雍正整顿吏治的同时，对行政机构、管理制度也相应作了一些变革，最主要的是确立奏折制度和设立军机处。
第一节 “台省合一”和观风整俗使的设置
元年（1723年），雍正说六科的掌印给事中责任紧要，人选交都察院公同拣选保奏。并具体规定各科掌印给事中员缺，该科知会吏部，开列各科不掌印的给事中名单，送都察院拣选二人，出具考语，转回吏科，缮本具题。题本用都察院的印信。这是把六科给事中的考核交都察院掌管，使他们成为该院的属吏，都御史的属员。都察院的监察御史，向例有巡视京师五城、京仓、通仓、巡盐、巡漕等差，给事中归都察院考核后，都御史把他们与御史一体对待，巡视城、漕、盐、仓等差。于是给事中与御史没有什么区别了。
六科，原是一个衙署，职责是所谓“传达纶音，稽考庶政”。它把皇帝批过的臣工题本，从内阁领出，誊抄清楚，发给有关部门执行。它不仅转发文件，还具有封驳权，已经皇帝批准的奏章，六科认为有不妥的地方，可以封还执奏，若内阁票签批本错误，原奏章的失当之处，就应当接受它的驳正。它还稽察六部，察核奉旨事件完结情况，如有迁延迟误情事，即行参奏。六科给事中所理之事，在唐朝属于门下省，是宰执机关的事情，清初虽沿元、明之旧，没有门下省，但给事中有封还奏章之权，职位不高，而地位重要。
给事中自归都察院管辖，被按照御史来分派差遣，原来分外的事多了，以至“奔走内外，朝夕不遑”，原属分内的事，没有时间和精力去管。有时大量被派遣出去，本科只留一人，忙不过来，把领到的本章，匆匆发出，来不及详细审读，封驳就无从谈起了。这样就削弱了给事中的职权，使他们等同于御史了。都察院在唐代为御史台，雍正使六科实质上隶属于都察院，按当时的说法，是“台省合一”，即御史台和（中书）〔门下〕省合一的意思。
六科由都察院管辖的命令刚一下达，引起一些人的不满，给事中崔致远“哓哓陈奏”，反对这一措施，雍正拒不理睬。乾隆初有人说这个做法是“轻重倒置”，是不尊重纶綍。雍正恰是要重者轻之，使给事中不能抗皇帝之命，使纶音得到绝对尊崇。
雍正这样做，还是接受明末党争的历史教训。明朝六科，比较能够实现“制敕宣行，大事复奏，小事署而颁之，有失，封还执奏”的权力，明后期，以言官的身份，较多地干预了朝政。这种情况，清初已经有所改变，但康熙后期储位斗争，也就是雍正说的朋党之弊严重，明末遗风不息，而六科官员又参与其间，给事中秦道然为允禟管理家政即是一例。雍正为打击朋党，就对六科的官制进行了相应的改革。
雍正贬低给事中职能，却加重了监察御史的职任，向地方派遣了各种类型的巡察御史。元年（1723年），以黑龙江船厂等处人口增殖，贸易事繁，原设将军料理不开，命派出御史、给事中二员，巡视吉林和黑龙江。三年（1725年），向各省派遣巡察御史，其中山东、河南各一人，两湖一人，江宁、安徽两布政司共一人，官员由小京堂、科道及各部郎中内拣选，他们到各省，处理一些政事，监察地方官吏，有钦差的味道。四年（1726年），因直隶旗下人多，不法者众，派御史和给事中数人往八府巡视，凡旗下告退官员、庄头、内监的亲戚、在籍绅衿，犯法的，即会同地方官惩处。七年（1729年），又因直隶兴建了营田，特派巡农御史，巡历州县，查察农民生产情形，以定州县考成，以示重视农业。在京城，于四年（1726年）添设稽察内务府的御史四员，五年（1727年）又增设稽察宗人府的御史二员。
台省合一，削弱六科谏议权，加强都察院对臣工的监察，两者相辅相成，是强化皇权的两个侧面。雍正这一改制，使皇帝更加集权了。
向地方派遣观风整俗使，也是雍正的一个创造。浙江文化发达，人才较多，浙籍士人与江南士人一起垄断科闱，官员散布朝内外，幕客布满各衙门。三年（1725年）十月发案的汪景祺、四年九月判决的查嗣庭都是浙江人，这两个案子引起雍正的警觉，他再联想到欧秀臣为允禵造舆论，杭州发生反对摊丁入粮的风潮，对浙江的印象之坏可想而知了。四年（1726年）八月，浙抚李卫折奏，谓该省“民刁俗悍，动则钱粮诖误，命案参黜”，以致“大吏屡易其人，守令席不暇暖”。这就更使雍正认为“浙江风俗浇漓，甚于他省”，绅衿“好尚议论”，浙江人是“恩德所不能感化者，狼子野心聚于一方”，决心对他大加整顿，当年十月，决定派遣专职官员到浙江“查问风俗，稽察奸伪，应劝导者劝导之，应惩治者惩治之，应交于地方官审结者即交地方官审结，应参奏提问者即参奏提问，务使绅衿士庶有所儆戒，尽除浮薄嚣陵之习”，规定了赴浙官员的任务。至于用什么官名，吏部以为唐太宗贞观年间派遣萧瑀、李靖等巡行天下，号“观风使”，可仿之取名“观风整俗使”，雍正接受这个建议，任命光禄寺卿、河南学政王国栋为右佥都御史衔浙江观风整俗使。与此同时，雍正宣布取消浙江人乡试和会试，他说浙江文风很盛，而风俗太坏，故采取这一措施，促其风俗的变化。所谓“浙江文词甲于天下，而风俗浇漓敝坏已极，如查嗣庭、汪景祺自矜其私智小慧，傲倪一世，轻薄天下之人，遂至丧心悖义，谤讪君上”，与开科取士目标不合，既然“浙江风气如此，挟其笔墨之微长，遂忘纲常之大义”，因此停止浙江人的乡会试，而生员的岁考，仍然进行。同月，浙江人、吏部左侍郎沈近思奏请整顿其故乡风俗十事，说该省逆种迭生，“越水增羞，吴山蒙耻”。他的十议是：（1）童生县府试不得求乡绅请托，违者府县、乡绅、父、师、本童各坐罪。（2）生员不得奔走当事投拜门生，通谒显贵，乞求关节，不许造作揭帖污蔑官民，违者以光棍例治罪。（3）禁士子写作淫词艳曲，不得刊刻诗歌献媚权贵。（4）遇有地方事务，严禁举贡生监哭庙抬神，以免干预官方。（5）禁止乡绅关说公事。（6）生监不许联名公呈。（7）禁无赖棍徒包揽衙门。（8）禁止衙役勾结乡绅讼棍挟制本官。（9）禁士人耍纸牌马吊及打降等事。（10）禁地棍强派赛神演戏钱，禁妇女游览寺观。雍正认为这十议切中浙江情弊，敕令浙抚和观风整俗使贯彻施行，又夸奖沈近思不为恶俗所染，足“洗越水吴山之羞耻”。王国栋赴任前进京觐见，雍正给他关于浙江棚民的两份奏折，又要他清查钱粮积欠。王国栋到任，遍巡浙江府县，到处召集绅衿于孔庙明伦堂训话，宣布雍正整饬浙江士俗民风的宗旨。那时查嗣庭的家乡海宁县发生“屠城”的谣传，有的居民迁出县城，人心惶惶，王国栋前往宣讲，使绅士“战战栗栗叩头谢恩，切齿查[嗣庭]贼”。