从伊丽莎白女王青少年时期开始，便因接受剑桥改革运动分子的教导，而深受其信仰与教条的影响，但尽管她在这样的环境中成长，而且信仰新教，她自己本身却不具改革思想；她喜欢的只有唱诗班那传统的宗教仪式、辉煌的赞美诗与圣歌，同时神学作品对智能带来的满足感，也让她深受吸引。她非常了解神学，她在一五六六年向国会宣达：“直到我登基前，我都在钻研神学。”再者，在那人们可能因信仰而遭到焚烧的年代，她却有着相当开明的见解。“耶稣基督只有一个，”她向一位法国大使迈斯公爵安德烈·赫洛特-加龙省（André Hurault，Sieur de Maisse）表示，“其他的问题都无关紧要。”
她与姐姐玛丽女王不同，她并非宗教狂热分子，无论天主教或新教，她都讨厌他人对宗教盲信的狂热，她也没什么时间去听主教们的意见或鄙视那些强硬派的新教神学家彼此称呼对方“基督信仰的兄弟们”。她也不会让主教的职位空闲下来，以维持王国的岁收。
对她来说，针对神学研究与神性的争辩，根本毫无意义。一五九〇年时，她曾在国会的演说中这样表示：“有很多人对神的态度十分鲁莽，过于探究他赐予的福，仿佛是精明的律师在探究证据般。若我无法确定自己走的正是神指引的道路，神定将阻止我继续存在与领导诸位。”在登基后不久，她偷偷告诉斐利公爵，她的信仰与天主教徒“其实没有什么差别”，“因为她也相信在圣餐礼中得见上帝圣体，而且她只对弥撒中的三四项仪式持有异议”。但她说这句话时，英国急需西班牙的支持。她也非常懂得如何诋毁旧有信仰，一五七七年时，她曾在一封写给德国新教徒的信中提及“黑暗又肮脏的天主教会”。
当她听闻西班牙菲利普国王在西属尼德兰迫害新教徒时，她写了一封措辞强硬的信询问他，如果臣民自己决定走向恶魔之道，为什么他要干涉那么多。此举震惊了菲利普国王的一位大使，因为他曾私自轻率地表示，伊丽莎白女王希望自己能受到被英国人称为教皇的罗马主教的救赎。在后来的任期中，伊丽莎白女王因为喜欢神学辩论的感觉，而拒绝让疑似为无神论者的华德·莱礼爵士接受调查。
因为这些态度，许多人便指控她毫无信仰。一名西班牙大使夸德拉（de Quadra）观察道：“新教徒让她感到不舒服，另一边，天主教的教义也是，因此许多人开始质疑她可能为无神论者。”但她时时阅读《圣经》，而她生命告终时则说：“在我执政前，已将最后的审判放在心上，因为最终我也要接受更高审判。”对圣餐变体的观点，在这段有点蹩脚的诗句中算是表达了出来，而这段诗句最先则是收录在一六四三年理查德·贝克（Richard Baker）的编年史中：
基督真理字字珠玑
他将面包配给
他的每一言每一句
都是我信奉与谨记的真理
她同时也相信神圣的天命在背后操弄，导引、眷顾着她与她的王国。一五八〇年代，英国面临西班牙的强大威胁时，伊丽莎白女王向法国大使费奈隆表示：“我想最糟的状况就是，神仍未决定英国是否该终止其命运，但至少神也还没赐予他人权力，让那些野心勃勃的男人来终结英国的气数。”
布道会——是新教教会日常早会中最主要的一环——是她最恐惧的事情之一，牧师每每超过一小时的长篇大论，总让她头痛不已。对于在讲道坛上想要跟她说教的人，她更是缺乏耐心，每天她都坐在皇家专属小房间的格子窗旁，窗户或开或关但看女王心情。“照稿演讲，司祭先生！照稿演讲！”有时她会大吼大叫，或是会向布道的人传达讯息，警告他们打消念头，别讲述容易引起女王反感的主题。一五六五年时，圣保罗大教堂司祭诺威尔（Dr.Norwell），抨击了一份写给女王的天主教小册子，同时对偶像崇拜——耶稣受难像——一事口出狂言，而伊丽莎白女王一向坚持要将耶稣受难像收藏在皇室礼拜堂中。
“不要说这个！”女王怒气冲冲地打断他，但司祭先生却故意忽视她。“别再说了！”女王再度大声斥责。“这和你要讲的主题无关，而且这根本是陈腔滥调。”
