卡第兹之役大胜后，伊丽莎白女王在欧洲的声望更为提高，于是她也与社会大众一起欢喜庆祝——威尼斯人称她为“海之女王”——但让她最挂心的不是军事上的荣耀，而是财政负担，因此当小艾赛克斯伯爵返回宫中时，女王的反应并不如他预期般雀跃称许，不断道谢；而是小心眼地问他花了多少钱，急切地想要知道她投入的资金“换得多大一笔收益”。小艾赛克斯伯爵只好承认女王早已料到的一切，“什么也没有”；事实上，大多数的钱都用来支付给手下了。伊丽莎白女王勃然大怒，表示她早就知道除了她以外，每个人都赚到钱了，最后仍不情不愿地付了两千英镑薪水给他，并要求他之后得如实归还。
让她生气的还不只是金钱问题。她也相当嫉妒小艾赛克斯伯爵的成功，以及成功为他自己在宫廷人士间带来的人气。她因此变得相当没有安全感，毕竟小艾赛克斯伯爵是一个个性不稳定的人，在女王的许多敌人影响之下，让他得到这么高的支持度，可能造成许多危险。因此女王不同意让他发行小册子，描述他的英勇事迹，当部分人士建议发起全国性的感恩行动时，女王坚持只有伦敦得以庆祝。她无法忍受别人称赞他，在枢密院会中甚至刻意贬抑他的军事策略。
但小艾赛克斯伯爵全都承受。“我的命运多舛，难得安宁！”他写信向安东尼·贝肯表示：“这些让我难以消化的尖酸刻薄，就当作幽默吧！告诉你，身为女王亲信带给我的麻烦比荣耀多太多了。”当女王渐渐了解，她的舰队两手空空地返航并非小艾赛克斯伯爵的错时，她的态度渐渐软化。在一次枢密院会议中，尽管伯利男爵反对有人提议让小艾赛克斯伯爵从卡第兹之役中得到应得的利益，但女王严厉地斥责他，吼道：“亲爱的财政大臣，无论你是害怕还是爱戴，你对小艾赛克斯伯爵阁下的心意，都超越了我。你是个恶棍！是个懦夫！”伯利男爵早就经历过女王这种突如其来的爆发，而女王的态度吓不倒他，他向小艾赛克斯伯爵透露自己的处境左右为难，“日渐衰弱”。虽然最痛恨伯利男爵的安东尼·贝肯表示“感谢神！”，但小艾赛克斯伯爵仍写信给他以表达怜悯之情。尽管如此，他过去与塞西尔家族的恩怨情仇再度浮上台面，变成更加难解的课题；法国大使就发现：“这件事导致宫廷内斗严重；只要是财政大臣那一侧的人，就是小艾赛克斯伯爵派系的敌人。”
小艾赛克斯伯爵掌握了女王与枢密院，积极参与各式各样的国家事务。英国全体臣民谄媚地视他为传奇英雄的翻版，只要他在，身边就会聚集许多人簇拥着他。这个时期有一名诗人形容他为“大英帝国的荣耀，世界的珍奇遗产”。这些奉承当然让他冲昏了头，弗朗西斯·贝肯于是劝他，尽可能地不要踩到皇室特权的界线，并向女王表达最诚挚的忠诚。并要他放弃追求军事成就与派系斗争，投身于枢密院士应尽的义务，同时请求女王指派他担任悬宕已久的掌玺大臣一职，如此一来，他便能得到“监督国务大臣的特定权力”。但小艾赛克斯伯爵变得比过往更冲动、固执，根本听不进这些聪明睿智的谏言。尽管他宣称自己除了“得到女王陛下仁慈的疼爱与侍奉女王有功的好名声”以外，别无所求，但身为大名鼎鼎的征服者，又怎可能划地自限，甘愿担任行政职务？
此时，菲利普国王正为卡第兹之役的挫败气得跳脚，于是宣布要以“暴力手段”对英国展开报复，并下令增建船只，盼能派出比一五八八年的无敌舰队更庞大的海军队伍。
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连续三年，英国夏天都出现暴雨，导致农作物歉收与“饥荒”。食物价格高居不下，地方上出现不满的声音，甚至出现暴动。伊丽莎白女王下令要政府制定出紧急措施，提供食物给穷人，但这一年的冬天有许多人饿死街头。政府宣布周三与周五是饥饿日，要有钱人断食，再将省下来的钱捐出来纾解当地饥荒。