他在一般的宣讲之外，做了三件事，一是清查钱粮，行文各府州县依限催征，及时将征收情况报告给他，凡未按期完纳的，如系绅衿黎庶顽抗，不待州县详报，即分别轻重处分，应参究的参究，应革惩的革惩，以使钱粮清楚。他为清积欠，严惩包揽绅衿，还预备在仙居县清丈土地。一是清查各府州县命盗讼狱案件。再一项是清查保甲，编审棚民。此外，他对整理营伍、兴修水利、买粮备荒等事亦行参与。雍正对王国栋的活动很满意，在他的奏折上批写：“尔到浙与[巡抚]李卫协衷任事，能推诚布公，宣明朕旨，风俗人心颇觉转移，朕闻知嘉悦之至”。“所奏办理数事，均属公当明白”。他到任半年多，雍正就将他升为湖南巡抚，把他同鄂尔泰、田文镜相提并论，说“朕又庆得一好抚臣矣”。王调任后，由浙江粮道许容接任，六年（1728年）许升甘肃巡抚，遗缺由粮道蔡仕舢补进，七年（1729年）蔡署巡抚，八年（1730年），雍正以浙江风俗已渐改移，又有总督李卫善于训导，因而不再派遣观风整俗使。从雍正的历次上谕和王国栋在浙江的实际做法可知，这个官职，是针对某省的特殊情况设置的，其使命主要是惩治不法绅衿，改变当地风俗，强化对绅衿和人民的统治。观风整俗使所办理的事务，有的与巡抚职责相冲突，因此雍正要王国栋与李卫和衷共济，又命他将征收钱粮等具体业务交李卫办理，避免双方矛盾的发展，并在观风整俗使任务完成之后，即行撤销。八年（1730年）认为浙江弊傥已经改变，并接受总督李卫请求，恢复士人的乡、会试。
曾静案发之后，湖南被官方认为“风俗不端，人情刁恶”，雍正即向这里派遣观风整俗使。七年（1729年），雍正以广东“盗案繁多，民俗犷悍”，设置观风整俗使加以整训。前已叙过，广东矿徒问题严重，雍正很是担忧，这是他向广东派出观风整俗使的主要原因。福建地处沿海，民穷事繁，雍正也派了观风整俗使。湘、粤、闽等省的观风整俗使，在职权上都不如王国栋。八年（1730年）六月，粤藩王士俊折奏观风整俗使焦祈年行为虚浮，大约是焦好胜越出职权，与地方官发生了冲突，雍正为支持观风整俗使，并不责备焦祈年，同时安抚王士俊说：“其责任不过为稽查耳目之寄，非有专阃重权，纵使仪制少逾，庸何伤乎？”说明这个职务已不能管理多少政事了。
与观风整俗使性质相近似的，是雍正向陕甘派出的宣谕化导使。雍正后期，陕甘人民因西北用兵负担加重，不满情绪大增，雍正派尚书史贻直、侍郎杭奕禄、署理内务府总管郑禅宝率领翰林院庶吉士、进士分赴六部学习人员、国子监肄业的贡生，到陕甘宣抚，希望民人“笃尊君亲上之义，消亢戾怨怼之情”。
“雍正间，或用人惟贤，或因事权授，往往不拘定制”。吴振棫的这个评论比较反映实际。督抚的设置亦时有变化。直隶原设巡抚，为了奖励李维钧改作总督，后成为定制，原无布、按二司，亦行增设。河南巡抚田文镜为雍正宠信，特为他授河南总督，又置河南、山东总督，辖这两个省。闽浙总督先为一人，雍正用李卫为浙江总督，兼理江南五府二州的盗案，于是福建也单独为一总督。两广总督辖下的广西割归云贵总督，广东仍保留总督。巡抚，历来各省只有一个，雍正在有的省派人协理。当王国栋署理山东巡抚时，雍正又用吏部左侍郎刘於义协办山东巡抚事务。伊都立为晋抚，布政使高成龄协办巡抚事。马尔泰署陕抚，宣谕化导使史贻直亦为协理巡抚，待史贻直任署抚，雍正又用内阁学士德龄协办巡抚事，后又命甘肃布政使鄂昌协办。直隶总督宜兆雄任上，礼部侍郎刘师恕被任命为协办总督，后何世璂接替宜兆雄，刘师恕协办如故。齐苏勒任河道总督多年，雍正又命署理广东巡抚尹继善为总河协办。大学士也增添协办。二年（1724年），雍正命田从典为协理大学士，六年（1728年），命尹泰、陈元龙为额外大学士，十年（1732年），用福敏为协理大学士，到乾隆时，协理大学士就成了定制。
雍正对这些官制的变动，有的成为定制，反映了客观事物发展的需要；有的因特殊情况所必需，事竣即裁撤；有的是他观察客观事物不准确，故亦不能长久；有的是他为酬劳宠臣，特为立制，他说得很明确，人去事变，不为保持。
第二节 奏折制度与政令的推行
比台省合一更影响政治的是奏折制度的全面实行。雍正君臣日常使用秘密通讯的办法，交流政治与社会情报，使之成为贯彻政策的一种特殊的、重要的工具。
一、奏折制度的起源
奏折是后起的官文书，在先，地方官有事报告皇帝，凡系地方公事，用题本，若系个人私事，则用奏本，前一种盖官印，后一种不用印，两种文体都交由通政司进呈，在皇帝观览之前，已先由有关官员看过，因此这两种文体的奏章，是公开的，不是只有皇帝拆阅的秘密奏疏。这样的文体，有些事情官员不便奏闻，皇帝想知道的从中得不到，不利于下情上达。奏本、题本原本是明朝制度，清朝沿袭以来，皇帝感到不便，据记载，在顺治年间产生了补救的文书——秘密奏折。研究者认为，其时是仿效奏本而为皇室戚属所专设的一种上行文书，主要内容是向皇太后、皇上请安、谢恩和庆贺，递送方式要直送内廷，内侍卫、太监转达。至迟到康熙三十二年（1693年），它已确实存在了。今存苏州织造李煦在那年七月奏报苏州得雨、粮价和民情的折子，康熙见到后，朱笔批复说：“五月间闻得淮徐以南时旸舛候，夏泽愆期，民心慌慌，两浙尤甚。朕夙夜焦思，寝食不安，但有南来者，必问详细，闻尔所奏，少解宵旰之劳。秋收之后，还写奏帖奏来。凡有奏帖，万不可与人知道”。由此获知，不得让第三者知道的奏章，是秘密的，不是题本、奏本；这种文字，当时叫做“奏帖”；它的要点，是在一个“密”字。康熙在江宁织造曹寅于四十三年（1704年）七月二十九日的奏折上朱批：“倘有疑难之事，可以密折请旨。凡奏折不可令人写，但有风声，关系匪浅。小心，小心，小心，小心！”这里管这种奏章叫“密折”，又称为“奏折”。康熙于再立胤礽后，听到有不同的舆论，苦于不知其详，因在李煦的奏折上写道：“近日闻得南方有许多闲言，无中作有，议论大小事。朕无可以托人打听，尔等受恩深重，但有所闻，可以亲手书折奏闻才好。此话断不可叫人知道，若有人知，尔即招祸矣”。奏折人李煦、曹寅，都是皇帝的家奴，是特别亲信者。康熙四十年（1701年），江苏巡抚宋荦的奏折，由李煦代达，这表明当时具有写、送奏折权力的人，不在官阶，而在同皇帝的关系。五十一年（1712年），康熙谕领侍卫内大臣、大学士、都统、尚书、副都统、侍郎、学士、副都御史等，说他有听不到的话，常令总督、巡抚、提督、总兵官、将军在请安折内，“附陈密奏，故各省之事不能欺隐”。因令这些官员也于请安折上，“将应奏之事，各罄所见，开列陈奏。”并表示代为保密，原折朱批后发还。这说明康熙晚年能上奏折的官员增多了。至此，总体说明康熙朝奏折制度，应该是：奏折作为一种官文书的体裁业已产生，并已形成专门词条；具折人为皇帝派到地方上的家奴（亲信）和朝内外的官员，是特定的少数人；它渊源于奏本，开始具有两种形式，即奏帖和请安折，似乎尚未统一；奏折的关键之处是言事的秘密性，要求具折人亲自书写，内容不得为他人所知；内容主要是报告吏治民情。总之，奏折制度已初步形成，但很不完善，功能上也较单纯。
