处决了小艾赛克斯伯爵后，伊丽莎白女王始终未展现出任何悔意。对她来说，这么做只是伸张了正义。但想起他，女王仍会伤感，她的余生都戴着小艾赛克斯伯爵送她的一枚戒指。
小艾赛克斯伯爵死后，全英国权力最大的人就是罗伯特·塞西尔了。他是个高明能干的政治人物，但他始终不受欢迎，人民总认为他与莱礼爵士，是害死小艾赛克斯伯爵的刽子手。“小塞轻松来去，掌握宫廷国君”[1]成了当时的一句顺口溜。这个说法并不完全正确，因为女王仍全面掌控政务，但社会大众显然不这么想。“若女王下令，我知道全国上下没有第二个人胆敢提出异议。”罗伯特·塞西尔表示。唯一会这么做的人已经死了，宫廷中总算出现难得的平静，就连自命清高的莱礼爵士都无法搅乱一池春水。伊丽莎白女王知道莱礼爵士嫉妒罗伯特·塞西尔的权力，但同时也清楚，他那“天杀的骄傲”得保他永远不会是个麻烦的对手。
一六〇一年三月，罗伯特·塞西尔开始为苏格兰王詹姆士六世继位与自己在新王朝中掌权的未来铺路，于是他开始与苏格兰王保持通信。这一切自然得严加保密，罗伯特·塞西尔也向詹姆士六世表示，千万不要期待他会做出什么违反伊丽莎白女王王权的事情。但只要詹姆士六世愿意听信他的建议与指示，时机到了，他就能确保英国政权安然移交到他手上。詹姆士六世自然乐得乖乖合作。
到了五月，他派遣特使向伊丽莎白女王提出请求直截了当地告诉他，她属意的继承人是谁，但罗伯特·塞西尔却向英国驻爱丁堡大使表示：“女王陛下只给了负面的答案，因为这个要求让女王陛下觉得很刺耳。”目前只要听人谈起继位话题，她都会病态性地反弹，就连苏格兰王闻此消息对她的反应气愤不已并准备联合外国势力来支持他时，也无法让女王下定决心解决这个问题。于是她再一次向詹姆士六世重申，她可以确定的是，在她的葬礼上一切都会有答案；因此，一直到伊丽莎白女王任期届满为止，她与詹姆士六世的关系都相当紧张。尽管如此，在她的信件中仍可以清楚看出，詹姆士六世在伊丽莎白女王心目中，比其他候选人的地位还要高。她只是不敢公开宣布。但她曾私下告诉哈林顿爵士，“还猜不出苏格兰皇室会是英国王位继承人者，简直愚蠢到家。”
小艾赛克斯伯爵死后数月，伊丽莎白女王总感厌烦、悲伤，受到情绪忧郁的困扰，常让她想躲回阴暗的房间，才能好好哭泣。精力枯竭的她，开始无心治理国事，也变得健忘。执政的最后两年，她的意志力被完全摧毁，她这一代的老臣所剩无几，无人能理解她被孤立的苦。这一年夏天，她向法国大使表示“她非常厌世，现在什么也无法满足她，带给她欢乐”。谈起了小艾赛克斯伯爵，女王“不住地叹气，还几乎要掉下泪来”，但仍坚持因为他不听从她的警告，才会自己走上毁灭之路。“胆敢戏弄君权者，不值同情。”女王如是说。
因为女王的情绪起伏大，“忽视了政务，因此让人民开始群起质疑老女人当政的后果”。小艾赛克斯伯爵陨落后，尽管政府不断努力，伊丽莎白女王人气仍直线下滑。“至今，”康登在新王朝开始后写下这些记录：“只有少数人认为（小艾赛克斯伯爵）犯下了杀头罪。”经济问题拖累了国政，与西班牙的战争仿佛永无止境，改革的必要性逐渐清晰。尽管部分说法不实，但伊丽莎白女王仍大受批评，尤其是她大删宫廷预算，让许多宫廷人士面对不断上涨的物价几乎入不敷出，于是许多人开始期待继位者能拯救他们。此时宫廷中弥漫着贿赂与贪腐的恶习，女王陛下也已无力驱赶这些乱象。“现在到处都是如狐狸般奸诈的人，想要找到值得信赖又善良正直的人，几乎很难了。”女王不住地抱怨。
