对于钱学森来说，公众对他的行李发生兴趣的这一时机，坏得不能再坏。从时间点上，它恰好与威因鲍姆出庭受审的时间重合。那件案子从8月30日开始审理，一直持续到9月中旬。
军方很早就开始对钱学森和他的共产党活跃分子朋友们产生了怀疑——早至1941年。对威因鲍姆的第一项指控便缘于那一时期，当时，威因鲍姆正在为邦迪克斯（Bendix）公司工作。在加州理工学院航空系举行的一次大型派对上，克拉克·密利根教授对弗兰克·马利纳说，他听说，马利纳、威因鲍姆和另外的两三个人都是共产党。很显然，是联邦调查局把这些信息告诉给密利根的。威因鲍姆回忆道：“我于是去拜访一位律师朋友，对他说：‘我该怎么办？’我很肯定，在这种指控下，他们一定会取消我的机密许可证。但是没有！从1941年到1949年，我都可以接触到机密信息。从麻烦一开始，我便一直获准接触最机密的工作。”20世纪40年代早期，陆军情报部门也受到过关于钱学森是共产党的“指控”，但是并没有采取措施，撤销他的机密许可证。与之相反，钱学森却被准许参与那些列为“保密”、“机密”甚至是“绝密”的项目。很显然，当时的政府认为，像钱学森、威因鲍姆和马利纳这些人的科学能力，远比潜在的泄密风险重要得多。
一开始的时候，很多人都相信威因鲍姆是“无辜”的。对他的逮捕令其亲友和加州理工学院的同事十分震惊。在这些人里，便有大名鼎鼎的莱纳斯·鲍林，美国著名化学家，威因鲍姆此前的上司。鲍林对报社记者说，他对威因鲍姆的“清白”“极有信心”，“想不出有任何理由对他加以怀疑”。几位科学家写信为威因鲍姆的“忠诚”和“诚实”作证，一群加州理工学院教授——詹姆斯·邦纳（James Bonner）、查尔斯·德普里马（Charles DePrima）、保罗·爱泼斯坦、莱纳斯·鲍林和弗纳·朔马克（Verner Schomaker）甚至设立了一项基金，为给威因鲍姆聘请辩护律师筹款。
但当审判开始，一些证人出庭作证，指出威因鲍姆不仅是共产党员，而且还是帕萨迪纳共产党小组的组织者和领导者。这些证人中包括当年的共产党小组成员：弗兰克·奥本海默，当年加州理工学院的物理学研究生；古斯塔夫·阿尔布雷克特（Gustave Albrecht），当年的化学系研究生和助理研究员；理查德·罗森诺夫（Richard Rosanoff），当年是一个本科生；雅各布·杜布诺夫，当年的生物系研究生。在他们的证词所描述的景象中，威因鲍姆是一个热情坚定的共产党人，他积极向加州理工学院的学生们散发入党申请表，并且鼓动他们加入共产党。另一项具有毁灭性的证据是检控方作为证据呈交的一份党员花名册。陪审团成员对着一幅被放大至5英尺见方的花名册照片，据联邦调查局的文献专家称，这本花名册上的字迹便是威因鲍姆亲手所写。这时候，威因鲍姆“咬着指甲，眉头紧锁”。
审判中出现的最奇怪的事情便是，这个共产党小组的成员都是用化名。比如，威因鲍姆的化名便是西德尼·爱普顿（Sydney Empton），而雅各布·杜布诺夫的化名是约翰·凯利（John Kelly），弗兰克·奥本海默的化名为弗兰克·福尔瑟姆（Frank Folsom）。这在加州理工学院和帕萨迪纳当地，都是一件吸引眼球的奇事。既然加入共产党并不违法，他们为什么还要使用化名呢？这些党小组成员后来表示，他们使用化名是为了躲避右翼组织的报复。然而，化名的使用只有更加深了公众对这个小组的疑惑，认为他们可能是在替苏联刺探情报。
对威因鲍姆来说，审判结果相当糟糕。1950年9月，他被判3项伪证罪成立，入狱4年，甚至不允许保释，因为法官指出，威因鲍姆此前曾经接触过喷气推进实验室的机密技术信息。“他可能知道对那些伺机对美国加以破坏的敌人来说有利的信息，”联邦法官本·哈里森（Ben Harrison）表示，“我们离港口和边境太近，让威因鲍姆获得假释是不安全的。除了妻子和女儿，他在这里并无亲人。他没有工作，而且直到整件事冷却下来，他也不可能找到工作。”
与此同时，政府官员花了不计其数的时间在审查钱学森被扣押的文件上。光是那样像小山似的堆在一起，就够让人望而生畏了。在托运的行李中，有超过100本未分类的书籍，以及大量中文、德文和俄文的科学论文、政府文件和行业报告。所有这些都需要经过召集自全国各地的顶尖航空专家的审查。光是将这些不同的文件分门别类就已经是一个大问题。1950年9月5日，3个从莱特·帕特森空军基地赶来的人花了3天时间把这些文件都制成微缩照片。他们带回了大约12000张照片。调查人员开始将这些文件详细编目，这个“钱学森图书馆”仅是目录就足有26页。