二、奏折制度的完善
雍正朝奏折制度的完善，主要表现在具折人员类型多样化和确定奏折传递方式，内容范围的扩展，朱批谕旨制度的形成四个方面。
雍正时期，奏折人的范围固定化并明显地扩大。元年（1723年），雍正下令各省督抚密上奏折，于是封疆大吏都有了这个权力，只是在实行中有的犯了错误，遭到处分，停止其使用权。后来雍正又给任职提督、总兵官、布政使、按察使和学政的官员书写密折的权力，只是在上交的渠道上与督抚有所不同。督抚提镇藩臬学政均是地方大员，此外，一些微末之员，由于雍正的特许，也可径上密章，像湖南衡永郴道王柔、广西右江道乔于瀛、福建盐驿道伊拉齐、浙江粮道蔡仕舢、杭嘉湖道徐鼎、江安粮道葛森、陕西平庆道李元英、粮盐道杜滨、宁夏道鄂昌、直隶通永道高鑛、云南驿盐道李卫、浙江杭州知府孙国玺、山东兖州知府吴关杰、湖广郧阳府同知廖坤、山东沂州营副将杨鹏等。这些道府同知副将是中级官员，而用雍正的话说：“道府等员，乃系小臣，品级卑微，无奏对之分”。他们的能上奏折，是雍正特给的恩宠。这些人或者与雍正有特殊关系，或者为亲重大臣的子侄，或在引见时获得青睐，因得荣膺书写奏折之宠。由中央派到地方的常设官员，如江宁、苏州、杭州三织造、各处巡监御史、税关监督、各种临时性的巡察御史、给事中，或因挂有科道衔名，或因为皇帝家臣，自然赋予密折言事之责。还有的临时派到地方办事，也可密上折子，如清理江苏积欠，负责大员户部侍郎王玑有此权利自不必说，连分查松江府钱粮的王溯维也得奏折言事。在中央，京堂以上和翰詹科道官员都能书写奏折。雍正扩大奏折人员的范围，使它达到了一定的数量，仅《朱批谕旨》一书所收的奏折的撰写人，即达223人，实际奏折人多达1000人以上。
奏折，几乎全有皇帝的朱笔批语，叫做“朱批谕旨”，批过的奏折称作“朱批奏折”，奏折和朱批谕旨构成奏折制度的必备成分。
三、奏折制度的功用
雍正朝的奏折内容，比康熙朝大大丰富了。君臣筹商全国的或地方的政务，是最重要的内涵。二年（1724年）十一月，雍正向大学士等发出上谕：“凡督抚大吏任封疆之寄，其所陈奏皆有关国计民生，故于本章之外准用奏折，以本所不能尽者，亦可于奏折中详悉批示，以定行止”。督抚所要陈奏的政事，限于题本程式和保密要求，很难详尽，皇帝就不能彻底了解臣下隐衷和下情，而皇帝的指示也以同样的原因不能尽述，使臣下对皇帝的意图了解也受到限制。这样，上边难于决策，下面不能全力奉行。雍正就是要用奏折这种公文，使臣工和皇帝双方亮明观点，经过讨论，定策施行。雍正朝的重大改革，许多是先经君臣密商，而后决策付诸实行，前述摊丁入粮制度，就是雍正同黄炳、李维钧及九卿通过奏折，反复商酌确定下来的，这里不作赘言。
改土归流的政策，也是在多人的奏折中，君臣密筹，议而后定。雍正元年（1723年），礼部掌印给事中缪沅就处理苗民事务，疏请令土司诸子分袭以杀其势，雍正把它交湖广总督杨宗仁议奏，杨不同意，认为那样做会出现强弱兼并的后遗症，雍正朱批不以为然，他写道：
从来统驭外蕃，以众建诸侯以分其势为善策，一时陡然举行，彼中头目自必不愿遵依，苟可缓缓设法，谕令听从，逐渐分袭，似亦潜移默化安边之一道，其强弱欺凌之虞，何必为之远虑耶！朕谓其势既分，心即离异，日后纵欲鸱张其中，必互相掣肘，或畏惧相诫，则其邪谋自息矣。于我内地颇觉有益。朕偶然见及于此，非欲必行其事，尔等切勿勉强遵承，以求符朕旨为念，当徐徐斟酌，详议具奏可也。
就这个问题详述自己意见，不作结论，然后要臣工讨论。
至于改土归流，雍正起始并不赞成，他于二年（1724年）在广西巡抚李绂的奏折上批云：
土官相袭已久，若一旦无故夺其职守，改土为流，谁不惊疑？
李绂服膺主子的见解，上奏折表态，雍正又批道：
斟酌处颇为合宜，诸凡总在尔等封疆大吏审择中道而行也。
三年，贵州提督马会伯奏请对苗民用兵，以推行改土归流，雍正让他同云南巡抚管云贵总督事鄂尔泰商讨，朱批说：
黔属仲苗之凶悍及从前地方官之姑息因循，皆朕所悉知，览所奏数条，虽属有理，然不可轻举妄动。鄂尔泰愖重明敏，实心为国人也，诸凡与之详细商酌而行。
这时署理贵州巡抚石礼哈亦欲用兵，雍正内心赞同他们的意见，但怕他们少年鲁莽，把事物办坏，故而压住了。不久，何世璂出任黔抚，折奏主张招抚，雍正内心不以为然，但亦允许他实行，然而不见效验。四年四月，鄂尔泰折请贵州用兵，雍正大加赞赏，朱批写道：
前者马会伯奏到，朕恐其猛浪，后见何世璂之奏，朕又恐其怯懦因循，正在忧疑，览汝此奏，朕始宽怀，量尔料理必得事情之中也。事定之时，应具本题奏，当以军功赏叙。石礼哈已调用广州将军，因汝此奏，复命其暂停往粤，俟料理此事毕，再赴新任矣。
至此决定强力推行改土归流。这是几年间持有不同意见的君臣往复磋商的结果，就中，雍正从对苗民事务的不熟悉，主意不定，到把握实情，作出裁断，是他吸收臣下意见的过程，所以这种奏折，便于君臣商讨事务，决定政策措施。
河工的问题，雍正亦通过河臣的奏折进行探讨，决定行止。李绂曾向雍正当面提出疏浚淮扬运河的建议，雍正觉得有些道理，命他与河道总督齐苏勒商酌，齐以工程浩大，不敢轻定，拟于实地考察之后，再提出具体意见。他的奏折上呈后，雍正朱批：
朕命李绂来传谕旨，不过令尔得知有此一论，细细再为斟酌，并不为其所奏必可行也。大率河官惟希望兴举工程，尔属员多不可信。况此事关系甚大，岂可猛浪，若徒劳无益，而反有害，不但虚耗钱粮，抑且为千古笑柄。倘果于国计民生有益，亦不可畏难而中止，总在尔详悉筹画妥确，将始终利益通盘打算定时，备细一一奏闻。并非目下急务，尤非轻举妄动之事也。