八月份，伊丽莎白女王接见了专事古物研究的威廉·兰巴德，他也是伦敦塔的文件管理者，他进宫是为了呈交在他照料之下的档案目录复本。伊丽莎白女王显得非常有兴趣，甚至大声阅读部分文件，并告诉他“尽管她到了这个年纪，还是可以做学问，并表示不要轻视她用剩余的岁月来学习”。但当她翻阅理查德二世时代的文件时，显然小艾赛克斯伯爵背叛带来的伤痛阴影，依然在她心里挥之不去，她转向兰巴德说：“我就是理查德二世，你懂吗？会忘了神的恩典的人，也会忘了自己的恩人。这种悲剧，已经在公开的街道上或平民的家中多次上演。”对于她意有所指的话，兰巴德了然于心。但伊丽莎白女王最后还是相当有风度地命他退下，并说：“再见了，良善正直的兰巴德。”两周之后，他便离世了。
这一年夏天，女王出巡来到瑞汀，接着进入汉普郡，在前往桑迪斯勋爵官邸前，她便在汉普郡贝辛的维恩宅邸住进温切斯特侯爵家中，接待法国大使彼林斯上将（Marshal Biron），为此她甚至从汉普顿宫与伦敦塔带来盘子与挂饰。有人听到她吹嘘，表示英国史上没有任何一个君主像她一样，在出巡时与在臣子的宅邸中“如此庄严地接待他国大使”。
彼林斯上将的同事苏利公爵（Duck de Sully），对于伊丽莎白女王对国事的渊博知识，感到印象深刻：
我深信这个伟大的女王，与她远播的威名绝对符合。她告诉我许多合情合理的事情，让我既惊喜又钦佩。有远谋的君主常见，但像她一样一步步稳定迈进，能预见障碍、排除万难的统治者就少见了，当问题发生，他们不需要多做些什么，只要拿出预先计划好的解决方案就能度过危机——这是多数君主缺乏的能力。就短时间内发现的各种功绩，想要称赞英国女王，三言两语实在难以形容，但这些特质都来自她的心思与智慧。
在这次出巡的途中，伊丽莎白女王的臣子们，发现年轻俊美的爱尔兰克兰里卡德侯爵（Earl of Clanricarde），与小艾赛克斯伯爵有那么一点神似，于是他们刻意制造机会，让女王注意到克兰里卡德侯爵，希望能让她振作一点，但女王对他似乎一点兴趣也没有，并表示只要想起小艾赛克斯伯爵，她就感受到无尽的伤痛。
在返回伦敦的途中，女王造访了中殿律师学院，在学院中以“金鹿号”上拆下的木材建造的大厅中，女王主持了一场宴会，并观赏莎士比亚剧作《第十二夜》的演出，而宴会上她所坐的桌子至今依然在原址。
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伊丽莎白女王任期内第十三届也是最后一届国会，在十月份一个乖戾的天气中展开了，这次的主要目的，就是希望能破坏专卖权的卑鄙手段，这是导致许多人陷入经济困境的主因。[2]当女王正式召开国会时，几乎没有人依照惯例问候：“天佑女王陛下”。在女王的国会演讲上，穿着沉重的礼袍、戴着皇冠的女王突然间微微地颤晃了一下，身边许多卫士连忙冲上前去扶住她，以免她撞到地板，这件事短暂地引起骚动。但女王随即恢复，于是典礼继续照常进行。
女王离开国会议事堂后，整个前厅挤满了人，“几乎水泄不通，（接着）女王只好挥动双手才能挪出空间，于是一位领宾员便大喊：‘退后，各位议员，让个位子。’结果一位议员在背后大声说：‘若您要断我们的生路，我们也无法让路。’女王似乎没听见，但她还是抬起了头，望向了说话的人的方向”。
在粮食缺乏与饥荒之中，更严重的问题是，伊丽莎白女王当政的太平年代让英国人口急速上升。圈地运动更是让英国贫穷人口大幅增加的关键，这些人曾受到教区的修士与修女妥善的照顾，但一五三〇年代，亨利八世解散修道院的法令破坏了许多人的宗教生涯，为国家徒增沉重负担。伊丽莎白女王任期将届之际，乞丐成了英国街头的重大问题。
