王之名向帕尔玛公爵郑重提出抗议。但帕尔玛公爵却表示，自己还未看过亚伦发行的手册，对于教皇的新诏令也一无所知。对于主公与伊丽莎白女王间交恶，他甚感遗憾，但身为军人，他必须听从命令。一直到七月八日，伊丽莎白女王仍不断写信给帕尔玛公爵，询问“有没有迈向和平更合理的方法”，若有，她会毫不犹豫地接受。
“以我对耶稣基督的爱为誓，女王陛下，”海军大臣信中写道，“请您清醒，看看身旁那些可憎的阴谋，这都是为了对付女王陛下与陛下的王国，请您如其他威严的君主般，集合兵力捍卫自己。若女王陛下愿意照做，就不需恐惧。若您不愿听信，大难就在眼前。”
七月十七日，伊丽莎白女王正式结束和谈。
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西班牙舰队的进程受到暴风雨的破坏，但到了七月十九日，西班牙人口中“所向披靡”的无敌舰队，出现在利札德海岸，这是英国人第一次亲眼所见。传言中，德瑞克爵士当时正在普利茅斯玩英式橄榄球，但他坚持在前往御敌之前，还有时间打完这场比赛。
当英国境内的烽火台燃起烽烟时，伊丽莎白女王于七月二十二日晚间，在里奇蒙德宫接获消息。接下来几天，英国枢密院则必须在紧急时期召开每日会议。罗伯特·塞西尔对于女王沉着冷静的反应，感到相当讶异：“看到女王陛下不愠不怒，展现出宽容的情操，许多人大感安慰。”她以相当激励人心的话，向“矢言绝不轻饶这些他国入侵者，以慰英国民众”的莱斯特伯爵做出保证。伊丽莎白女王冷静的反应，主要是因为非常清楚她已经做了万全的准备，让英国有充分的实力击退外侮，而英国皇家海军拥有较小、较轻、较快的船只，“在海面行进时吃水少又平稳”，引用霍华德勋爵查尔斯的说法，就是“所有基督教国家君主麾下最强盛的一支海军”。
由女王亲自执笔的代祷词，在各教堂中大声宣读。宫廷中反而出现前所未有的平静，因为在伊丽莎白女王的命令下，各派系之间的口角与仇恨都暂时抛在一边。英国各地的子民们，带着期待与忧虑的心情静静等待着。
沿着英国南岸前进，威严的无敌舰队正朝向荷兰前进，准备护送帕尔玛公爵的军队前往英国。英国海军则在普利茅斯严阵以待，多达一百五十艘战舰，桅杆上皆飘扬着都铎王朝白绿相间的旗帜。霍华德勋爵查尔斯中将担任指挥并由海战经验十足的弗朗西斯·德瑞克爵士辅佐；查尔斯中将知道自己能成为军事首领，是因为自己的地位，而非海战成就，于是勇敢地宣布，自己将“让贤给更有经验的人”。因此德瑞克爵士对霍华德勋爵展现出“忠诚又宽厚”的态度，于是“消除了对这个不确定的合作关系的疑虑”。
查尔斯中将的主舰是过去被称为莱礼方舟的皇家方舟，前一年才由莱礼家族出售给女王。霍华德勋爵得到女王的授权，得以全权依照他的判断与敌方交战。但相反，菲利普国王却写下了相当琐碎的——有些甚至是不合理的——指示，要麦地那·西都尼亚公爵参照。
七月十九日的夜里，霍华德勋爵正式展开追击无敌舰队的任务。七月二十一日星期日，在普利茅斯附近的埃迪斯通，两军短兵相接，却没有任何决定性，两天后又在多塞特郡外围的波特兰发生了更严重的一次冲突，这次造成多艘西班牙大型帆船严重受损，另外还有两艘沉船，七月二十五日在威特岛搁浅。英国皇家舰队在无敌舰队往东迈进的路上，屡次对其迎头痛击，恰好避免皇家海军在远离英国领海后，无敌舰队船只可能准备进行的突袭。
同时英国中部诸郡仍持续征兵，而莱斯特伯爵则被钦点成为皇家军团连队总司令与海军中尉，开始着手在泰晤士河口的蒂尔伯里堡组织四千员精兵，镇守在伦敦东方以对抗帕尔玛公爵的进逼。他已经在河面上部署，阻挡船只长驱直入。
伊丽莎白女王大胆地提出要求，表示自己想要到英国南部主掌征兵事宜，并在帕尔玛公爵踏上英国领土的那一刻与他对垒，女王这样的突发奇想，吓坏了参事们。为了转移她的注意力，七月二十七日，莱斯特伯爵邀请她参观蒂尔伯里堡，对皇室军队“喊话”，并强调“亲爱女王，你与所有基督教国家君主相同，拥有如此良好、忠诚、精良的手下”；他认为女王的安危就是神的恩赐，“女王就是这世界上，我们最高尚神圣的拥有，想起了女王，任何人都会感动不已”。
同一天，西班牙无敌舰队在距离敦刻尔克不远的加莱港下锚，此时帕尔玛公爵正带领一万六千名精兵，等着跨越英吉利海峡。在附近的海域上，荷兰舰队不停巡防以抵抗西班牙无敌舰队。
英国皇家舰队跟着无敌舰队的脚步来到了加莱港，在七月二十八日的夜间，下令由五艘“地狱火焰”，也就是载满了木头与沥青的火烧船，直接冲撞巡防中的无敌舰队帆船。结果西班牙海军仿佛陷入地狱，强风助长火势，导致恐慌与混乱，打散了西班牙无敌舰队，破解了他们的新月阵队形，且使他们在强风的阻挡下四处溃散。这样也代表体积较小的英国舰队，在冲突中有更公平较量的立基。这次奇袭的结果，西班牙方面的士气大受打击。
七月二十九日，在法国格拉夫林，麦地那·西都尼亚公爵英勇地重组了他的船队，这个方法并不算失败，接着两军就要进行最后的攻防。但英国皇家舰队仗着数量较大，取得相当的优势，大获全胜。西班牙失去了十一艘船与两千名士兵，英国却只有五十五人阵亡。两军战到弹尽粮绝后才结束了这场战役。