李绂的建议是否可行，雍正说的全是活话，他并非为推卸己责，事成则居乾断之功，事败则推诿臣下，而是要大家商量，他则从中考虑。即如治黄专家靳辅的儿子靳治豫奏称滚水坝无益，减水坝有利，雍正说自己“实未洞彻”其利弊，而“河务关系甚大，不便自立主意”。因将靳治豫打发到齐苏勒处，命他们“悉心通盘打算，酌量为之”。有一官员折陈河工备料的弊端，雍正匿去撰折人姓名，将折转发齐苏勒，命其“尽心筹画”，齐苏勒遵旨陈奏事情原委，雍正览后朱批：“所奏是当之至，朕原甚不然其说，但既有此论，其中或不无些少裨益，所以询汝者，此意耳。今览尔奏，朕洞彻矣”。河工事务复杂，学问甚大，雍正早年虽曾随侍康熙南巡视察河工，参与过永定河工程，但毕竟不是身任其事，了解有限，登极后要拿主意，又不能鲁莽蛮干，自认知识有限，多方考察，臣工奏折就成为他考虑决策的一种材料。上述与齐苏勒商议的几件事，都被否定了，也是处决了政事。雍正君臣利用奏折筹商政务，虽巨细非一，行否不定，但却是奏折的重要内容。
奏折的其他内容，雍正在宁夏道鄂昌奏谢允其奏折言事的折子后写了一篇六七百字的长谕，讲叙极其详明，他写道：
今许汝等下僚亦得折奏者，不过欲广耳目之意。于汝责任外，一切地方之利弊，通省吏治之勤惰，上司孰公孰私，属员某优某劣，营伍是否整饬，雨旸果否时若，百姓之生计若何，风俗之淳浇奚似，即邻近远省，以及都门内外，凡有骇人听闻之事，不必待真知灼见，悉可以风闻入告也。只须于奏中将有无确据，抑或偶尔风闻之外，分析陈明，以便朕更加采访，得其实情，汝等既非本所管辖，欲求真知灼见而不可得，所奏纵有谬误失实，断不加责。
雍正要了解的情况较多，有地方政事的好坏，地方官的勤惰优劣，大吏待属员是否公正或徇私，军队的训练和纪律，水旱和农业生产，百姓的生活和风俗以及本省和外地的重大事情，概括起来，不外两条，即地方吏治和民情，可以说它们分别是奏折的第二项、第三项内容。
雍正用奏折考察地方吏治，从他的实践看，着重点是在对地方官吏的察核。当李卫任云南盐驿道时，雍正在云南永北镇总兵马会伯奏折上批道：“近闻李卫行事狂纵，操守亦不如前，果然否？一毫不可瞻顾情面及存酬恩报怨之心，据实奏闻”。这是调查李卫。待其任浙江巡抚时，雍正在他的奏折上批示说：对新任黄岩镇总兵董一隆的优劣所知不多，“于伊莅任后，其细加察访，密奏以闻”。雍正派大理寺卿性桂赴浙江清查仓储钱粮，要他到浙后，“凡有风闻之事，即行密奏”。性桂到任后报告杭州将军鄂弥达与李卫的隔阂。田文镜也折奏，说李卫是“当世之贤员，所谓难能而可贵者也”，但“驭吏绳尺未免稍疏，振肃规模未免少检，则于大僚之体有未全，于皇上任使之意亦有所未付”。以“模范督抚”李卫来讲，他密奏别人，别人也密查他。当雍正派李绂为广西巡抚时，李正得宠信，然在他赴任之际，命原广西署抚、提督韩良辅“细访其吏治，密奏朕知”。雍正要重庆总兵任国荣留心文武官声名，他于七年六月折奏：四川学政宋在诗“公而且明，声名甚好”。川东道陆赐书“办事细心，人去得”。永宁道刘嵩龄“人明白，身子甚弱。”永宁协副将张英“声名平常”，漳腊营游击张朝良“操守廉洁，谙练营伍，但不识字”。雍正对这些人分别给了批语：“谨愖自守，小才器”；“为人老成，才情未能倜傥”；“观其人甚有长进，于引见时不似有病，为何如此？”“原系甚平常人，且有孟浪多事之疵”；“其人优劣，前此未知”。湖南布政使朱纲深受雍正信任，亦同样受人考察。雍正在湘抚王朝恩奏折上批示：“朱纲行止，舆论不一，依朕观之，似欲速成者，然否？据实奏来。密之！”而在此以前是让朱纲访查他的顶头上司王朝恩——在朱纲的二年九月初五日的奏折上批语讲其引见王朝恩的印象：“观其为人于地方吏治颇为谙练，但才具微觉狭小”，“汝其事事留意，看其居心行事，倘少有不妥处，密奏以闻。”又怕他有顾虑，指示说：“如稍隐匿，不以实告，欺蔽之咎，汝难辞也”。雍正对亲信和非亲信，了解的或不甚了解的，都令臣下互相监察，文员武弁，上下级之间，中央差遣人员和地方官员都在互相进行。文武不同途，互察出了正常范围。上级监督下级，本是应有职责，但又要密访密奏，就不全是正常的考核了。中央特差人员只解决专门问题，报告地方吏治，则是额外的事情。属员向皇帝汇报主官的事，是不正常的，而雍正很重视这类报告，他要鄂昌奏述“上司孰公孰私”即指此。
对于地方上绅民的情况，雍正甚为关切，希望从奏折中获得确实消息。六年三月，苏州织造李秉忠奏报苏州春雨调和，油菜、小麦长势良好，物价平稳，小民乐业，雍正批道：“览雨水调和情形深慰朕怀，凡如此等之奏，务须一一据实入告，毋得丝毫隐饰。”“苏州地当孔道，为四方辐辏之所，其来往官员暨经过商贾，或遇有关系之事，亦应留心体访明白，密奏以闻”。同年，雍正在广西学政卫昌绩的奏折上批示：“地方上所闻所见，何不乘便奏闻耶？”卫昌绩随即应诏折奏：“粤西风俗之恶薄有宜整齐者，绅士之强横有宜约束者。”使雍正获知该省百姓畏“乡绅如虎，畏士子如狼，故俗有‘举人阁老，秀才尚书’之语，其畏官长也不如畏绅士，故俗有‘官如河水流，绅衿石头在’之语”。七年，署理直隶总督刘於义折奏：赵州隆平县民李思义等妄称跪拜太阳可以攘灾避难，接受信徒，骗取钱财，然并无党羽，请将李思义发遣边疆，余众枷责。雍正同意，但指出折中未言及李到发遣地后的管束问题，命作题本时添叙明白。两广总督孔毓珣等奏报广东龙门营千总刘贵于巡查中捕人，遭遇抢犯，被杀身死，业已将拦截者抓获，题请正法，并请治疏忽之罪。雍正朱批：“地方上凡遇此等事件，但要据实奏闻，何罪之有？若隐讳支饰，则反获罪于朕矣！”就是这些奏折，使雍正及时地掌握了各地方的民风习俗、生产生活和治吏情况。
讨论用人问题和宣布对官员的任使，也是奏折的一项内容，也即第四个内容了。四年（1726年）八月，鄂尔泰折奏滇黔两省大小文武各官的情况，雍正作了长篇批语：
治天下惟以用人为本，其余皆枝叶事耳。览汝所论之文武大吏以至于微弁，就朕所知者，甚合朕意。……览卿之奏，非大公不能如是，非注意留神为国得人不能如是，非虚明觉照不能如是，朕实嘉之。但所见如是，仍必明试以功，临事经验，方可信任，即经历几事，亦只可信其已往，犹当留意观其将来，万不可信其必不改移也。
