对于大多数人而言，大学毕业后的第一份职业总是很曲折，默克尔如是。毕业后的她最先是打算去拉斐尔的一家化工企业工作，不久觉得兴趣索然，便放弃了这份工作。
随后，默克尔考虑去一家物理企业工作，结局也是不了了之。原因是，默克尔觉得那里的日常工作内容和自己在大学里进行的学习研究缺乏关联，这样一来，自己所学便没有了用武之地。当时，东德的政治体制以及各大政党并不被默克尔欣赏，故此从政是更不可能了。或许，默克尔正是审慎地考虑到了最后一点，才将后来的求职重心放在了大学和研究所上。
默克尔决定申请做大学学员的助教，毕竟在莱比锡的大学时光整体上还算愉快，她对大学生活极富感情。于是，她选择了图林根地区的伊尔默瑙理工大学。
作为一所早在1894年就已建立的理工类大学，伊尔默瑙理工大学有着相当出色的物理学与实际应用结合方面的研究传统，这让默克尔觉得很满意，她也有信心搞定一切。
可惜的是，伊尔默瑙理工大学的助教应聘谈话却是一次很糟糕的交流。多年后，默克尔依然能记得十分清楚。伊尔默瑙理工大学负责招聘的人员透露，默克尔的个人安全档案早已在他的手中，他对默克尔的底细非常了解，大到在莱比锡大学的学习科研、政治表现，小到日常学习生活的点点滴滴，全部都在那本当事人从不知晓的安全档案中。
在这次谈话中，默克尔才得知自己生活在一个完全被监视的国度，如同暴露在公众面前的“裸体者”，这让她很气愤，但也很无奈。气愤之下，默克尔终止了这次谈话，离开了伊尔默瑙理工大学。
随后，默克尔把目光转向了民主德国科学院，这是政治审查稍微宽松一些的地方，也许不会拿安全档案说事儿。
民主德国科学院是全东德所有自然科学科研单位的总组织，脱胎于1701年莱布尼茨创建的勃兰登堡选帝侯科学院，下设60个研究所，有25000多名从业人员散布在整个东德。
统一社会党为了严格控制整个东德的意识形态，自然也把科学院笼罩起来。整个科学院的科学家都只允许进行科研工作，禁止与大学生接触，当局害怕资产阶级科学家把反动思想传递给年轻的一代。
民主德国科学院里的科学家中的确有不少人有资产阶级背景，但统一社会党需要利用科学家们的知识，因而倒也没有人身迫害。
久而久之，因为不能接触到大学生，当局觉得资产阶级科学家们的危害不那么大了，便放松了管制。但由于科研经费没有着落，冷冷清清的科学院里长满了漫腰身的荒草，完全一派荒凉景象。可这份荒芜，却滋养了默克尔。
果然，这一次没有过多的政治审查，默克尔顺利得到一份科学院柏林物理化学研究所的工作。
当时民主德国一共有9个物理化学研究所，默克尔所在的柏林物化所最大。不算后勤及普通的实验人员，仅从事科研工作的科学家就有336名，默克尔不过是其中一名不起眼的小研究员。进入研究院的默克尔，在路茨·措里克领导的物理化学领域干了很多年，直到获得博士学位前都没有换工作。
柏林物化所位于今天的鲁多大道两侧，离默克尔的住处并不遥远。每天清晨，默克尔都会沿着柏林墙走到物化所。科学院早上7点15分开始工作，默克尔不得不早早起床，这一习惯持续多年。从政后，记者们——包括她的同僚，都曾为默克尔过早起床而叫苦不迭，这意味着他们要起得更早。
物化所的工作并不是那么顺心。刚进科学院的默克尔甚至没有可以谈心的朋友，寂寞笼罩在她的心头，不过这也正常，每个人换了新环境，在最初都很难交到朋友，只不过默克尔不善言辞，交友速度更慢罢了。
心灵寂寞之外，那里的生活也非常清贫。研究员们的薪水低得可怜，甚至要攒好几个月的钱才能买一双高档皮鞋，更别说大衣之类了。科学院学术氛围不自由，科研器材极度缺乏且落后，这让默克尔连走科研道路的信心都受到打击，职业前途显得十分渺茫。
也许是物质生活的匮乏，也许是没有朋友的困扰，每天来回经过柏林墙下的默克尔，在初踏科学院的日子里，总是那么茕茕孑立、郁郁寡欢，没有了在莱比锡大学时的神采。直到有一天，有人问她是否愿意在物化所的青年团里做些工作，才算撬开了她内心紧闭的幽怨大门。她欣然接受了那些额外工作，毕竟那是能交往更多朋友，更方便地参加集体活动的最有效办法。