一五九八年，英国国会通过了著名的《救贫法》，于一六〇一年十一月正式上路，将地方上的乞丐托付给当地教区照顾，法律规定教区有责任协助这些人。过去，英国各级城市与自治市镇都有贫民收容所——后又称为济贫工作院——而这个制度则由地方赋税系统来负担支出。
英国下议院决心终结遭权力人士滥用的专卖权，于是提交一项补助案，盼能让女王同意通过一项限制她封赠专卖权的法案。在他们展开行动前，为了避免引起王权上的争端，伊丽莎白女王发布了一项声明，宣布要马上终结当前的体制。下议院闻此全体欢呼，甚至有议员流下欣喜的眼泪，在下议院议长约翰·克洛克（John Croke）带领下全体议员一同为女王祝祷时疯狂大喊：“阿门！”
国会决定派代表向女王表达臣子们最深的感激与欢喜。当他们要决定由哪位议员作为代表时，有些人大喊：“全体议员！全体议员！全体议员！”伊丽莎白女王只好派人表示，尽管宫廷空间非常有限，但她仍希望见到每一个人。下议院全体一百五十位议员都接受了女王的邀请。
十一月三十日，伊丽莎白女王便在怀特霍尔宫的会议室中，端坐王位上接见了他们，同时也证明了旧时的魔法依然有效，她发表了被后代称为“黄金演说”的演讲，而这次演说也成了她与最爱的人民最后的诀别。议员们跪在她的面前，而议长作为全体议员代表，则开始表达他们诚挚的感谢，但女王坚持要说些话。
她说：
议长先生，我知道阁下的来意，是为了感谢我。请记得，我得到诸位诚挚的感谢，内心的欢喜，绝不亚于赠送如此珍贵心意的你们。我向诸位保证，这世上没有任何君主对臣民的爱，能像我一样多。我从未拥有如此价值连城的珠宝，我会珍藏这件宝物：也就是你们的爱。我对它的尊重，超越了任何有价值的稀世珍宝；诸位的忠诚、爱与感谢——对我是无价的；尽管神给了我超越凡人的地位，但我依着你们的爱来统治国家，这才是王权荣耀的本质。对于神命定我为英国女王，我内心的欢乐从未胜过受到如此多人的爱戴与感激，也能在神的指引下，保护人民生命安全，远离危险。
女王要议员们起身，因为她还有更多话要说，她感谢议员们让她知道人民对专卖权体制的不满：
议长先生，你向我道谢，但我内心的感激远超过你，因此我命令你，代替我向下议院全体人员表达感谢，因为诸位，我才能得知这些事情，我的内心着实感激不尽；若我未能得到诸位的点醒，便可能堕入错误的深渊中，感谢诸位以真正的民意相响应。只要王权的行使依据人民的意愿，并适当地压制特权行使的本质，王权的尊严绝不会受损。是的，听到这样的消息后，一直到能拨乱反正前，我始终无法放下紊乱的心绪，而滥用王权慷慨赠予者，也应了解我绝不通融。
至于我自己，容我为自己辩护：我从不贪婪，也非性好剥削，不是个严苛、独断的君主，也从不挥霍；我向来不爱世间财，只为臣民着想。臣民赠予我的东西，我绝不私藏，而是留待日后再度回赠诸位；是的，我所有的一切都属于人民，都是为了人民所用，盼诸位能体认我的用心。
女王向议员们保证，她“除了盼能看见英国再度繁荣外，并不想再活得更久，这也是我唯一的希冀。身为女王，我从未以对臣民良好有益作为借口、托词，实则赋予他人重权，事实上这一切皆为侍奉王权的老臣应得之利”。若这些人滥用了专卖权体制，她促请：
盼我错误的命令不会触犯天意。在旁观者眼中，带着王冠君临天下的荣耀，比起在位者实际感受到的乐趣还多。就我而言，若非为了履行神加诸我的道德责任，维护神的荣耀并保护人民的安全，而我自己则宁可退位让贤，并为自己不必再为了荣耀而不辞劳苦感到欢喜；我并不想活得太久，也不想统治太久，治理国家一切都是为了人民。尽管过去到现在，诸位曾见过更伟大、更睿智的君主上位，但绝不会有任何一位君主，像我一般爱民。