遭到军队解雇的士兵与水手们，让地方上的劳力市场扩张，刚好碰上贸易量大幅下滑，地方上的治安法官不断反映许多地区都出现无业游民组成的暴力集团。
此时约翰·哈林顿爵士再度失宠，这不只是因为他花心，还因为他写了一本书，名为《大埃阿斯的形变》（The Metamorphosis of Ajax），这本书名一语双关地点出他的全新发明——马桶，又称为“厕所”。他知道女王对于气味非常敏感，于是他送给女王这本书，推荐女王将他的新发明安装在里奇蒙德宫。伊丽莎白女王因此而恼火，除了这本书在粪便学上描绘得太过详细外，这本书用有点风趣又带有诽谤意味的文字，点了几位公众人物的名，其中包括女王至今依然难以忘却的莱斯特伯爵，也是个中原因。女王拒绝赐予哈林顿爵士书本的发行权，但哈林顿爵士却公然反抗她，一年内甚至出了三版，导致他再度被女王赶出宫去。
哈林顿爵士加入了爱尔兰战争，并从爱尔兰写信给女王，请求女王的谅解。他的表亲告诉他：“女王有意将你拉拔为亲信，但她认定你会用她来写讽刺短诗，进而影响整个宫廷。有人听到她说：‘这个搞不清楚状况的小诗人，我的教子，若能恢复清醒，远离女人、戏谑与愚蠢的念头，才有资格回到格林尼治来。’”
预料到西班牙可能于是年夏天入侵，小艾赛克斯伯爵于一五九七年初向女王施压，让他再度外出征战。尽管女王的态度开放，但对于该采取什么样的进攻策略与谁该担任指挥官，都无法下定决心。
二月份时，小艾赛克斯伯爵称自己生病，伊丽莎白女王赶忙前往他的病榻前。此举治疗效果奇佳，但接着又因为女王坚持要他与莱礼爵士一同指挥舰队，他的病情又怪异地再度加重，两星期以来，他一直躺在自己的房里，伊丽莎白女王显得十分激动，两人发生争执的宫廷传闻不胫而走。女王宣布“我要故意与他唱反调，挫挫他的锐气”时，证实了这件传闻。女王表示哈林顿爵士那固执难搞的个性，必定是遗传自他的母亲。
当女王再度拒绝指派他的朋友罗伯·西得尼爵士，登上五港同盟战舰，反而将这个荣耀赐予他的仇敌科巴姆勋爵（Lord Cobham）时，小艾赛克斯伯爵更感光火。贝肯建议小艾赛克斯伯爵策略性地退出宫廷运作，因此他“迅速痊愈”，并表示要前往威尔士的领地。此举让女王派人去召唤他，“一切再度归于平静”，伊丽莎白女王总算同意，让他成为“女王的陆军与海军”中将与准将，并封他为军械统领。女王坚信不需要太多的花费，他一定能成就与卡第兹之役相同的胜利。
这次塞西尔家族也支持他的行动，小艾赛克斯伯爵抛弃了过去所有的妒忌，四月份时，邀请他们与莱礼爵士到艾赛克斯宅邸共进晚餐，餐间他们达成了共识，形成了以共同利益为基础的友好关系。六月初，小艾赛克斯伯爵与塞西尔家族说服女王重新接纳莱礼爵士。女王将华德莱礼爵士召唤到跟前，告诉他可能会恢复他皇家卫队队长一职，“让他能一如往常地大胆踏入女王寝宫”。那天晚间，女王亲切地邀请他一起出外骑马，但他始终无法恢复女王往昔对他的宠信。
到了六月底，小艾赛克斯伯爵欢天喜地地离开了女王，起程前往海边监督出航的最后准备工作。就在他要出发前的两星期，两人交换了情感满溢的书信，不断地互道珍重再见，小艾赛克斯伯爵称她为“最亲爱、最受人敬重的君主”，并告诉她：“言语也无法形容我的真心意，但我要向您高贵亲爱的心恳求。我用尽心力只为了得到最高的仁慈与女王赐予的快乐。我对女王陛下的牵挂，比任何臣子对君主来得更多。”女王于是致赠礼物给他，为小艾赛克斯伯爵专属的客舱打造了一幅女王绘像，并告诉他，若事情发展不如预期，他就该“记得只要尽了全力，就不用害怕被责怪，我们也不会严格地抨击你”。小艾赛克斯伯爵感谢女王“恩赐一封信件，让他感受到最神圣的灵气”。