默克尔在青年团的工作职务是文化委员，主要的职责是组织大家读书，譬如苏联一些作家的作品，也负责订剧院的票，还组织一些集体讨论会等活动。与默克尔对自己在科学院青年团担任文化委员的描述相比，她曾经的部分同事提出了异议。
默克尔后来从政的同事京特·克劳泽就曾说过，默克尔在科学院青年团的工作，不只是文化方面的工作，其负责的工作更富有政治性，其是在东德统一社会党的领导下，利用政治理论知识欺骗人民，甚至曾经担任过德国自由青年团的专区级别的领导。
这种说法让默克尔无端面临着巨大挑战，人们也好奇默克尔在科学院期间是否曾“变节”，为东德政府所用。对此，默克尔的解释很简单，她称，京特·克劳泽的这一说法来源于自己所在科学院曾经的一位同事，她对自己印象不佳，故而夸大事实、添油加醋地胡说，然后通过京特·克劳泽之口来报复自己。
默克尔的另一位同事——汉斯·约克·奥斯滕则给出了对默克尔较为有利的说法。奥斯滕当时是统一社会党的党员，统一社会党是德国自由青年团的上级机构。当时兼任物化所青年团团委书记的奥斯滕表示，默克尔确实做过负责文化方面工作的文化委员，至于是否曾利用政治理论煽动人民，是不能确定的。
对于此事，双方各执一词，默克尔又禁止任何人翻阅她的安全档案，所以也就没有了确凿的证据。根据默克尔谨小慎微的性格，以及她对于东德政治保持安全距离的一贯做法来看，她很可能没有从事过政治性的工作。而且，两德统一后，奥斯滕在汉诺威大学做教授，这番话出自没有政治利益冲突的奥斯滕之口，要比京特·克劳泽的说法可信度高，且克劳泽说出这种话时，正值默克尔得势期间。由此，到底孰是孰非，或许明眼人一看便知了。
参加了物化所青年团工作以后，默克尔的生活更加忙碌。她结交了不少朋友，参与并组织了很多集体活动，这成功地帮助默克尔走出了初进科学院的失落，她开始慢慢地与科学院的同事建立起了很好的私交。此外，默克尔还组织了一些令统一社会党不悦的活动，如讨论关于自杀的问题。这些比较负面的话题与当时统一社会党所鼓吹的全民努力发展生产、积极昂扬向上的社会精神极不相符。
事实上，默克尔加入青年团，并非为了政治发展，其仅仅是为了排解初入科学院的寂寞。若是为了政治发展，直接加入统一社会党无疑更为有利。况且，青年团的自动退团年龄为30岁，默克尔进入科学院的时候已快25岁了，实在是看不出有为政治前途考虑的迹象。加之当时很多活动只能通过青年团这一组织才能实现，70%～80%的青年人都参加了该组织，倘若默克尔刚进科学院的时候就有朋友的话，就不会为了寻找朋友而去参加青年团了。
是时，东德的物质极度匮乏，连买个面包都要排长队，给子女买衣服都要父母亲自带着子女，以确定子女确实存在。住房更是紧张得不行，以柏林地区为甚。默克尔当时寄住在科学院同事杨娜·格莱尔那里，但如此下去并不是长久之计。
也许是上帝眷顾，默克尔在柏林离市中心不远的赖因哈德街上发现了一套空置的房屋。房屋看上去长期无人居住，门窗紧锁，到处落满灰尘，而东德的房管局好像遗忘了这间房子一样。就这样，默克尔有了新住处。
说默克尔不善辞令，也许只是性格中第一种特质而已，不善言辞不代表不善交际。她再搬家时，科学院青年团的朋友中近半数都来帮忙，可见她在青年团内的人缘相当不错。甚至于，就连清扫、粉刷、搬运日用家居等大量工作，以及购买家具、书橱、窗帘等用品，都得益于那些朋友。
收拾妥当，默克尔还需去警察局上户口，每一间房屋的主人都是记录在案的，由东德的国家房屋管理局管理。在科学院朋友的建言献策下，默克尔找到了一个好方法：在警察局下班的前几分钟去上报户口。这一招果然灵验，警察局工作人员着急下班，没有过多地询问盘查，就把这间无人居住的房屋写上了默克尔的名字。
此后，默克尔一直居住在这间“捡来”的房屋，多年以后拆迁，默克尔甚至还因此分得了一间位于柏林的普伦茨劳贝尔格区滕普林大街的房子。
日后，默克尔曾说加入青年团是一项无意义的举动，但在青年团的工作，也的确让她摆脱了沉闷的心境。更重要的是，在这个组织里，默克尔收获了更多的友谊，这也许是她本人都料想不到的。
自由青年团是一个政治性组织，但默克尔实际参与的活动多数没有太强的政治性，尽管这次入职政治团体，让她后来遭到更多猜忌性非议。