在一五六八与一五六九年间的冬天，诺福克公爵叛意越来越浓，尤其在萨赛克斯伯爵离开后，他似乎再也没有阻碍，萨赛克斯伯爵被指派为英国北郡议会主席，不得不听命于曾追求伊丽莎白女王的阿伦德尔伯爵亨利·菲查伦。加上几位英国北部的天主教贵族人士，包括诺森伯兰伯爵与德比伯爵，都希望包括塞西尔与莱斯特伯爵等这一群强硬派的异教徒能够被逐出枢密院，这些人近来已逐渐走向极端新教主义，成为俗称的清教徒。
十一月时，因为塞西尔的策划，英国成功地从西班牙船舰上偷取了八万五千英镑——这是菲利普国王向热那亚的银行家商借，用来支付亚尔瓦公爵麾下士兵的钱——以救助贫困的南安普敦，使得英国与西班牙间的关系更趋恶化。一五六九年一月，伊丽莎白女王不但没有将钱还给西班牙，在缺乏资金的状况下，她无礼地表示要将这笔钱没收充公，并表示她会将钱直接还给热那亚的银行家。有一段时间，各界都十分忧心，菲利普国王一气之下将以此意外作为借口向英国宣战，但诺福克公爵与阿伦德尔伯爵，则在西班牙大使德·斯佩斯的支持下，尽可能地让塞西尔背负英国与西班牙交恶的责任，希望能尽快打倒塞西尔，让他沦落成伦敦塔的囚犯。
几周内，因为得知塞西尔仍然想方设法要阻止他与女王结婚——虽然这么多年过去了，这个指望早已变成不实际的妄想——莱斯特伯爵就成了这项阴谋的共犯。尽管诺福克公爵与阿伦德尔伯爵十分厌恶他，但仍无法拒绝他的支持，因此有一段时间，这三个男人间的关系相当和平。
然而，菲利普国王不但没有向英国开战，反而只是下令要驻扎在尼德兰的军队羁押英国船只与财产。他认为在与英国正式开战前，让荷兰方面的臣子再度归顺才是主要任务。
一五六九年一月份，玛丽·斯图亚特终于移监特伯利城堡。这是一个位于英国斯塔福德郡一处残破不堪又阴森的城堡，玛丽·斯图亚特对此自然是非常不情愿。在接下来十五年间，这份工资过低又负荷过重的严密看守职务便都是交由第六代士鲁斯柏立侯爵乔治·塔伯特（George Talbot，Sixth Earl of Shrewsbury）来执行。他的夫人就是可怕的伊丽莎白·卡文蒂希，也就是历史上鼎鼎大名的“哈维克的贝丝小姐”。尽管贝丝小姐多次与伊丽莎白女王起冲突，伊丽莎白女王依然相信士鲁斯柏立侯爵。玛丽·斯图亚特与这两人相处愉快，甚至亲手制作礼物给贝丝小姐，并以她“那有说服力的语调、考虑周到的脑袋、不屈服的勇气与开阔的心胸”将恪守清规的士鲁斯柏立侯爵迷得神魂颠倒。英国枢密院于是警告他“千万别让她控制了他，甚至协助她逃亡”。塞西尔对玛丽·斯图亚特的诡计特别戒慎恐惧，他打从心底认定“就算这对夫妇在来到她身边前非常厌恶她，只要她靠着绝对的机智与甜言蜜语，就有可能扳回一城”。
伊丽莎白女王本人对玛丽·斯图亚特没有什么耐性，只能以女王身份面对她。她对玛丽·斯图亚特的人格评价极低，当女王发现法国大使认为“苏格兰女王的语调与外貌肯定有其非凡之处，才能让她的敌人都为她辩护”，她感到十分不悦。
而在士鲁斯柏立侯爵的照顾下，玛丽·斯图亚特得以在他于英国中部的各处居所轮流居住：特伯利、温菲德、查兹华斯与谢菲尔德城堡。一五六九年，士鲁斯柏立侯爵承认自己无法抵挡玛丽·斯图亚特的魅力，将他对玛丽·斯图亚特的印象留下给后世子孙：“她除了是一个好人外，事实上和我们的女王无法相比，两人同样都有十分诱人的优雅仪态，但她有悦耳的苏格兰口音，在温暖动人的特质下，包装着洞悉人心的智慧。也许有些人会在名望的驱使下为她解围，而一起获得荣耀的氛围可能会扰乱他的心，为她冒险。”他非常清楚，玛丽·斯图亚特“能如何影响人心。她留着一头黑发，但诺利斯爵士却说她的发色多变”。