他很明确，用人是为政的根本大事，而观察人，是看其实践，看他的变化。他自己要掌握这个方法，还要通过朱批让大臣运用这个法则。
雍正利用朱批启示官员如何做人和任职。田文镜刚被提拔为河南巡抚，感恩图报心切，会急躁办坏事，雍正顾虑及此，在其奏折中朱批：“豫抚之任，汝优为之。但天下事过犹不及，适中为贵，朕不虑不及，反恐报效心切，或失之少过耳”。在另一个折子上，就田文镜处理一事不妥善，批示说：“大凡临事，最忌犹豫，尤不宜迎合，设一味揣摩迁就，反致乖忤本意。……今后勿更如是游移无定，随时变转，始于身任封疆重寄，临大节而不可夺之义相符也，切记勿忘”。让他不要迎合，正确理解皇帝意图，方是大臣立足的根基。这是针对具体人、事而发，此类事例很多，如在李秉忠的一个折子上批道：“今将尔调任苏州织造矣。勉力供职，惟当以顾惜颜面为务”。另一折上批云：“竭力保全颜面，莫负朕任用之恩，但尔等包衣下贱习气，率多以欺隐为务，每见小利而不顾品行，辜恩者不一其人，即尔奏中失公失愖之语，朕亦未能遽信，试勉力行与朕看”。
官员之间，特别是平级的，只有和衷共济，才能理好政事，雍正常以此考查和启示臣下。在李卫的叙及鄂弥达赴京陛见、希望令其早日回任的奏折上，雍正批道：“尽心奉职之人，同城共事，焉有不彼此相惜之理，鄂弥达于驻防武臣中论，实一好将军，汝今奏伊约束驻兵之长，伊在朕前极口赞服汝之勤敏，亦出公诚。朕览之甚为欣悦，如是方好”。禅济布与丁士一同为巡视台湾御史，在他们的奏折上，雍正指示说：“和衷二字最为官箴之要，倘有意见不同处，秉公据实密奏，不可匿怨而友，尤不可徇友误公”。不怕有不同的政见，问题在于秉公办理，这样的批示是正确的。
雍正用奏折表彰或训饬一些官员。元年四月江南提督高其位的请安折，雍正批道：“览高其位此奏，字句之外，实有一片爱君之心，发乎至诚，非泛泛虚文可比，朕观之不觉泪落，该部传谕嘉奖之，以表其诚”。雍正在朱批中要领旨人向“模范官吏”效法，他写：“鲁论云择善而从，何不努力效法李卫、鄂尔泰、田文镜三人耶？内外臣工不肯似其居心行事之故，朕殊不解。若不能如三人之行为，而冀朕如三人之信任，不可得也。亟宜殚心竭力黾勉尽职。”雍正在朱批中训斥臣下，非常严厉。杨名时奏折论因循干誉，雍正于行间批云：“人为流俗所渐染，每苦不自知，然所谓渐染者，不过沽名矫廉之习，其病本轻而可治，无如身既为流俗所染，而反泥古自信，认古之非者为是，则病入膏肓，难以救药也。”“一切姑听朕之训示，反躬内省，有则改之，无则加勉，不必簧鼓唇吻，掉弄机锋也。”最后作总批：“朕因欲汝洞悉朕之居心，故走笔而谕，不觉言之纚迤而繁也”。指责杨名时犯了沽名钓誉的毛病。
雍正借用奏折评论人物，并决定或宣布官员的取舍任用。李卫奏折称仁和知县纪逯宜“过于拘禁”，不能胜繁剧之任。候补官朱永龄如上谕所说，人去得，确系诚实勤慎，但因系北方人，不熟习南方情况，恐怕难于承担仁和县重任。此外还论到浙江知县张坦熊、云南知州张坦骢、知州张坦让的居官情形。雍正则向他评论新发往浙江的袁皞与申成章二人。
雍正时或命人转传谕旨，又谓传错了，用朱批谕旨改过来。福建按察使刘藩长向布政使潘体丰传达谕旨，谓：“潘体丰人草率，亦卤莽，因他在那里摇摇不定，朕也拿不住他。”潘听后慌惧上折，转述刘言，雍正阅后，说是被刘弄错混传了，将之改正为“潘体丰系朕物色之人，但涉与草率，办事亦卤莽，因他主见尚在摇摇未定，朕亦未之确许，命他坚定志向，以精详和平自勉”。
雍正在朱批中对官员的除陟降调先打招呼，预告本人，或他的主官。如在江苏崇明总兵官李灿九年（1731年）十月初一日奏折上朱批宣布：“今命尔署理浙江总督印务，须当竭力黾勉”。七年八月，广东琼州总兵官施廷专奏报香山澳洋船遭风事，雍正批云：“今已调尔离琼，该镇地方一切总与尔无涉矣。”
雍正对奏折的批谕，具有很强的针对性，往往因人而异，有的事相近，而批语却大不一样。他为此在关于《朱批谕旨》一书的上谕中特作说明：
至其中有两奏事，而朕之批示迥乎不同者，此则因人而施，量材而教，严急者导之以宽和，优柔者济之以刚毅，过者裁之，不及者引之，并非逞一时之胸臆，信笔旨画，前后矛盾，读者当体朕苦心也。
有些事有特别的机密性，雍正通过朱批谕旨下达命令，这可以说是奏折的又一项内容。查嗣庭案发，雍正在李卫奏折上批示，要杭州将军鄂弥达委派副都统傅森、李卫选派可信属官一同星速驰去抄查嗣庭的家。这是亟待执行的绝密命令，不走颁布正式公文的渠道，避免被查抄人获知消息，先行准备，破坏抄检，这样，通过奏折途径保证秘密不至泄露。
奏折内容，包罗广泛，既然涉及政策的制定和执行，涉及官员的取舍，不要说那些绝密事件的贯彻，就是这些政治事务，也决定了它的保密性。雍正一再以此要求具折人，在命鄂昌书写奏折的朱批上说：“密之一字，最为紧要，不可令一人知之，即汝叔鄂尔泰亦不必令知。假若借此擅作威福，挟制上司，凌人舞弊，少存私意于其间，岂但非荣事，反为取祸之捷径也”。对禅济布的奏折，雍正于保密问题说得极透彻：“至于密折奏闻之事，在朕斟酌，偶一宣露则可，在尔既非露章，惟以审密不泄为要，否则大不利于尔，而亦无益于国事也。其凛遵毋忽”。又向李秉忠说：“地方上事件，从未见尔陈奏一次，此后亦当留心访询；但须慎密，毋借此作威福于人，若不能密，不如不奏也”。不能保密，就不要上奏折，保密与奏折完全一致，保密是写作奏折的前提条件。这是要求具折人不要声扬文件内容，同时要求领受朱批谕旨的人保守朱批的机密，不得转告他人，更不能交他人观看，只有雍正特别指令告诉某有关人员时，才令其阅读，或转传谕旨精神，若私相传述，即使保密性较小的内容，也是非法的。如原甘肃提督路振声将朱批中对其弟固原提督路振扬的褒语抄告乃弟，路振扬又因此上折谢恩，雍正就此指出：“朕有旨，一切密谕，非奉旨通知，不许传告一人，今路振声公然将朕批谕抄录，宣示于尔，甚属不合，朕已另谕申饬。可见尔等武夫粗率，不达事体也”。雍正严格要求大小臣工保守奏折内容和朱批的机密，特别是对小臣，教导不厌其烦，并以泄密对他们不利相威胁。他考虑到小臣得此荣宠，容易擅作威福，挟制上司和同僚，造成官僚间互相猜忌，政治混乱，对国事不利。