另一位讲道者约翰·艾尔墨主教（Bishop Aylmer），反对“将遗体装饰得太过精致”，女王也强烈地要求他换个布道主题。“也许，”女王的教子约翰·哈林顿爵士对此表示：“主教显然很不了解女王的个性，要不然他绝对不会选这个主题。”
一五九六年时，伊丽莎白女王年届六十三岁，这在都铎王朝时期被视为大厄年的开始，许多人都无法活过那个年纪，坎特伯雷大主教告诉陆德主教：“女王陛下年轻时对才智与雄辩的迷恋已然不再，可以打动她的心的一般布道，让她感到最开心。”陆德主教因而选择布道的主题：“神教导我们如何计算时间，让我们的心有智慧能依靠。”接着他继续提及许多重要神圣的数字，包括“3”代表三位一体，“7”代表安息日，而“7”乘以“9”就是大厄年，六十三岁。此时，女王开始皱起了眉头。陆德主教慌了手脚赶快转向启示数字“666”，“他能以此证明教皇反对基督”。当他结束布道演说时，伊丽莎白女王倾身探出皇室专属的小房间，恶狠狠地叫他不要乱打如意算盘。“现在我知道了，”她甚至说，“最棒的神职人员都不是最聪明的人。”
“伊丽莎白女王，”英王詹姆士一世时期任格洛斯特主教的葛菲·古曼（Godfrey Goodman，Bishop of Gloucester）回忆道，坚持着“她宁愿自己与神沟通，也不想听别人谈论神的事情。除了四旬期外，她很少听布道会”。来到宫廷中进行布道演讲的人，都收到指示将演说时间缩到最短，布道题目也得从主教认可的主题中选出。约翰·哈林顿爵士就记得，伊丽莎白女王可以在布道会中神游四方。她曾经在一位神职人员说了一些可能冒犯她的话后，还向他道祝贺，显然她是完全没有专心聆听。
但伊丽莎白女王对布道会的厌恶，还有更有力的原因：布道会让男人有机会大放厥词，在当时的宗教气氛之下，这些话只会带来争端，导致社会不安。有一群极端主义的新教徒，后来被称为清教徒，女王打从心底不喜欢他们，原因不只是他们对宗教的狂热，还包括他们坚持要由牧师进行布道。对于女王反对清教主义，多数的臣子都额手称庆，尤其是在一五八五年时，伊丽莎白女王撤销了一个反对周日举办任何体育会和娱乐活动的清教法案。女王认为在每周唯一休息的一天，她的子民有权用任何他们喜欢的方式度过，不用受扫兴的人或事物干扰。她也拒绝同意一项——也是来自清教徒的——建议，将异端邪说、通奸行为和亵渎上帝都立为犯罪项目。她认为这些是道德，非法律范畴。
她对清教徒的抵抗，最有名的事件可能是在艺术领域。许多城市尤其是伦敦的清教权威人士，都非常讨厌博物馆，同时煞费苦心地想要禁止民众观赏戏剧，因为这些都会占去人们上教堂的时间。但女王站在戏剧爱好者那一边：因为她也讨厌布道会。一五七五年，当女王发现，在柯芬特里，著名的四大《圣经》连环剧遭到清教当权者禁止演出，她随即下令恢复。伦敦的清教徒则开始抱怨，市区中爱上戏院的人就是每年夏天导致黑死病传染和大流行的病源。一五八三年时，伦敦市政当局关闭了萨里岸边的剧院，但伊丽莎白女王回敬一招，组织了自己的剧团，也就是著名的女王剧团。最后市政当局只好让步，但到了一五九七年时，市政当局终于成功说服枢密院同意关闭剧院，他们的理由是，这些剧院是反政府思想酝酿的温床。伊丽莎白女王听闻此事感到十分气愤，枢密院只好仓促地撤回成令。后来直到伊丽莎白女王逝世前，都不再有其他反剧院的行动出现。
伊丽莎白女王特别讨厌已婚神职人员，尤其是主教与大主教。她一次又一次地拒绝承认其妻子的存在，而且她多次以不礼貌的态度对待马修·帕克大主教（Archbishop Matthew Parker）的妻子，让大受惊吓的主教“连听闻女王名讳都胆战心惊”。一五六一年时，他写信告诉塞西尔：“女王陛下对神职人员的婚姻，依然抱持鄙夷的态度，若非我当时十分坚强（他自认如此），可能会完全公开地遭受责难与禁止。”伊丽莎白女王要求那年纪约在七十到九十岁的伊利主教（Bishop of Ely）上枢密院解释自己为什么续弦娶了年轻女子。他的解释是，他再婚只是为了避免受到诱惑犯了通奸罪，但这样的答案也无法说服女王，而许多臣民也抱持与她相同的看法。