除了君主光荣之名与女王独有的权力外，我从未感到如此积极，对于神选择了我作为他的双手，维护他的真理与荣耀，保护这个国家不至于陷入危险、污辱、暴政与压迫之中，我甚感欢欣。在诸位的面前，这一切的功劳用来赞美神，而与我无关；因为我——噢，主啊，我又是什么呢？——噢，我该怎么做才能让您更显荣耀呢？但愿上帝不要让这事发生！
会面到此结束，女王请所有代表上前行吻手礼，接着从王位上起身，在喇叭的吹奏下缓缓离开会议室。
没有人质疑，她这次的演说是史上最精彩的一次；一名国会议员表示，这篇演说绝对值得镌刻在黄金之上。更重要的是，她的宽宏大量与迅速响应国会请求的态度，让她节节下滑的受欢迎度再度回升，民众心里对她的敬爱，甚至超过了以往，也让下议院在没有任何反对票的情形下，史无前例地投票通过，给予女王四倍的补助。
十二月十九日，当伊丽莎白女王宣布会期告终，上下两院的议长表示，英国孤立在欧洲大陆边陲地带，一直到女王执政后才享有稳定政府，于是议长代表全体议员，感谢女王“赐予快乐、宁静、甜美又令人安心的和平现况，这是全体人民共享的丰硕果实，一切都要感谢神与女王陛下的恩赐，我们至今仍感激享受。”
伊丽莎白女王则表示，议员们应返家告诉身边的人们，“你们的统治者对你们身家性命的重视，比她自己还要多，她也会天天祈求神，那些为你们的和乐安康祈祷的声音，永远不会只是徒劳”。
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这一年的圣诞节出奇平静，留在宫中的人不多，“就连观看戏剧表演与余兴节目时，守卫都不需要紧守门口”。但庆典还是不能少，十二月二十四日，蒙裘依勋爵在金沙尔大胜了泰隆伯爵，让一千二百名叛军战死沙场。泰隆伯爵逃逸无踪，而前一年秋天抵达苏格兰协助泰隆伯爵的西班牙军队将领则举白旗投降，希望能与英方和谈。一六〇二年一月二日，西班牙军队正式向蒙裘依勋爵投降，并准备返回西班牙。英国则完全掌控了爱尔兰。
女王曾写下这一段话，形容这场胜利“是神赐给我们最好的一场意外”；她希望西班牙全军覆没，但这已经是次要的问题了。蒙裘依勋爵触犯王权一事早已被遗忘；伊丽莎白女王已经开始定期写下许多充满情感的信件给他，信末还自己署名“你最亲爱的女王”。一次，蒙裘依勋爵抱怨女王将他当佣人使唤，女王甚至亲笔写下长篇大论的信件支持他，而信件的开头竟是“亲爱的厨房女佣……”在获得大胜后，女王的慰问信则写着：“我差点忘了称赞你的谦卑，在担任女王的厨房女佣后，仍不避讳地担任叛徒的佣人。愿神祝福你平安喜乐。”
一六〇二年六月，当理查德·雷维森爵士（Sir Richard Leveson）领军的小舰队，在十一艘大帆船与一万名士兵的戒护下，挟持了一艘满载着宝藏的葡萄牙武装商船时，德瑞克爵士当年在海上英勇争战的年代，仿佛又要再次降临。然而经由伊丽莎白女王派遣，前往西班牙海岸径行掠夺的舰队，却无功而返。这就是伊丽莎白女王任内最后一次的海上冒险了。
一六〇二年，英国爆发了天花疫情，导致许多人丧生，但伊丽莎白女王仍计划前往布里斯托出巡。只是，英国的天气再度陷入大雨与风暴之中，臣子便以接待她会造成人民在遭受七年饥荒之余更加不便为由，劝退了女王。没想到天气就此好转，这一年英国农作物大丰收，这个迹象显示英国几年来的粮食短缺已经过去。贸易活动再度兴盛，人们也因此显得精神奕奕。