对于不遵守奏折机密的人，雍正采取了必要的惩罚措施。雍正初年，封疆大吏多半派亲属或亲信在京，拆看奏折，为的是他们了解朝中情况，看此奏折合否时宜，有无罣碍，决定上奏与否，对于皇帝的朱批，他们也先行阅视，以便早做料理和应付。二年（1724年），雍正发现了浙闽总督觉罗满保、山西巡抚诺岷、江苏布政使鄂尔泰、云南巡抚杨名时等人的这种情况，决定停止他们书写奏折的权力，以示惩罚。这样一来，需要同皇帝商酌的事不好办了，杨名时等为此承认错误，请求恢复他们的密奏权，雍正也从政事出发允许了。没有处分路振声，乃因他是武人，不知书。看来对这类具折人要求低一些。
雍正知道，制裁不能成为主要手段，重要是制定奏折保密制度。他采取了四项措施：一是收回朱批奏折。雍正即位的当月，命令内外官员上交康熙朱批、朱谕的上谕中，又规定：“嗣后朕亲批密旨，亦著交进，不得抄写存留”。此后定制，奏折人在得到朱批谕旨的一定时期后，将原折及朱批一并上交，于宫中保存，本人不得抄存留底。奏折中的朱批，亦不得写入题本，作为奏事的依据。杨名时有一次把朱批叙入本章，暴露了机密，雍正指责他是有意这样办，以证明他过去泄露朱批没有罪。二是打造奏折专用箱锁。雍正于内廷特制皮匣，配备锁钥，发给具奏官员，凡有奏折，均装匣内，差专人送至京城。钥匙备有两份，一给奏折人，一执于皇帝手中，这样只有具折人和皇帝二人能够开匣，别人不能也不敢私开。为具折人不断书写奏折的需要，奏匣每员发数个，一般为四个，它只作传递奏折用，凡所上奏折只能用它封装，否则内廷亦不接受。广（州）〔东〕巡抚常赉的奏匣被贼盗去，只得借用广东将军石礼哈的奏匣，不敢仿制。三是奏折直送内廷。奏折由地方送至北京，不同于题本投递办法，不送通政司转呈，若是督抚的折子，直接送到内廷的乾清门，交内奏事处太监径呈皇帝；其他地方官的奏折不能直送宫门，交由雍正指定的王大臣转呈。雍正说若小臣径赴宫门送折，不成体统，其实他是为具折的小臣保密，不使人知道除了方面大员以外有一些什么人能上折子。被指定转传奏折的人，有怡亲王允祥、尚书隆科多、大学士张廷玉、蒋廷锡等人，如赵向奎、鄂昌的奏折送怡亲王府，潘体丰、王溯维的交张廷玉，吕耀曾的交蒋廷锡，朱纲的交隆科多。边远地区的小臣，还有送交巡抚代呈的，如雍正命广西右江道乔于瀛将奏折交巡抚李绂或提督韩良辅转送。转呈的王大臣都是雍正的亲信，他们只是代转，亦不得拆看，具折人也不向代呈人说明奏折内容，如朱纲一再在奏折中保证所奏内容绝对秘密，连隆科多“亦不敢令闻知一字”。四是雍正亲自阅看，不假手于人。折子到了内廷，雍正一人开阅，写朱批，不要任何人员参与此事。他说：“各省文武官员之奏折，一日之间，尝至二三十件，多或至五六十件不等，皆朕亲自览阅批发，从无留滞，无一人赞襄于左右，不但宫中无档可查，亦并无专司其事之人”。由于他要专断，以及奏折的保密性，不会让他人与闻，他在这里所说的是实际情况。雍正批阅以后，一般折子转回到具折人手中，以便他们遵循朱批谕旨办事，有少量折子所叙问题，雍正一时拿不定主意，就将它留中，待到有了成熟意见再批发下去。
关于奏折制度的作用，雍正作过说明。他在《朱批谕旨·卷首上谕》中写道：
（朕）受皇考圣祖仁皇帝付托之重，临御寰区，惟日孜孜，勤求治理，以为敷政宁人之本，然耳目不广，见闻未周，何以宣达下情，洞悉庶务，而训导未切，诰诫未详，又何以使臣工共知朕心，相率而遵道遵路，以继治平之政绩，是以内外臣工皆令其具折奏事，以广谘取，其中确有可采者，即见诸施行，而介在两可者，则或敕交部议，或密谕督抚酌夺奏闻。其有应行指示开导及戒勉惩儆者，则因彼之敷陈，发朕之训谕，每折或手批数十言，或数百言，且有多至千言者，皆出一己之见，未敢言其必当，然而教人为善，戒人为非，示以安民察吏之方，训以正德厚生之要，晓以福善祸淫之理，勉以存诚去伪之功，往复周详，连篇累牍，其大指不过如是，亦既殚竭苦心矣。
他把朱批奏折的作用归结为两点：一是通上下之情，以便施政；二是启示臣工，以利其从政。他说的有一定道理，但是并不透彻，他每日看几十封奏折，书写千百言批语，对其作用自然清晰，不过有的话他不便明说，故未谈及。其实奏折制度的作用，可以概括为如下三点：
第一，皇帝直接处理庶务，强化其专断权力。
明朝初年，朱元璋废中书省，罢丞相，由皇帝亲领庶务，皇权最重。迨后内阁制形成，它的票拟权使大学士握有一定的宰辅权力。清初承明之制，又有议政王大臣会议，都分散一部分皇帝权力。康熙致力于强化皇权，设南书房，用一部分职位低的文人协助议政，用少数人写告密文书的奏折，加强了对下情的了解。雍正比乃父又跨进一大步，使奏折成为正式官文书，一切比较重大的事情，官员都先通过奏折请示皇帝，而这种奏折既不通过内阁所属的通政司转呈，皇帝的批示完全出自御撰，不需要同内阁大臣商讨，这样奏折文书由皇帝亲自处理，部分剥夺了内阁票拟权，即把内阁抛在一边了。雍正时内阁中书叶凤毛说：“国朝拟旨有定例，内外大臣言官奏折，则直达御前；天子亲笔批答，阁臣不得与闻”，正是说的奏折制下的情况。《四库全书总目》亦云：“自增用奏折以后，皆高居紫极，亲御丹毫，在廷之臣，一词莫赞，即《朱批谕旨》是也”。雍正中期又设立作为纂述转达机构的军机处，代行内阁职权，这就使皇权如同朱元璋时代，真正是“庶务事皆朝廷总之”了。内阁职能削弱的同时，封疆大吏的职权也有所下降，稍微大一点的地方事情，都要上奏折请示，秉承皇帝旨意办理，他们成为皇帝的膀臂，由中枢神经来支配，使中央与地方真正融成一体，在皇帝绝对统治下行施国家机构的职能。章学诚曾就读《朱批谕旨》的感受说：“彼时以督抚之威严，至不能弹一执法县令、詈误之吏，但使操持可信，大吏虽欲挤之死，而皇览能烛其微。愚尝读《朱批谕旨》，而叹当时清节孤直之臣遭逢如此，虽使感激杀身，亦不足为报也。”说明当时政令确系出自雍正。奏折制度不仅加强了皇权，还为皇帝行施至高无上的权力提供必要的条件。各种不同身份官员反映各种社会问题的奏折，使皇帝了解情况，洞悉下情，为制定政策、任用官员提供了较为可靠的根据。奏折文书含有互相通讯的意思，君臣间在私下讨论一些问题，君主不懂的事情可以询问臣下，从而增长见识，有利于决策，也即有利于君主集权。