受到英国与西班牙关系恶化的消息鼓舞，这一年的一月，玛丽·斯图亚特与德·斯佩斯大使联络，表示放弃苏格兰王位简直就是要她的命，同时允诺“若你的主公能助我一臂之力，三个月内我定能成为英国女王，全国各地都将响起弥撒曲。”德·斯佩斯大使一五一十地转述了玛丽·斯图亚特的话，同时请求菲利普国王在尼德兰海域下达英国船只禁运令，只是这个海域的贸易利益之大，此政策从推出之际便注定要失败。
紧接着，在瑟洛摩顿爵士的推动与莱斯特伯爵的支持下，让玛丽·斯图亚特与诺福克公爵结婚，婚后随即让玛丽·斯图亚特复辟为苏格兰女王的策略再度浮上台面。唯一的条件是，玛丽·斯图亚特必须同意保留苏格兰的新教信仰，并与英国交好。只要玛丽·斯图亚特与诺福克公爵成婚，也就能说服伊丽莎白女王将玛丽·斯图亚特预立为王储，继位问题就此解决；而玛丽·斯图亚特也将不再是天主教反抗军的焦点人物，同时英国与西班牙间的邦谊也可望恢复。但塞西尔是这个计划最大的绊脚石，这也是诺福克郡公爵与阿伦德尔伯爵组成的派系希望能逼他离开的原因。目前为止，他们对付塞西尔的阴谋计划，已经得到许多英国北郡贵族与西班牙大使德·斯佩斯的支持，但无论如何，德·斯佩斯大使一直都是个祸根。
显然，让玛丽·斯图亚特与诺福克公爵成婚的计划并未得到伊丽莎白女王的首肯，尽管此计划的细节曾透过贵族联署的一封信与玛丽·斯图亚特沟通过。另外还有莱斯特伯爵，他肯定知道自己正走在一条危险的不归路上。但历史证据显示，对诺福克公爵怀疑已久的伊丽莎白女王，显然猜到了他们的计谋，但她决定在表态支持或谴责之前先静观其变。
到了二月，一位佛罗伦萨银行家罗伯特·理达费（Robert Ridolfi）来找德·斯佩斯大使。事实上是诺福克公爵与阿伦德尔伯爵派遣他前来当说客，盼望西班牙方面能支持这个计划。理达费告诉西班牙大使德·斯佩斯，他们希望在适当的时机下，重新建立英国的天主教政府。显然他们希望能得到亚尔瓦公爵军力的支持，但当他们发现这仅是奢望后，便渐渐了解赶走塞西尔的计划难以成功。
这个计划一片灰暗的前景，让他们陷入绝望之中。于是在圣灰日这一天，正当女王在晚餐时间于谒见室接见他们时，莱斯特伯爵大胆地告诉伊丽莎白女王，因为国务大臣的领导技巧不佳，因此多数的臣子都为国家事务感到忧心不已，再这样下去，若非英国面临危机，就是塞西尔可能得人头落地。对此，伊丽莎白女王爆发了一阵怒气，禁止莱斯特伯爵再说出任何反对塞西尔的话，同时明确表示，无论如何都无法改变塞西尔在她心中忠心耿耿的形象。
当时也在场的诺福克公爵跟着加入争论。他向女王表示，许多贵族对塞西尔都抱持着与莱斯特伯爵一样的看法。此刻，伊丽莎白女王的情绪坏到极点，大吼着要他闭嘴。但当诺福克公爵在女王面前向北安普敦侯爵表示：“当莱斯特伯爵支持并赞同国务大臣的意见时，女王多么宠信他呀；但现在他抱持着正确的信念，反对国务大臣的意见时，女王对他根本没好气，甚至还想把他打入大牢。不，不！他并不孤单！”伊丽莎白女王对此却保持缄默。
这件事使莱斯特伯爵感到焦躁异常，于是他威胁诺福克公爵，要将他反对塞西尔的阴谋告诉女王。但此时的塞西尔已经猜到这些人的密谋，也知道自己的未来与生命都将受到威胁，于是开始友善地对待诺福克公爵，小心翼翼地不要引发诺福克公爵与他同党的怒火。同时，塞西尔也开始着手进行拉拢莱斯特伯爵的计划，而莱斯特伯爵也很快地警告他要小心。国务大臣有伊丽莎白女王在背后撑腰，情势发展至此，这些密谋反对他的人也了解到，塞西尔所向披靡。
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到了四月，玛丽·斯图亚特发现，她在苏格兰的支持者，并未与莫雷伯爵达成和解，因而感到气愤难平。在重度忧郁之中，她完全没有食欲并常常哭泣。而伊丽莎白女王则十分盼望表侄女这个麻烦人物尽快离开她的国家；同时也一直抱着与苏格兰方面协商遣返玛丽·斯图亚特的希望，但得先确定她返回苏格兰后的安危，才能送她回去。莫雷伯爵强烈反对伊丽莎白女王对玛丽·斯图亚特的安排，这一点也并未让玛丽·斯图亚特感到好过。无论如何她依然不屈不挠。