接着探子开始回报，西班牙船舰已经几乎准备好可以出航，但英国天候状况极差，连续四年的夏天都受到大雨与洪水的袭击。七月十日英国舰队正式出海后，英国南部一场强风狂吹了四天，英国舰队被迫返港避难。看到遭强风破坏的宫殿，又听见他人误传小艾赛克斯伯爵溺死的消息，导致她在见到小艾赛克斯伯爵以后松了一口气，甚至掉下欢喜的眼泪。罗伯特·塞西尔于是写信告诉他：“女王陛下现在希望我们大家都爱你，她每天晚上都一直赞许你，仿佛你是个天使。”
罗伯特·塞西尔也告诉小艾赛克斯伯爵，伊丽莎白女王如何与一位放肆无礼的波兰大使应对，这位大使在人员众多的谒见室中，以违反所有外交礼节的态度，用拉丁文对女王说了一长串威胁的话，“那种嘴脸是我这一生都没见过的”。伊丽莎白女王愤而从王位上倏地起身，用完美、即席的拉丁文控诉他傲慢无礼的行为，这段演说简直能成为英国乡野传奇，传颂好几个世纪。女王咬牙切齿地说，若他的主子同意他说的这些话，那他显然是个新手国王，且他继承王位的方式定是透过近来兴起的选举，而非血统。
“至于你，虽然我猜想你应该看了很多书来巩固你的论点，但我猜你并没有阅读那些教你如何与君主及贵族交流的章节吧！”若他没有外交豁免权，女王肯定以“其他的方法”来对付他。
女王接着转向其他宫廷人士大喊：“该死的畜生，各位！今天我被迫使用我生疏已久的拉丁文。”但在场的全体人员爆出了敬佩的掌声，当伊丽莎白女王向罗伯特·塞西尔表示她希望小艾赛克斯伯爵在场，听着这场精彩的攻防时，罗伯特·塞西尔承诺会特地写信告诉他。小艾赛克斯伯爵闻此消息，回复：“在我眼中，女王陛下完全符合古代人眼中真正的英雄该有的条件，那就是如黄金般珍贵的心与如黄铜般坚强的身体。”
到了八月，在强风中受损的船舰修复了，英国海军舰队再度出航前往西班牙，但又再度遇上强风，因此始终无法抵达无敌舰队的大本营费罗尔。伊丽莎白女王告诉小艾赛克斯伯爵，他可以去搜罗一些西班牙宝物，但一直到他成功摧毁菲利普国王的舰队后，他才告诉女王他接下来要远行，去追寻西印度群岛的宝物船。这完全不是女王派他出航的目的，女王冷冷地回道：“当我看到超越了正常状态的东风令人钦佩的杰作，我就清楚地看见自己做了多么愚蠢的决定。”同时，女王也警告他：“以月神之名，你可别大胆得再度越线，践踏我们的宽容。你已带给我巨大的痛苦，超过了我原本的预期。”她想要的，只是小艾赛克斯伯爵“平安返航”。
小艾赛克斯伯爵却无视女王的警告，执意前往亚速尔群岛。他在九月十五日抵达时，西班牙舰队已经几乎近在眼前，但他四处寻找他们的踪迹时，他自己的船队开始四散。莱礼爵士带领的一支船队停靠在法亚尔岛，于是他擅自下令洗劫了一个小镇，得手大量的财宝。小艾赛克斯伯爵因相形见绌而气愤难平，于是指控莱礼爵士无视他的命令，因此在渴望荣耀与财富的想法之下，完全没有考虑到自己手下的军官，攻击了法亚尔岛。他甚至深切地考虑一位船长的建议，差点对莱礼爵士发起军法审判并处决他。“就算他是我的朋友，我也不惜这么做。”他狠狠地说。但有人劝服了莱礼爵士，让他开口道歉，这件事就到此为止，但他的名望也受到了影响。
此时，小艾赛克斯伯爵冲动地决定要拿下圣米格岛。但在决定全体舰队转向时，他损失了三小时的时间，因此错过了一艘宝物船，让它平安无事地载着三百五十万英镑的银块离开。若英国能挟持这艘船，菲利普国王肯定只能寻求和平之途，但小艾赛克斯伯爵却错失良机，在毫无选择的情形下，只好再度空手回家。
一听说小艾赛克斯伯爵的船舰正在偏远的亚速尔群岛，菲利普国王赶紧下令他的无敌舰队出航，十月十三日时，小艾赛克斯伯爵正在返家的途中。一百四十艘大帆船正离开费罗尔，准备大举入侵法尔茅斯，期盼能拦截并摧毁已无抵抗之力的英国战舰。接着他们要占领法尔茅斯，长驱直入伦敦。英国南部陷入警报之中，并准备好抵御敌军来袭，但到了十月底时正式传来消息，指西班牙舰队在费内·史特勒近海遭到暴风雨的袭击，因而破损不堪、漂流四散。