第二，讨论并决定新政策，成为推行雍正政治的工具。奏折文书的制度化，除反映强化皇权的共性外，还体现了雍正的特殊要求。雍正登极，立志改革，他的大政，也即他所说的“机密紧要之事”，通过奏折和朱批谕旨的往复讨论，迅速决定下来，又利用这种文书，指导和监督它的实行。这些，前述奏折的内容已经说明，这里不再复述。要之，雍正把奏折利用为推行其革新政治的一种工具。他那些重大改制的完成，原因是多方面的，他在实行耗羡归公、摊丁入粮、改土归流等重大政策的同时，实行的奏折制度，促使了这些改革的实现。关于这个问题，杨启樵在《雍正帝及其密折制度研究》一书中认为，密折制是雍正推行政治的主要手段，笔者虽不完全赞同，但这确系有识之见，在很大程度上反映了奏折制度实行的意义。凡是推行改革政策，必须雷厉风行，讲求高效率。奏折制度，使臣下奏议“无不立达御前”，这是免去中间的转呈机关的必然结果。奏折迅速递到雍正手中，他又勤于政事，挑灯阅览，立刻批示，该执行的马上付诸实施，从而大大提高行政效率，促进改革政治的实现。
第三，考察整饬地方吏治，是控制官员的一种手段。康熙间的储位斗争及其在雍正初年的延续，造成雍正了解官民动向的迫切性，增强对官僚控制力的迫切性。秘密奏折制度，在官僚的职责范围以外，使他们互相告密，迫使他们彼此监督，各存戒心，不敢放胆妄为，不敢擅权，因而对雍正更存畏惧之心，做忠顺的奴才，而雍正则可从奏折中窥见臣下的思想、心术以至隐衷，因之予以鼓励和教诲，这样多方联络，上下通情，就能在更大程度上控制臣下。
奏折制度，就其密察官员讲，也是一种告密制度。告密，是一般人所反对的，因为这是不正当的。康熙初行奏折，具折人少，保密程度也高，没有引起多大反响。雍正推广奏折制，就出现反对势力了。他在责备杨名时将奏折朱批叙入题本时，说杨犯错的根本原因，是“其心中以为不当有密奏密批之事耳”。透露出不满奏折制度的力量的存在。他死后一个多月，谢济世代替伯爵钦拜书写《论开言路疏》，提出“欲收开言路之利，且先除开言路之弊”的呼吁，而所谓言路之弊就是奏折告密。疏中说：“告密之例，小人多以此谗害君子，首告者不知主名，被告者无由申诉，上下相忌，君臣相疑。”因此“请自今除军机处，皆用露章，不许密奏”。谢济世和钦拜的发难，是乘雍正之丧，代表反对奏折制的势力要求取消这一制度。据说该疏得到乾隆的首肯，然而新君实际坚持实行奏折制，并于十二年停止奏本的使用，进一步肯定了奏折制度。总而言之，奏折制度下官员互相告密，使他们本身具有特务性质，但这种制度把官员秘密言事变为做官的职能，变为本职工作的一部分，他们不是专业的特务，把特务的职任寓于一般官职之中了，这是奏折制下官僚政治的一个特点，因此，雍正政治不宜于视为特务横行的政治。
说到告密，雍正有时不忌讳，而关于这方面的传说又很多，不妨在这里一叙。雍正自云：“朕励精图治，耳目甚广”。他所说的耳目，包括科道言官，奏折撰写人，另外还有不同类型的人。被他引见的官员，必须上条奏，其中有官员状况及吏治的内容，这是一种人。另一种是发往督抚处试用后补的侍卫，如派侍卫王守国等六人到直隶总督李绂身边，又如把侍卫派到年羹尧处，被年用作摆队，引起他的恼火。这些侍卫赋有了解该地官民情况的职责，如年羹尧调离陕西时，雍正要掌握他赴浙江的沿途情况，指示田文镜调查，田即派分发豫省试用的侍卫白琦去跟踪，用皇帝的耳目去察看，雍正当然相信，田文镜确系老吏多谋，然亦表明赴各省的侍卫的特务性质。还有一种是临时派员到指定地区密访。八年（1730年），雍正派御史严瑞龙和旗人安某到江南、江西办事，又命他们顺路到浙江，“密访吏治民风，沿海战船营汛。”严瑞龙去过浙江后，又托其四川同乡、原任河工通判张鹏飞代为留心暗察。李卫报告这件事，雍正避开严瑞龙、安某不谈，说早知道张鹏飞爱招摇生事，已令江苏巡抚尹继善查拿了。又说即位以来，“并无一次差人密访之事”，今后若有人称密访者，“督抚即拿之，参之”。说得很凶，并没有从严、安、张开始究处，可见这是欺人之谈，由他派出是实。密访人种类也多，有的情况因资料语焉不详弄不清楚了，但他们干密察勾当则是明确的，如《啸亭杂录》记有数事：一官入都引见，购置新帽子，为熟人所见，告知其故，次日引见时，免冠谢恩，雍正笑着说：小心，不要弄脏你的新帽子。就是说置帽当天已有人报告了。鼎甲出身的官僚王云锦于新年休沐日在家与友好耍叶子戏，忽然丢掉一张，一天上朝，雍正问他元旦干什么了，王从实回奏，雍正对他的诚实很高兴，说细事不欺君，不愧为状元郎。随着从袖中把叶子拿出来给他。昭梿还记一事：王士俊离京赴任，张廷玉向他推荐一名长随，此人供役也很勤谨，后来王士俊要入京陛见，他先告辞，王问为什么要走，他说：我跟你数年，看你没有大错，先进京见皇帝，报告你的情况。其后知道这个人是侍卫，是雍正通过张廷玉安置到王士俊身边监视他的。还有记载说田文镜的幕客乌思道是雍正派的暗探，故乌对田要挟高价，不许变更他草拟的奏折，田对他言听计从，参揭隆科多，因而更得到雍正信任，及至对乌尊礼不足，乌不给书写奏折，田就失宠，只好又贵待他。还有记载说雍正私访，某年除夕夜，小吏兰某在衙门值宿，突然一个伟男子进来，问何不回家过年，回说别人都走了，怕有事要办，故留下了，于是二人对饮，问兰有何欲望，答愿得广东河泊所。迨后雍正坐朝，问广东有何税务官缺，命以兰某补用。这些说法近于演义，不实成分很多，有的根本不是那么回事，如乌思道事，李绂奏参田文镜疏，说乌是张球向田推荐的，田自云与乌是旧相识。更重要的是谓田因乌而宠有盛衰，与田之始终得宠的实际不相合，可见是后人编造。话说回来，雍正用了一些密探，当是事实。
雍正用耳目是为获得真实情况，又知道耳目有时蒙蔽人，反倒得不到实情，所以对他们也非绝对信任。四川巡抚宪德上任之初，苦于无耳目，不了解情况，并以此上奏折，雍正批道：
耳目见闻之论，朕殊不以为然。若能用耳目，即道路之人皆可为我之耳目，否则左右前后无非蔽明塞听之辈。偏用一二人，寄以心腹，非善策也。朕御极之初，实一人不识，然彼时之耳目甚公且确；近数年来股肱心膂大臣多矣，而耳目较前反似不及。访察二字，不被人所愚弄甚属难事，至于用耳目，惟宜于新。勉之，慎之！古云听言当以理察于博采广谘中，要须平情酌理，辨别真伪，方可以言用耳目也。