然而，玛丽·斯图亚特发现了一个逃脱的方法。诺福克公爵一开始反对娶一个叛国贼的想法，随着时间的流逝，针对此事他开始更进一步地思考：对他来说，若她与玻斯威尔侯爵的婚姻无效，苏格兰女王与忠心耿耿的英国贵族结婚，是非常合理的安排；当玛丽·斯图亚特复位后，他便能在苏格兰捍卫伊丽莎白女王的利益。除此之外，当然，他自己也能得到加冕的机会。于是在一五六九年五月，玛丽·斯图亚特透过罗斯郡主教得知正式求婚的消息，让她感到喜不自胜，原本伊丽莎白女王理应反对这个计划，但到了六月份，玛丽·斯图亚特已经开始与诺福克公爵通信，这代表他已展开了追求。玛丽·斯图亚特在信末写上“对你充满信心的玛丽”，而且身为前苏格兰女王，玛丽·斯图亚特还送“我亲爱的诺福克”一个亲手缝制的坐垫，上面绣着一把亮晃晃的刀切断一个据说是代表伊丽莎白女王的绿葡萄藤。两人对于浪漫爱情都不感兴趣：这只是将两股野心势力结合的过程。
由于诺福克公爵知道伊丽莎白女王认为他觊觎苏格兰国王的地位，甚至会反噬图谋她的英国王位，因而可能会反对这桩婚事，诺福克公爵于六月份开始游说他的旧敌塞西尔，希望能得到他的支持。但塞西尔对玛丽·斯图亚特的怀疑甚深，不断提醒诺福克公爵，要摆脱这个泥沼唯一的方法，就是向伊丽莎白女王坦承错误。莱斯特伯爵则担心自己涉入此案，他向塞西尔表示——虽然塞西尔可能想起之前这群人反对他的阴谋——自己并未背叛他的信任。在确定他们能说服伊丽莎白女王这事对她有利之前，没有任何一位谋反同党愿意向女王透露这个婚姻计划。
诺福克公爵实在太畏惧伊丽莎白女王的怒气，因而不敢轻易听从塞西尔的建议，但依然有人向女王透露此事，因此到了七月底时，诺福克公爵向玛丽·斯图亚特求婚一事在宫廷中已人尽皆知。事实上，枢密院多数成员都支持这个计划。伊丽莎白女王则在侍女们的谈笑间，听闻了这桩计划，但她忧心两人将联手对付她，因而持反对意见。于是在八月一日，与诺福克公爵在里奇蒙德宫花园见面时，伊丽莎白女王给了他一个坦白从宽的机会。女王问刚从伦敦来的他，有没有什么特别的消息。诺福克公爵可能猜到女王意有所指，因而表示什么也没有。
“没有？”女王装作非常惊讶地又问了一次。“你从伦敦来，结果连个婚礼的消息都不知道？”柯林·登小姐不经意地现身，还带着花束献给女王，却意外拯救了诺福克公爵，让他不用回答女王的问题。他抓住这个机会，赶紧溜到莱斯特伯爵的房间去。当莱斯特伯爵从金斯顿狩猎回来时，诺福克公爵赶紧问他认为自己该怎么做，莱斯特伯爵则答应，若时机许可，将为他在女王面前说情。
八月初，当莫雷伯爵向伊丽莎白女王清楚表明，他与其他苏格兰贵族，都不会接受玛丽·斯图亚特复辟时，支持这段婚姻的人都大感不满。这个消息也让伊丽莎白女王愤怒不已，于是她矢言继续为玛丽·斯图亚特复位一事努力。只是，看来唯一的方法就是诉诸武力，但莫雷伯爵知道，伊丽莎白女王一定尽可能地避免走到这一步。
八月五日，英国皇室每年夏天的例行出巡，来到了欧丹兹，到了八月十一日，则来到吉尔福德附近的洛斯黎公园，也是威廉·摩尔爵士的领地。现在，当年女王出巡时所住的房间，依然存在。隔天早上，伊丽莎白女王坐在前门的阶梯上，听着摩尔爵士的孩子们漫不经心地边演奏着鲁特琴边歌唱时，莱斯特伯爵跪在女王身边，谈起了诺福克公爵的事。伊丽莎白女王允诺，几天内将与公爵好好讨论。