这场天灾让早已病入膏肓的菲利普国王失望至极。他已经破产，人民对这些毫无建树的战争相当质疑，此时的他也不得不面对，他所谓的“对英国的企图”，可能永远也不会实现了。
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十月二十六日，小艾赛克斯伯爵总算抵达普利茅斯，听闻“西班牙船舰接近英国海岸”的消息让他紧张不已；有些人在利札德海岸看见大帆船的踪影。他赶紧重整旗鼓，出海御敌，但他很快就发现危机过去了。当他回到宫中面对伊丽莎白女王时，“海岛探险”失败的消息早已臭名远播，除了一路上挟持的几艘商船外，他没有什么能献给女王的礼物。更严重的是，因为他的愚蠢而让英国面临差点遭到敌人入侵的险境，伊丽莎白女王因此对他十分冷淡。
“我绝不允许英国海军离开英吉利海峡。”她这样告诉伯利男爵，她指责小艾赛克斯伯爵“让敌人有余力与胆量来侵略我们”。伊丽莎白女王生气的原因，还包括尽管小艾赛克斯伯爵并未负起责任，但他的人气依然不减。多数的人认为他只是运气不佳，或是认为莱礼爵士才是海上探险任务失败的主因。看来英国的英雄，永远不可能是个无能之人。
小艾赛克斯伯爵相当气愤：他无法理解女王为何对他如此严苛。“在神的允许之下，我们根本不算失败。”他记录下这样的字句。“我们希望女王陛下能理解我们痛苦的日子、胆战心惊的夜晚、恶劣的饮食条件，以及许多无法与结果相提并论的危险。”“那些安坐温暖家中的人，怎能评论我们？”他完全没有解释自己的失败，只是离开了宫廷回到温斯特暗自哭泣，而女王也写信给他。在沮丧之中，他回信给女王：
您让我变成了一个陌生人。我宁愿让自己病重的身体与受创的心灵，寻找一个安静的角落休息，也不愿在您的身边，却只能与您距离遥远。对我来说，写下这些您不在乎、不想知道的事情，相当愚蠢。我的心一如往常，现在却被刻薄的世道击得体无完肤，过去只有美好能征服我的心。周日晚间，我正躺在床上，我想，我会在这里将自己埋藏几天。女王陛下的仆人，带着受伤的心，尽管受到刻薄对待仍不改初衷的R.小艾赛克斯。
小艾赛克斯伯爵的缺席，也像过去一样改变了女王的心。在与牛津伯爵深入地聊过小艾赛克斯伯爵的事情后，女王陛下写信给他，询问他的健康情形。接着她又写了一封信，暗指原谅他的时机已经到了。
小艾赛克斯伯爵于是回信：
最亲爱的女主公，您的仁慈与频繁的来信，保全了一个病重得半死的男人，让他再度重生。自从我第一次快乐地了解了爱的真谛后，便从未一天或任何一小时摆脱希望与妒忌的轮回。若女王陛下能以体贴的心，支持怀着公正之爱的我，让我远离下一次的严苛责骂，我就很开心了。因此，怀抱着希冀，盼女王陛下成为您心目中最好的君主，我俯身亲吻您美丽的手。
这一字一句打动了女王的心，伊丽莎白女王邀请小艾赛克斯伯爵于登基纪念日的庆祝大典返回宫中。但他却不愿意，因为听说女王为感谢霍华德勋爵在对抗无敌舰队与卡第兹之役中的贡献而赐给他诺丁汉伯爵封号，小艾赛克斯伯爵的心中再度生出不满情绪，尽管他是海军大臣，但在宫廷中仅拥有骑士统领级别地位的他，依然比不上诺丁汉伯爵。妒忌不已的小艾赛克斯伯爵认为，卡第兹之役是他一个人的功劳，因此他向女王表示自己生了重病，无法离开温斯特。这件事让女王情绪极差，导致全宫廷都在祈祷小艾赛克斯伯爵赶紧回来，伯利男爵与得到新封号的霍华德勋爵都写信要他快回，但仅是徒劳。