说不用耳目是瞎话，但他深知用耳目有利有弊，要善于利用他们，要能够识别真假，获得真知灼见。是用耳目，而不是为耳目所用，这是他区别于一般平庸君主的地方。
奏折制度是一种文书制度，它的确立，不像某个官衙的设置，似乎是无形的，其实，它的影响之大，远远超出一般衙门的兴废，它涉及君臣间权力的分配，皇帝政令的施行，是官僚政治上的重大变化。雍正的这方面的活动，值得研究。日本学者在20世纪50年代，举办《朱批谕旨》研读班，延续十几年，极其看重这批历史文献，并有不少研究成果问世，是可喜的事情。
第三节 设立军机处与皇帝综理庶务
雍正即位一周年之际，说“国家政治，皆皇考所遗，朕年尚壮，尔等大学士所应为之事，尚可勉力代理，尔等安乐怡养，心力无耗，得以延年益寿，是亦朕之惠也”。他的代行臣下之事，除朱批奏折外，就是设立军机处，直接处理庶务。
七年（1729年），雍正开始对准噶尔策妄阿拉布坦用兵。为了这场战争的顺利进行，他采取了许多措施，设立军机处，便为其中的一项。六月，雍正发出上谕：“两路军机，朕筹算者久矣。其军需一应事宜，交与怡亲王、大学士张廷玉、蒋廷锡密为办理”。表明至迟在这时正式建立军机房，派允祥、张廷玉等主持其事。
雍正究竟于哪一年设立这个机构，载籍所示不一，有七年、八年、十年诸说，其实是可以统一的。王昶在《军机处题名记》一文中说：“雍正七年青海军事兴，始设军机房，领以亲王大臣”。他于乾隆前期即为军机章京多年，所说军机房设于雍正七年具有权威性。嘉庆末年梁章钜亦充任军机章京，他说：“自雍正庚戌（八年）设立军机处，迨兹九十余年”云云，认为军机处建立于雍正八年。迨后，吴振棫不知所从，含糊地说：“雍正七八年间，以西北两路用兵，设军机房”。但是他在说到军机处官员军机章京准悬朝珠一事时，又说这是“自雍正七年始”，这就又肯定为雍正七年了。《清史稿》的记载，在《职官志》和《军机大臣年表》两处自相矛盾，年表处列军机大臣自七年始，而《职官志》则说：“雍正十年，用兵西北，虑儤值者泄机密，始设军机房，后改军机处”。它的误失很大，然亦有原因。十年（1732年）春，雍正命大学士等议定军机处的印信，三月初三日，大学士等拟议印文用“办理军机印信”字样，雍正同意，命交礼部铸造，制得归军机处，派专员管理，并将印文通知各省及西北两路军营。不久，印信改由内奏事处保管，军机处使用时请出。由上述诸说可知，雍正设立军机处，经历一个过程，即七年置军机房，八年改名办理军机处（军机处），十年铸造关防，这是这一机构不断完善和成为定制的过程。雍正死，乾隆守丧期间，把它改名总理处，谅阴毕，复名军机处，后来这个机构坚持到清末，所以说雍正创立军机处，成为清朝一代的制度。
军机处设有军机大臣，雍正从大学士、尚书、侍郎等官员中指定充任，人数不限，正式称呼是“军机处大臣上行走”、“军机大臣上学习行走”，统称“办理军机大臣”，“军机大臣”则是它的简称了。它是军机处的主官，下属有军机章京，雍正时也没有定员，由内阁、翰林院、六部、理藩院、议政处等衙门官员中选择充任，他们负责满、汉、蒙古诸种文字工作。
军机处要办理机密紧急事务，办公地点必然要靠近寝宫，尤近于雍正日常起居办公的养心殿，如此则联络方便，而不能像内阁在太和门外。据王昶记录，军机值房最初设在乾清门外西边，旋迁于乾清门内，与南书房相邻，后来移到隆宗门的西面。无论是在乾清门内或门外，都离雍正寝宫养心殿很近，联系较便捷。雍正初设军机处时，它的房舍是用木板盖成，乾隆初年才改成瓦房，建筑很不讲究。
军机处只有值房，没有正式衙门，有军机大臣和军机章京，但他们都因有别的官职，派充的军机处职务；军机大臣不是专职，本职事务仍照常办理；军机章京以此为职责，但仍属原衙门的编制，占其缺额，升转也在原衙门进行，因此王昶说军机处“无公署，大小无专官”。
军机处这样闻名后世的机构，原来是这样子的，所以它问世后的一段时间内，没有被人们承认为正式衙门。即如最早担任军机大臣的张廷玉，乾隆中自陈履历，备言他历任各种官职和世爵，以及临时性的差使，唯独没有提到担任军机大臣的事。乾隆五十年前后纂修成功的《清朝通典》、《清朝通志》、《清朝文献通考》等官书，也没有把军机处作为正式衙署看待。军机处成立了，人们还没有充分意识到它的重要性，这是由它没有官署和专职人员的特点所决定的。
军机处的职掌是，面奉谕旨，书成文字，并予转发。雍正每天召见军机大臣，形成一套制度，其详细情况，记载缺略，不得而知。稍后的情形是，每天寅时（3—5点），军机大臣、章京进入值房，辰时（7—9点），皇帝召见，或有紧要事务，提前召见。每天见面一次，有时几次。退出后，军机大臣书写文件。雍正勤政，估计他召见军机大臣的时间不会晚，次数不会少。当雍正即位之初，办理康熙丧事，特命吏部左侍郎张廷玉协办翰林院文章之事，那时，“凡有诏旨，则命廷玉入内，口授大意，或于御前伏地以书，或隔帘授几，稿就即呈御览，每日不下十数次”。由于撰写谕旨的需要，每日召见多至十几次，这当然不是张廷玉后来军机大臣任上的情况，但它却是日后雍正召见军机大臣，指授区划的预演。及至张廷玉为军机大臣时，“西北两路用兵，内直自朝至暮，间有一二鼓者”。八九年间，雍正身体不好，“凡有密旨，悉以谕之”。这时，张廷玉可能是在圆明园内军机处值房中工作，雍正不分昼夜地召见，以至张廷玉一二更后才返回住宅。在鄂尔泰入阁以前，张廷玉是雍正最亲近的朝臣，他的繁忙比一般官僚又不同，不过他的每日频被召见，则还是反映了军机大臣的情况。
雍正向军机大臣所授旨意，以西北两路用兵之事为重要内容。如十年（1732年）二月，宁远大将军岳钟琪奏劾副将军石文焯纵敌，雍正命军机大臣议奏。同年，西路军大本营要移驻穆垒，雍正为它选定六月初四日巳时起行，于四月十三日命军机大臣通知岳钟琪，“将一应事宜预先留心备办，但军营切宜慎密，以防漏泄”。其他方面的军政、八旗事务，也命军机大臣办理。九年（1731年），雍正认为山东登州是滨海重镇，所辖地方辽阔，只有六千兵丁，怕不够用，命军机大臣详细讨论，是否酌量增添兵额。次年，打牲乌拉地方的丁壮问题，也命军机大臣提出处理意见。看来，在军机处设立之初，主要是办理战争、军政和八旗事务，而后扩大范围到所有的机要政事。