在钱学森的行李中发现的最耐人寻味的物件是9大本整理得极其仔细的剪报本，足有400多页，显然“花了相当多的时间和精力”。剪报里是从报纸、杂志和学术期刊上收集到的与美国原子能计划和核间谍案相关的信息。钱学森精心收集了美国历年来的间谍审判记录。他还保存了详细报道那些被控为苏联间谍或同情苏联革命者事迹的报刊文章。其中甚至还有关于间谍罪的立法讨论。这自然引起了调查人员的疑问。为什么这么关心原子能和与之相关的间谍案？行李中的物品显示出钱学森对俄国非常着迷，其中有许多向弗兰克·马利纳借来的外语笔记。钱学森会不会是一个间谍？
接下来，在评估钱学森的技术文献时，调查人员遇到了更大的困难。他们很难确定这些文献中哪些是机密文件而哪些不是。其中大多数都已经过期，或者是出自钱学森之手。不同部门的意见很难达成一致。一些部门认为这不过是一个不错的个人资料库，但却对国家安全构不成什么威胁。比如，原子能委员会就表示，对于一个飞行器和导弹设计领域的世界一流技术专家来说，在该领域工作10年之后，收集到这么多文献是再自然不过的事情。另外的一些人则对钱学森的动机持负面看法。他们认为发现的一些文件应该是涉密的。一些官员认为，从不让潜在敌人染指的立场来看，钱学森的所有文献都应当被认定为是保密的。
来自海军研究办公室的一份报告或许最接近事实的真相：“这些文献对于敌人的重要性，同钱学森通过多年来接触美国军队战备建设所积累到的经验相比，简直可以忽略不计。”
1950年9月7日，移民局派出两名特工，在钱学森家中逮捕了他。事实上，几个星期以前，逮捕证就已经被签署。为什么他们选择等待这么久才付诸行动，如今已经无从知晓。政府官员担心钱学森可能会潜逃出国，尤其是在威因鲍姆的伪证罪名指控被判成立、可能面临长达10年的监禁和2万美元的罚款之后。在此之前，钱学森的确曾经试图躲过联邦调查局特工的监视，消失过一段时间。那时候，美国国务院甚至险些给墨西哥政府拍电报，请求他们在钱学森逃过边境的情况下协助抓捕。
当移民局官员来到钱学森家中时，很明显，钱学森根本就没打算逃跑过。钱夫人手里抱着女儿钱永真，为来访者打开门，钱学森的儿子钱永刚“躲在墙角瑟瑟发抖”。然后钱学森就走了出来。一名特工几年后回忆道，钱学森脸上的表情仿佛在说：“好吧，一切终于结束了。”
移民局的人对钱学森进行了常规的审讯，收集了尽可能多的个人信息。他们还问及钱学森与共产党的关系。钱学森重申，他从来都没有加入过共产党。这之后，两名特工以隐瞒党员身份、于1947年非法入境的罪名向钱学森提出指控。当天下午晚些时候，他们向钱学森出具了逮捕证。
关于钱学森被捕的消息当天便迅速传开。钱学森的朋友弗兰克·高达德在从圣迭戈开车前往长滩的路上从车载收音机中听到了钱学森被逮捕的消息。“一听到那个消息，我们马上直接往他家开，心里想着：‘天哪，钱学森有麻烦了，我们能做点什么？’”高达德夫妇把车停在钱宅门口，冲上去敲门，钱学森替他们打开门。数十年后，高达德回忆道：“突然之间，我意识到这个地方已经为联邦调查局的人所包围。”
“在他的脸上，出现了一种我以前从来没见过的神情，”高达德说，“他看着我的样子，说话的语气，都表明他的内心受到了致命的伤害。他很懊恼自己被我看见身处此种境地之下。但他很有礼貌地对我表明了心境：‘非常感谢你们来看我，但现在你们最好离开这里。’于是，我们离开了，钱学森则被带走。”
移民局特工簇拥着钱学森坐进一辆早已等候在侧的汽车，对他加以搜查，然后一直向南，朝着洛杉矶开去。汽车越过一座桥，来到圣佩德罗郊外。特米诺岛便位于东部的港口中。这个狭长的小岛原名“响尾蛇岛”，1871年，美国陆军在这里建造了防波堤和隧道。美国联邦监狱管理局和海岸警卫队将小岛上一块长方形的区域改造成办公区。1950年，这个岛上已经有了一座联邦监狱，一座灯塔，几栋政府的办公楼，以及政府雇员的宿舍。
汽车经过罐头工厂、破烂的小木屋和储油罐，来到移民局遣送中心的铁丝网大门前。这是一座三层楼的洋灰小楼，上覆红瓦。管理部门的办公室位于第一层、第二层和第三层则被用来关押外国人。大多数在这里关押的外国人都是偷越边境的墨西哥移民劳工，他们通常被关在里面摆满架子床的大房间里。
钱学森没有被关在那些拥挤的房间里。他的容身之处是一个带有独立洗手间的单人房间。一些房间有安着铁栏杆的窗户，可以从里面看到通往洛杉矶的隧道和圣佩德罗的居民区。
可以想象，当钱学森被押解到这里时，他是多么愤怒和恐惧。他从来未曾有过这样的体验。他所有的一切——他的学位，获得的奖项，开创喷气推进实验室的功绩，与美国军方高官的交往——这些都救不了他。他是令人敬仰的罗伯特·高达德讲座教授，为了得到这个职位，他兢兢业业地奋斗了15年。但他现在却身陷囹圄。当他决定返回帕萨迪纳时，或许做梦也想不到会发生这样的事。