玛丽女王当年废除了父亲亨利八世的国王至高权法案，随后当伊丽莎白女王继位时，英国基本上依然是个在教皇管辖下的天主教国家。但多数人都认为，最高权威法案应该会透过国会恢复，就像许多人期待新教的宗教地位可能会有所改变。自从伊丽莎白女王继位后，就针对重要的宗教议题做出许多暗示，而这些暗示让许多人相信，英国将会再度脱离天主教会。至于伊丽莎白女王的考虑，则在于英国的教会只能有一个领导人，这个人一定要是国家领导人。她自认受到神性的召唤，“要为神的荣耀，让英国王权底下的人民得到宗教上统一的秩序，建立新的教会和国家的稳定”。
她最主要的考虑，在于希望大众的礼拜仪式都能遵照正确的方式，并且使用英文，而且她也坚持——主要是因为对更严格的新教臣子感到反感——维持部分天主教仪式。在她专属的小礼拜堂中，她留有蜡烛与耶稣受难像等物品，坚持神职人员戴着帽子、穿着斗篷式长袍与斜襟衣；不过她摒弃了许多更复杂的仪式与习俗，这些都贬抑了天主教，包括相信神迹、特赦权，以及对圣母玛利亚的尊敬。因为讨厌强烈气味，因此她憎恶教堂中的焚香，并且下达禁令。然而清教徒依然时常抱怨她对宗教的态度。
尽管对圣徒的礼拜背离新教理念，但伊丽莎白女王鼓励民众对圣乔治（St.George）的膜拜，当时圣乔治被视为英国的国家象征，同时也是嘉德勋位的守护神。女王也没有禁止濯足仪式，女性宫廷画家利瓦伊娜·提尔林克（Levina Teerlinc）一幅精细的微型画，就记录下女王在登基之初便参与了濯足仪式。伊丽莎白女王也恢复了触摸皮肤肿瘤患者的传统，也就是所谓的“国王的触摸”（the King’s Evil）。在中世纪时，这个仪式她的先祖们已经执行了有三世纪之久。她非常看重自己在这个仪式中几近神秘的地位，下定决心将手放在患者身上的患部，希望能达到治疗的效用。她严格限制自己上礼拜堂的次数，大约是每周日一次，以及在四旬大斋期，每次上教堂她一定穿黑色的衣服。
尽管在她的任期中，严重压迫了天主教，但伊丽莎白女王其实一点也不讨厌天主教，她甚至欢迎拒绝服从她的贵族进入宫廷，有时还会到他们家中拜访；她也会雇用天主教徒，包括作曲家威廉·伯德都住在宫廷中。若天主教徒展现对她的忠诚，必定会让她欣喜不已，这样的场景当然也时常出现。一次出巡时，一名男子上前大喊：“女王万岁！心怀邪念者蒙羞！”女王只是转身朝着也在场的西班牙使者，告诉他：“这个好人定是旧宗教神职人员。”又有一次，在她一五六四年拜访剑桥大学时，看到一群大学生演出了奚落天主教弥撒的一出假面剧；其中一个角色打扮得像条狗，出场时还将圣体衔在口中，伊丽莎白女王见此起身拂袖而去，“并用强烈的言语响应”。后来许多清教徒总是费尽心机地指控她站在天主教徒那一边，对新教的忠诚度不如这些清教徒。
其实伊丽莎白女王任内对天主教压迫的恶名，都是来自政治上的需求，而非宗教狂热的问题，在后面的章节将有更详尽的剖析。遭到处决的教士，几乎都是犯下了违反国家利益，可能严重侵害国家的情事。当年玛丽女王曾在三年内下令焚烧三百多位新教徒；在伊丽莎白女王的年代，遭到处决的天主教徒远低于这个数字，在伊丽莎白女王长达四十五年的任期中，仅仅只有四位再洗礼派教徒被处以火刑。和多数的臣民一样，伊丽莎白女王对西班牙宗教法庭大举对异教徒施以火刑的消息感到惊惧和烦恶。当时她的考虑在于，一个人的良心在于个人。根据弗朗西斯·贝肯爵士所述，女王笃信的箴言为“人的良知无法强迫”，而她“也不想无谓地探究他人对旧宗教的情感”。“女王陛下，”他如此写道，“一点也不想窥探他人的内心与任何秘密思想”。她想要的只有臣民的忠诚度、国家，以及对她执政之下的主要宗教达到外表的顺从。
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国会的议事程序，现在准备要通过许多法令的初版了。一五五九年二月九日这一天，恢复英国国教中国王至高权的一项法案，进入了下议院的议事堂，但这项法案在许多方面都有缺失，经过了多次辩论后，法案仍然流产。