两天后在法纳姆，伊丽莎白女王邀请诺福克公爵与她私下餐叙——这是难得的殊荣——但席间女王给了他多次机会坦白，他却依然没有勇气坦承自己已向玛丽·斯图亚特求婚一事。晚餐结束后，诺福克公爵忆道：“她故意刺了我一下，她说希望我每天晚上都能睡得安稳。”——故意引述他前一年夏天所说的话。“女王陛下的话让我感到不安，但我认为当时的时间与地点，不太适合麻烦她。”尽管如此，伊丽莎白女王依然给他许多机会坦白从宽，但他一直都没有抓住机会。他已决心朝向结婚之路前进，并向一名友人透露：“在失去这段婚姻之前，他可能会先失去性命。”
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六月，亚尔瓦公爵以菲利普国王之名清楚地向德·斯佩斯大使表示，西班牙不会与英国开战，要他不准涉入任何反叛伊丽莎白女王或其政府的阴谋中，尽量保持中立。
但德·斯佩斯大使是个无可救药的祸头。八月八日，亚尔瓦公爵便向菲利普国王抱怨，德·斯佩斯大使完全不听从其命令，他已与英国北郡的叛乱权贵连成一气，企图营救玛丽·斯图亚特并将她立为英国女王，同时也不断鼓励诺福克公爵与玛丽·斯图亚特结婚。
出巡中的英国皇室气氛陷入一片紧张。伊丽莎白女王闻到叛变的味道，怒气一触即发，玛丽·斯图亚特可能也有份，让她更加生气，于是向法国大使费奈隆抱怨，她在表侄女面前尽力扮演慈母的角色，玛丽·斯图亚特却以涉嫌策动叛变来回报她。“对待一个不想善待母亲的人，不如就配给她一个邪恶的后母吧！”然而法国大使却表示，不相信台面下有不祥的事情在运作着，但伊丽莎白女王只是摇摇头。
“我已经知道这些制造麻烦的人是谁，”她宣布，“而且有些人的项上人头要小心了。”
九月初，皇室出巡来到汉普郡南安普敦伯爵位于蒂奇菲尔德的领地，女王陛下已经陷入一种狂怒的情绪中，她怒气冲冲地对着塞西尔与莱斯特伯爵大声斥责，并指控他们随着玛丽·斯图亚特起舞，意图谋反。莱斯特伯爵逃上床假装生病。到了九月六日，他哀求女王来探望他，当女王坐在他的床边时，他将诺福克公爵依然妄想迎娶玛丽·斯图亚特一事据实以告。
伊丽莎白女王则说，若这两人真的结婚，婚后四个月内，她可能很快就要回到伦敦塔去蹲苦牢。莱斯特伯爵悲惨地哀求女王，原谅他之前涉入此项阴谋，解释当时他误以为自己这样做对女王最好。女王当真以为他病重，在忧心他的健康情形之下，便发自内心地原谅了他。
至于诺福克公爵，又是另一回事了。当天下午，伊丽莎白女王召见他到宫中的长廊，发了一顿脾气，对他的不忠诚加以训斥，同时要他为自己的忠贞发誓，“再也不与苏格兰人胡来”。诺福克公爵打着哆嗦，试图以轻松的态度解释自己的计划，他表示自己“并没有非常看重玛丽·斯图亚特”，而且并不非常重视与她结婚这件事。但伊丽莎白女王却不为所动，将她的厌恶表现得非常直接，而诺福克公爵也发现，宫中所有人都疏远他，包括莱斯特伯爵。九月十六日，诺福克公爵不告而别返回伦敦，并赌气似地继续追求玛丽·斯图亚特，他认为此刻已然无法在不失颜面的状态下抽身。伊丽莎白女王深感事有蹊跷，于是从桑迪斯勋爵位于贝辛斯托克拜恩一带的宅邸送出了召集令，命令诺福克公爵回宫。此时，塞西尔则安排人持续监视德·斯佩斯大使，他的信件往来也都必须受到检查；为了谨慎起见，他同时也命令全国各地忠诚的臣子们，为各种紧急状况做好准备。
九月二十三日，伊丽莎白女王总算返回温莎堡，于是也发现诺福克公爵虽宣称自己吃了治疗疟疾的泻剂，因此当天无法外出，但事实上却忽视她的召令，甚至跑到他所属领地的诺福克郡的肯宁霍尔。伊丽莎白女王随即有所警觉，认定他的意图就是要在他的领地上激起反抗她的势力，因此在九月二十五日这天，伊丽莎白女王对他下达了一个至高无上的命令，要求他即刻回到温莎。但又一次地，诺福克公爵实在太过畏惧而不敢听话照做，尽管玛丽·斯图亚特曾在一封信中要求他不要害怕，要勇敢面对她的表姑。
