几年后，钱学森对他被关押的那段日子有过一次戏剧性的描述。他对一名记者说：“15天里，我一直被严密看押，不能和任何人说话。每天晚上，狱警每隔15分钟就打开一次电灯，让我得不到任何休息。这种折磨让我在这么短的时间里便瘦了30磅。”
很难判断，在被关押于移民局监狱的这两周时间里，钱学森到底受到了什么样的待遇。真相很可能相当的平静而波澜不惊。李·杜布里奇几十年后回忆道，钱学森住在一个“相当舒服”的小单间里，有一张写字桌，采光也不错。然而，他的确与大多数亲友和同事分隔开来。身在欧洲的冯·卡门试图与钱学森通电话，但是未能获准。钱学森的家人几乎每天都来探视他。当他们来的时候，钱学森总是面带微笑，从牢房的窗户向他们挥手致意。
或许钱学森的确在此期间受到了肉体和精神上的双重折磨。狱警可能真的让钱学森睡不好觉，对于他们来说，每晚借助手电筒的光线查看关押在牢房里的人的状况是一项常规工作。一名在监狱中待过几个小时的中国学生记得，这些狱警会把手电筒直接照上他的脸，确认他“还活着，没有自杀”。身处压力之中的钱学森显然对移民局监狱中的饭菜无心下咽，他的消瘦可能也缘于此。在他所承受的种种不适中，自尊心受伤所带来的打击可能是最大的。
加州理工学院校方一直在背后努力，争取早日释放钱学森。9月18日，钱学森写下一份声明，保证在没有得到杜布里奇和金博尔的书面许可的前提下，绝对不会离开美国。两天后，特米诺岛上的移民局官员对钱学森进行了审讯。加州理工学院为钱学森聘请的洛杉矶地区著名律师格兰特·库珀（Grant Cooper）陪同在侧。列席此次审讯的还包括美国移民局地区负责人艾伯特·德尔·古奇奥（Albert Del Guercio）、海关办事人员罗伊·戈林和6名其他机构的官员。
当被问及失去保密许可证和父亲来信这两件事对钱学森的影响时，钱学森回答道：
父亲来信这件事对我影响很大，他一直希望我能够回到中国。他的健康状况不佳，我早已深知，但是我一直只顾自己的工作，因为我实在是太忙了。当你总是埋头于工作时，很难对个人情况加以审视和思考。但当我的保密许可证被吊销之后，我十分震动。这让我静下来考虑个人问题，便在此时，我开始想到，到底是要继续留在这个国家，还是应该回到中国？
当我看到美国和中国大陆政府之间可能会出现公开的敌对行动时，这让我更困惑了。
如果这种敌对事件确实发生，我可能再也没有机会给我的父亲寄钱，而他目前只能依靠我的供养。对于这种可能性，我深感不安。所以我的初衷是事先作些安排，让我父亲的生活来源不致中断，有所保障……事实上，我已经对沃特森教授提到过，我终究还是希望返回美国并继续在这里工作，但当然，我也对他表明，加州理工学院最好别指望我能够给出一个确切的返回日期。
在这次聆讯会之后，加州理工学院校方与地方总检察官办公室的官员一起召开了一场关于钱学森的会议。两天后，钱学森被交保释放，保释费高达15000美元。他在加州理工学院的同事不得不求助于钱学森的一位富翁朋友，才把这笔钱凑齐。幸运的是，钱学森在秋季学期开始前便得到了释放。
后来，在接受报纸记者采访时，钱学森以玩笑的口吻谈及此事：“相对于普通绑架案1000～2000美元的标准赎金，我真的挺替自己骄傲的。”但在当时，钱学森却深感屈辱。
美国航空喷气发动机公司当时的副总裁威廉·齐舍（William Zisch）是少数亲眼目睹了钱学森内心受伤之重的人之一。一天傍晚，他来到钱学森家中小坐，简短地跟钱学森说明秘密许可证被吊销的情况。齐舍一向把钱学森当成该公司最有价值的科学顾问之一，但此时此刻，他却不得不告诉钱学森，后者已经不能够再在本公司工作了。这时候，一向沉默寡言的钱学森突然抑制不住奔涌的感情，滔滔不绝地向齐舍倾诉了四五个小时。这让齐舍大为吃惊。
钱学森强调自己不是共产党员。他认为，与弗兰克·马利纳的友谊才是给他带来麻烦的深层次原因。后来，在翻阅过海军情报部门的卷宗之后，齐舍才知道，真正的祸因不是马利纳而是威因鲍姆事件。但是，钱学森对齐舍说，不管怎样，如果有人问到，他还是会说，马利纳是他的好朋友。再怎么调查也不会改变这一事实。
齐舍回忆道，看起来，钱学森正挣扎于父亲、祖国和师友几种力量的撕扯中。他很希望能回到父亲身边尽孝，但他也想要履行自己对冯·卡门所作过的承诺，终生追随其左右。最后，祖国对于钱学森依然有很大的吸引力。对于钱学森来说，被儒家文化所浸淫的中华文明，是永远不会被苏联的影响而磨灭的。钱学森说：“中国永远是中国人的中国。”
钱学森刚出狱的时候，所有人都对他将迅速被宣告无罪一事充满乐观。其他一些大学甚至表示出雇用钱学森的兴趣。刚被释放不到一个星期，世界著名物理学家、普林斯顿高等研究院主任罗伯特·奥本海默便给杜布里奇写信，询问钱学森的状况。他说，如果钱学森和洛杉矶政府官员之间的麻烦仍未能消除的话，他或许应当考虑前往普林斯顿。奥本海默与数学家约翰·冯·诺依曼也讨论过这件事。奥本海默说，冯·诺依曼“对钱学森所做的工作很感兴趣，并认为即使是在一个计算机可以解决航空问题的时代，像钱学森这样的人依然有其存在价值。杜布里奇稍后回复道，钱学森对留在加州理工学院更感兴趣，但非常感谢奥本海默的邀请。
杜布里奇认为，“澄清”钱学森“名誉”的最佳途径是召开一个由工业就业评审委员会主持的听证会。然而，他也担心，要求评审委员会恢复钱学森的保密许可证是否是一件明智的事。“他的父亲仍在中国，这件事本身就会导致钱学森的保密许可证申请被驳回。”杜布里奇在写给朋友的信中提到。或许更好的办法是证明钱学森从来都未曾加入过共产党，而且从未试图窃取机密情报。毕竟，证明钱学森身为共产党员的证据非常牵强无力。对于钱学森在行李打包托运前曾试图将机密文件取出这一事实，杜布里奇也坚信不疑。
种种迹象显示，这件事将很快被画上句号，无人问津。然而，10月份，意想不到的事情发生了。美国移民局决定根据1950年出台的《颠覆活动管制法》（Subversive Control Act）将钱学森驱逐出境。原因是，移民局认为钱学森在上一次入境美国之前，他是一名共产党员。