在罗马方面，于二月十六日这天，教皇保罗四世（Pope Paul IV）公布了一份教皇诏书，宣告若有支持异端教义之情事，便可能遭废除王位的命运。此令一出，合理化了天主教强权国家圣战出兵英格兰，也让英国对法国可能企图以苏格兰女王玛丽·斯图亚特进逼王位的恐惧更甚，同时也测试了伊丽莎白女王麾下天主教臣民的忠诚度。
当时，伊丽莎白女王坚持中间路线。新教信仰成为英国既定的宗教，同时她打着谨慎、和解与温和的旗帜。为了不冒犯欧洲的天主教盟国，他们必须行事小心，当然也绝对不能采取激进手段。当新教主教们拒绝明定神职人员必须独身，在教堂中摆上有耶稣像的十字架、一般十字架和蜡烛时，女王本身也不得不让步妥协。至于温和的路线，碰上天主教的主教因反对新观念而被送往伦敦塔时，也再度打了折扣。此时，全国信仰陷入了一片混乱，天主教与新仪式同时存在于教会中。
部分主教与议员开始质疑，女人怎么能成为英国国教最高首领，圣保罗便曾提及女性绝对不可能成为使徒、牧师、导师或传教士。最后伊丽莎白女王同意以最高总督称号取而代之。三月十八日这天，英国下议院通过了国王至高权修正法案。隔一周，伊丽莎白女王下达命令，明确规定此后的圣餐礼，应该以爱德华六世时生效的公祷书为准。
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同时，伊丽莎白女王也一直在思考，该如何响应菲利普国王的提亲。她已经向斐利公爵推诿了一个月，告诉他“应该不想得到不想要的答案吧？”但斐利公爵一开始的乐观开始逐日退却，他已经发现女王身边的新教顾问们，都尽可能地劝阻女王不要接受菲利普国王的求婚。
不过在伊丽莎白女王眼下，还有菲利普国王的竞争敌手，只是斐利公爵不知道罢了。二月二十日这天赫尔芬斯坦伯爵（Count von Helfenstein）从奥地利来访，他是菲利普国王的叔叔神圣罗马帝国皇帝费迪南德一世（Ferdinand I）派来的使者。伯爵的任务表面上是要为伊丽莎白女王继位一事道贺，但骨子里却是为了查探她是否有资格成为神圣罗马帝国皇帝的两个儿子其中一位的妻子。
二月二十五日这天，伊丽莎白女王以非常亲切的态度接见了赫尔芬斯坦伯爵，他很快就为伊丽莎白女王的魅力迷倒。因此在给主公的信中，他心醉神迷地谈起了伊丽莎白女王的精明、威严、智能和“其他英勇事迹”。不久后，他便与女王及她的臣子们提起了奥地利的两位大公，费迪南德二世（Ferdinand II）与查尔斯（Charles）。“当我提及皇帝陛下两位儿子的年龄、品行与天赋时，在场的所有人，无一不竖起耳朵，用崇拜的态度并安静下来仔细聆听，好像想从我身上了解得更仔细详尽一般。他们可能认为，您的其中一位儿子，很快将成为女王陛下的配偶，能够管她，也统治整个英国。”伊丽莎白女王尖锐地问赫尔芬斯坦伯爵，是否有事情想要私下报告，但他却含糊带过。英国的臣子们也许并不知道菲利普国王提亲的事，这件事当时还是个秘密，而他还是正式提了亲，但他下令，除非事情有了眉目，不然不要有进一步的动作。
神圣罗马帝国的君主，只要求赫尔芬斯坦伯爵一定要回报一件事情，那就是伊丽莎白女王的宗教信仰。年龄较长的大公费迪南德是非常虔诚的天主教徒，就算弟弟查尔斯对宗教的热诚度较低，他也绝对没有任何异教倾向。赫尔芬斯坦伯爵仔细观察了伊丽莎白女王，且小心翼翼地向她的臣子探询，接着向主公回报：“就我的观察，我并没有发现任何与传统天主教信仰脱轨的行为，因此若英国出现天主教君主，所有宗教上的疑虑便可望透过君令轻松解决。”然而他并没有完全被宫廷外表展现的宗教气氛说服，因为伊丽莎白女王在宗教议题上的态度，实在是“高深莫测”。“她似乎一方面保护着天主教信仰，但同时又没有完全谴责，或于外在表现出拒绝宗教改革的倾向。”因此他决定再等一阵子观察是否会有新的迹象。