女王登基纪念日从此被称为女王日，这一天就在小艾赛克斯伯爵缺席的情形下到来又过去。伯利男爵又写了一封信给他，提醒小艾赛克斯伯爵，这是伊丽莎白女王登基四十周年的纪念日，霍华德勋爵也写了一封信，里面充满了友情的力量。目前为止，小艾赛克斯伯爵自我放逐的念头也开始动摇，于是回了信，表示若女王陛下愿意邀请他回宫，他便愿意回宫。但伊丽莎白女王已经受够了，表示：“他的职权所在，包括他必须身在宫中；君主不需与臣子争辩。”
女王拒绝继续讨论此事，表示自己公务繁忙，还要应付法国大使。亨利四世希望能让法国、西班牙与英国达成基本的和平，因此派了特使马利西的安德烈·修洛特-加龙省（André Hurault，Sieur de Maisse）来试探伊丽莎白女王的态度。但据传菲利普国王打算于来年春天再派遣无敌舰队来袭，因此伊丽莎白女王完全没有打算要和谈。虽然后来证实无敌舰队的传闻只是空穴来风，但女王仍保持表面的礼貌：先是为自己仍穿着睡衣[1]道歉，并表示因为脸上生了疮而感到尴尬不已；她给了修洛特-加龙省特使一张凳子，并同意让他觐见女王时全程戴着帽子。但她显得有点心不在焉：“每次说话时总是不断起身，对我说的话表现出不耐烦的样子；她甚至抱怨壁炉的火焰让她眼睛很酸，但事实上壁炉不只离她有六七尺远，且前方正挡着一道厚重的帘子，但女王仍下令要人先把壁炉熄了。”她向修洛特-加龙省特使表示宁愿站着接见他，接着故意补上一句，自己常常故意让讨人厌的特使站久一点，刺激他们。“她一起身我就起立了，”修洛特-加龙省特使的记录中显示，“她又坐下时，我也大方坐下。”
在另一次的会面中，伊丽莎白女王忽然指控菲利普国王十五次企图谋害她。
“这个男人多么爱我啊！”她笑出了声，接着又叹了一口气，表示很可惜两人的宗教观迥异。结果受害的是英国人民，而她对人民的爱，就如同他们对她的爱一般。若要她牺牲任何一点彼此的爱，她还宁愿去死，但女王自认人生已经跨进棺材一半，因此也为民众的未来担忧。女王接着看到修洛特-加龙省特使拉长了脸，她又笑了。
“不！不！我想我还不会那么快死！我还没那么老，马利西的安德烈·修洛特-加龙省特使，没像你想得那么老。”女王想要讨得一些赞美，因此表示很遗憾，特使见过这么多伟大的君主，却得要来看她这个愚蠢的老太婆。对于自己的舞蹈技巧与各种成就，她也显得不屑一顾，“她因此给了我很多称赞她的机会”。当他恰到好处地赞美女王的决策力与深谋远虑的能力时，女王说“她对于世界上许多事情有基本的认知是很自然的，许多人都说她年轻……当有人称赞她的美貌时，她表示虽然三十年前有这样的传言，但自己从来都不漂亮。不过她总是尽可能地提及自己的美丽”。
伊丽莎白女王的衣橱让修洛特-加龙省特使震惊不已。他意外发现女王拥有三千多件衣服。十二月十五日，她第二次觐见女王时，女王身穿意大利式银色纱质服装，边缘还有宽版金色蕾丝装饰。“袖口的V型开口剪裁还有红色塔夫绸装饰”，胸前的开口则露出了白色锦缎短外衣，里面再穿着侍女的无袖宽松内衣，但它们全都开衩到腰部，“完全露出了她的胸线”，当然也暴露了“不少皱纹”。因尴尬而慌乱不安的修洛特-加龙省特使，在两个小时的觐见对谈行程中，完全不知道眼睛该看哪。每次只要看着伊丽莎白女王，他都觉得自己超出了礼仪的规范。更糟糕的是，女王一边讲话“会仿佛觉得太热般，一边用手拉开胸前的上衣”，结果修洛特-加龙省特使便能一路从她的上腹看到肚脐去。她也戴着“大红色的假发”，“两束波浪大卷垂至她的肩膀”；假发上更装饰着珍珠、红宝石与珍珠花冠。修洛特-加龙省特使认为，她只是要以残存无几的风韵来蛊惑他。“尽管她认为这样能维护她的尊严”但“她的脸部看来十分苍老：脸形又长又瘦，牙齿泛黄又不整齐，甚至缺了很多牙，因此她说话时常常含糊不清”。但“要看到身心都保养得这么好、如此体力充沛的老妇人，还真是不容易”。