八月份时，伊丽莎白女王宣布，自己的健康情形比过去十二年都好。有一天她甚至骑行十英里，接着还去打猎。回到宫中，她显得精疲力竭，但隔天却又长途健行，许多宫廷人士还以为经过前一天激烈的活动，她一点也不累。此时，罗伯特·塞西尔送了她一副红宝石与黄晶镶嵌的珠宝，刚好衬托“她那活灵活现的眼睛与鲜红的唇色”；当时人依然称颂她是永恒青春的美丽女神。
就在这一个月，伊丽莎白女王离开了格林尼治宫前往奇斯威克，接着造访掌玺大臣艾格登爵士位于密德塞克斯·海菲尔德公园的家，尽管当地正下着倾盆大雨，女王陛下依然受到豪华的招待，更被赞为“我们所有这群人之中最棒的女主人”。艾格登爵士举办了宴会、假面剧演出、音乐幽默短剧演出、乡村祭典、欢乐的游行与早就内定好结果的摸彩大会，女王当然是最大奖的得主。几天后，艾格登爵士便发行了有关这场盛宴的宣传小手册，而民众也都踊跃收藏。因为大雨与天花疫情的关系，女王的出巡行程也被迫缩短，女王也在欧特兰住了一段时间。
九月份是女王的六十九岁大寿，根据斯德丁公爵在欧特兰花园中的观察，“女王健步如飞，仿佛还是个十八岁的年轻女子”。有人告诉他，女王“已经有好几年没这么有活力，心情也没这么开心了”。伍斯特勋爵则告诉士鲁斯柏立勋爵：“宫中一片歌舞升平；女王端坐在谒见室中，看着许多人跳着乡村舞蹈，这让她开心又欢愉。”现在她已经很少公开跳舞了，但偶然仍能看见，她趁着四下无人之际，私下就着笛声与小鼓跳舞。
这一年的九月，富尔克·格雷维尔告诉士鲁斯柏立勋爵夫人：“我要报告夫人一个好消息，女王的身体健康与心情、状态都非常好。我已经多年未见她这么好的光景了。”
女王依然幽默。她发现德比伯爵夫人戴着一串有罗伯特·塞西尔画像的项链，于是伸手将它拔下，边笑边将项链系在他的鞋上，后又改挂在他手臂上，让大家都能看到。罗伯特·塞西尔以正面态度看待，甚至还以此吟诗，甚至谱上曲献给女王，让女王龙心大悦。她有时也许臣子们亲近得过分。当一名旅居国外多年的英国人被带到女王跟前跪下时，女王“揪住他的头发要他起立，并假装打了他一记耳光”。
但女王的记忆力也明显开始衰退。十月八日，皇室移驾格林尼治，四天后，部分宫廷人士才抵达，准备向女王致敬。尽管女王记得他们的名字，但一直到其他官员提醒，她才想起自己册封过他们。同时她也发现自己开始难以专注于政务上，而逐渐退化的眼力，则让问题越趋严重。罗伯特·塞西尔则不断提醒枢密院办事员，一定要记得将信件大声阅读给女王听。
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十一月十七日，伊丽莎白女王再度于怀特霍尔宫欢庆登基纪念日，对于“当天一如往常地有庄严的仪式，许多人报以热烈的掌声，仿佛他们从未见过女王”。宫中弄臣盖瑞特，骑着一匹比狗大不了多少的小马进入比武场，“觐见女王后，让女王开心之至”。十二月六日，女王前往罗伯特·塞西尔位于斯庄特的新家一起用餐，随后观赏一位处女、一位寡妇与一位夫人间让彼此皆大欢喜的“巧妙对谈”；可以想见，最后最幸运的自然是处女了。女王离开时表现出“非常满足的样子，却在临去之际扭伤了脚”。之后就没有相关记录了，显然只是个微不足道的小伤。当月稍晚，女王分别前往亨斯顿勋爵与诺丁汉伯爵位于伦敦的家中，接受招待。
这个时期，因为发现自己再怎么努力，在与年纪拉扯的这场马拉松赛中，她永远是输家，于是女王又再度陷入重度忧郁中。许多人都开始了解，她的时间不多了。哈林顿爵士于圣诞节前后，对于女王的改变感到震惊不已，因而写信给太太：