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最巧的是，就在同一时间，英国北部也正在酝酿另一个推翻女王的行动，主要来自当地的长期斗争，与皇室长期以来对当地的干涉，因此当地贵族想要重建旧宗教作为当地主要的信仰，他们痛恨塞西尔与其他信仰新教的枢密院成员，而且，最重要的是，他们对于女王不愿指定苏格兰女王为王储感到十分气愤。一开始，诺福克公爵并未涉入此阴谋中，但西班牙大使却相当活跃地煽动这些反抗活动。
在英国其他地方，多数的天主教徒都对伊丽莎白女王忠心耿耿，但过去数十年来，英国北部人士一直没有完全接受宗教上的改变，因此这些英国北部的权贵们，如虔诚的天主教徒——诺森伯兰伯爵（Northumberland）与威斯特摩兰伯爵（Westmorland），便开始秘密召集大批士绅阶级人士，以户外活动为名大批聚集。他们真正的目的是要起义对抗，而计划内容则是要杀光英国北部所有皇室官员，营救他们从春天起就开始不断联络的玛丽·斯图亚特。但有部分人士，只想驱逐伊丽莎白女王身边那些“坏心肠的顾问”，也有些人想要罢黜伊丽莎白女王，拱玛丽·斯图亚特为王。法国国王也涉入此阴谋，他允诺提供反抗军援助，而佛罗伦萨银行家罗伯特·理达费则在背后金援。自伊丽莎白女王上任以来，这次的反抗事件无疑造成了最危险的威胁。此时，英国十一年来的和平，似乎就要以暴力画下句点。
塞西尔与伊丽莎白女王几乎在第一时间就已感觉到，“精心深耕的北部”天主教贵族正准备要造反对付她。他们最担心的，就是诺福克公爵从东部起义，加入反叛军势力，而且毫无疑问地，他也同时在精心策划这件事。根据威廉·康登表示：“宫廷中人心惶惶、充满恐惧，唯恐诺福克公爵加入反叛行列，于是他们决定，若他真这么做，就要置苏格兰女王于死地。”
但随即发现诺福克公爵在英国东部的支持度极低。更何况因为他实在病得太重、太沮丧，因而没有费心召集支持者。此刻他最关心的事，就是要试着控制损害，因此他写信给女王，哀求女王原谅他，并为他无法前去温莎侍候女王道歉。他继续表示，他知道自己是个“有嫌疑的人”，但他担心自己会被送往伦敦塔——“对一个忠诚的人来说，这是很大的惊恐”。
伊丽莎白女王则刻薄地表示，她并不会罗织任何罪名给他，一切都是他自己应得的罪；同时发出另外两份诏书，坚持就算重病，也要诺福克伯爵尽速回宫，如果有必要就躺在担架上。塞西尔与其他枢密院成员也写信呼吁他听从女王的命令。
最后，诺福克公爵停止反抗。对于北部的谋反计划他早就知情，但忧心遭到牵连，他派了一位信差前往威斯特摩兰郡，要求对方取消起义行动：“我被召回宫中，若您不愿意，我的小命可能就不保了。”
十月三日，在前往温莎的途中，诺福克公爵遭到逮捕。塞西尔向他再三保证，若他愿意向伊丽莎白女王和盘托出，女王绝对不会对他太过严苛，但十天后，他最害怕的事情成真，他被送往伦敦塔。伊丽莎白女王的怒气直可燎原，她决定让他饱受折磨，以报复他几个月来为她带来的焦虑与担忧。同一时间，瑟洛摩顿爵士也疑因涉入阴谋中而受到质疑，被囚禁在他位于萨里卡效尔顿的农舍中；阿伦德尔伯爵与潘布鲁克伯爵也同样遭到软禁。潘布鲁克伯爵很快便获释，但来年便死亡，而阿伦德尔伯爵则在无双宫中接受严密看守，一直到来年三月，才在莱斯特伯爵的协助下获释。
十月十六日，塞西尔提醒伊丽莎白女王，英国王位最大的威胁来自玛丽·斯图亚特，并以以下的话语来提醒她身负重任。
您身边总有一定程度的危机。若您愿结婚，危机将减轻许多；若您拒绝婚姻，将更增危险。若钳制玛丽·斯图亚特，无论在英国或在苏格兰，都能降低威胁；若让她自由，则威胁蛰伏。若她真涉入丈夫的谋杀案中，她的危险性便大大降低；但若忽略其重要性，谋杀案的伤痕将加剧，更添危机。