到了三月十四日，当英国的宗教问题即将稳定，同时英法的和平协议也将拍板定案时，伊丽莎白女王私下召见了斐利公爵，同时表达自己“身为异教徒，无法与菲利普国王陛下成婚”。最重要的是，她也完全不想结婚。她希望英国与西班牙间的友邦关系，能和缔结姻亲带来一样的益处。当斐利公爵询问她如何做此决定时，她开始变得“心烦意乱且激动异常”，最后斐利公爵只好不断保证，无论是他自己还是菲利普国王，都没有将她视为异端。他也告诉伊丽莎白女王，他们都不敢相信她会批准国会辩论的法案。
伊丽莎白女王则声明，自己是新教徒，没有任何事情能改变她的观点。
“我的主公也不会为世界上任何国家改变自己的宗教信仰。”斐利公爵则高傲地回答。
“那他当然也不会为了一个女人这么做了。”伊丽莎白女王随即反驳。
斐利公爵也私底下揣测，伊丽莎白女王拒绝菲利普国王背后真正的原因。他一直不断地明察暗访，最后终于得到结论，于是他向主公回报：“她无法传宗接代。”在斐利公爵的信件中曾提及神秘的事项，关于菲利普国王没有娶伊丽莎白女王“背后的秘辛”，可能就是来自斐利公爵的揣测。如果这是真的，菲利普国王确实知道伊丽莎白女王无法生育，他为什么要不断地为伊丽莎白女王寻找哈布斯堡王朝中适合的人选，并且一再提及王位继承人一事呢？也许太过依赖立场时常偏颇的大使报告并不是件聪明的事情，许多大使的报告都以宫廷八卦为主。
当菲利普国王知道伊丽莎白女王的决定后，感到大大地松了一口气，但他还是提笔写信表达遗憾，表示虽然他非常希望能与伊丽莎白女王成亲，但“良好的邦谊自然也能达到同样的效果”。
然而，西班牙与法国间也正朝和平之路前进，三月都还没有结束，菲利普国王便急匆匆地宣布将与亨利二世的女儿华洛亚公主伊莉萨白成婚。当伊丽莎白女王听到这个消息，她欣然接受了这件事，她发出了“一声近似笑声的叹息”。她掩饰了与菲利普国王无法成亲的原因，归咎于她没有给个答案，甚至假装愠怒，因为菲利普国王并没有准备好，给她三四个月的时间考虑；她宣布菲利普国王对她的爱，绝对不如斐利公爵所要她相信的那么深刻。而大使斐利公爵则本能地感觉到，伊丽莎白女王是在嘲笑菲利普国王。她保留了面子，菲利普国王订婚的消息让她十分开心，这代表他会维持与英国的邦谊。接着斐利公爵很快地向她保证，他的主公生怕伊丽莎白女王觉得受到轻蔑而焦虑不已，因此就算西班牙与法国建立邦谊，他仍将会“继续作为一个好的兄长，对于她的疑虑给予大量关注，将她的事当成自己的事情来看待”。同时，“未来在她的婚姻大事上也会给予协助”。
自此，伊丽莎白女王与斐利公爵的关系便陷入紧张，这可能都是因为她变幻莫测，戏弄或误导他的倾向和喜欢玩外交游戏所致。“简言之，”他绝望地执笔写信给菲利普国王，“我只能向国王陛下回报，这个国家在经历三十年您所知悉的统治现况后，落到恶魔的女儿手中，她是这块土地上最大的恶棍与异端。”斐利公爵于三月收到召唤他回国的消息，感到十分轻松。接替他职位的，将是处世经验老到的一位牧师，拉奎拉主教夸德拉（Alvaro de Quadra），是年三月三十日，主教抵达伦敦，而斐利公爵则继续以大使之名在英国待到五月。
然而菲利普仍然坚信，伊丽莎白女王与英国，自当回归天主教怀抱，最好可以嫁入哈布斯堡王朝。他已经了解神圣罗马帝国的居心，于是决心撮合伊丽莎白女王与其中一位大公。
四月十一日，他给了斐利公爵一张联络便条，条列出两国联姻的益处，并指示斐利公爵向伊丽莎白女王提出此紧急请求。他表示两位大公都没有自己的公国，因此都能够自由地前往英国并永久居住。两个人都非常适合协助她承担政府运作的责重大任，同时英国还能与哈布斯堡王朝维持良好联系，还有其强权在背后撑腰。因此与哈布斯堡王朝联姻，无论在欧洲或英国臣民眼中，都将能提升她的威望，再也没有人敢起而对抗她。当然这一切的代价，就是要伊丽莎白女王改信天主教，并且放弃自由。