情形极其诡异。几个月前，美国政府认为钱学森太过危险，不能放他返回中国，现在却下令将他驱逐出境。而钱学森，这个一度拼尽全力也要离开的中国人，现在却要为了留下来的权利而战斗。
美国移民局几年后给出的解释是，这是因为有两项独立规定分别适用于钱学森。一项是依据1950年的《国内安全法案》（Internal Security Act）修订过的1918年移民法案。由议会制定的这项法案规定，驱逐一切可能颠覆美国政权的外国人。正是依据这一法案，美国移民局希望放逐钱学森。但与此同时，美国国务院也有禁令，不得放走那些技术背景可能为敌国所用、从而危害国防利益的外国人。钱学森在喷气推进技术方面的资历，无疑令其身属此类。
“显然，钱学森被两项相互矛盾的政策所困，”美国移民局的历史学家玛丽安·史密斯（Marian Smith）写道，“当时也有其他的‘颠覆分子’被下令驱逐，但他们中的绝大多数都并非中国科学家。同样，其他中国科学家被禁止离境，但他们中的大多数并未收到驱逐令。”
即将到来的驱逐听证会让加州理工学院的官员们开始新一轮的奔走求援。杜布里奇写信给《洛杉矶时报》的出版人诺曼·钱德勒（Norman Chandler），希望这份报纸可以发表一篇替钱学森说好话的社论。克拉克·密利根则在写给古根海姆基金会负责人哈利·古根海姆的信中，向其申诉发生在他们所资助的罗伯特·高达德客座教授身上的不幸遭遇。与此同时，西奥多·冯·卡门和其他顶尖的空气动力学家分头写信给政府，为钱学森的“忠诚和正直”作证。加州理工学院还安排了格兰特·B. 库珀担任钱学森听证会上的辩护律师。
既然本意是要回到中国，为什么钱学森还要为驳回驱逐程序而战？也许在他原本的计划中，有朝一日父亲过世，他还会回到美国。或者，只是为了“洗刷自己被谣言玷污了的清誉”。由于被“指控”为“共产党分子”，并被认为在安全审查中就自己的党员身份说谎，钱学森的声誉已经大受影响。
11月初，事情似乎终于有所转机。美国总检察长欧内斯特·托林（Ernest Tolin）对媒体说，在为期两个月的证据审查之后，钱学森看起来“并无罪过”。尽管在没有通知海关的情况下试图将技术材料运往海外的确违反了《出口管制法案》，但政府相信钱学森并无恶意。因此，所有针对钱学森托运行李的指控都将被取消。
1950年11月15日上午10点，决定钱学森是否可以留在美国的听证会召开于洛杉矶市中心西区第9街117号的一间小屋中。这是非常典型的政府办公室：浅绿色的墙壁，垂下的百叶窗，褐色格子地板。钱学森和他的律师走进来，西装笔挺，领带打得一丝不苟。美国移民局的检察官艾伯特·德尔·古奇奥主持听证会。
与法庭审判不同，驱逐出境听证会从一开始就对外国人极为不利。面临被驱逐出境的外国人所享有的权利比犯罪案件中被告人（无论是外国人还是美国公民）所享有的少得多。没有美国公民权，身处美国移民局听证会上的外国人预先即被假定有罪，除非可以证明自己确属无辜。举证责任也在外国人一方。任何的流言蜚语、小道消息，都可能在听证会上作为呈堂证供。
听证会以对钱学森家世背景、教育和职业情况的详细调查开始。随后，两名退休警官被传唤出庭。一个人是威廉·海因斯（William Hynes），1938年时的洛杉矶警察局情报部门负责人。另一个人是洛杉矶警察局情报部门的成员之一威廉·沃德·金普尔（William Ward Kimple），他曾经渗透进共产党小组，并担任洛杉矶党支部入党资格审查委员会负责人的助理。作为证据，警方提交了一张据称是钱学森1938年到1939年的党员登记证。
两位退休警官说明了他们获取这张党员登记证的经过。在党内，金普尔负责追踪记录不同支部人员的转入转出。每年都要进行一次党员登记，以发放新的书籍并征收党费。金普尔说，他会从住在博伊勒高地的雷斯尼克（Resnick）夫妇家中取走党员花名册，然后送到威廉·海因斯的家中，由二人誊写一份登记卡片名单。这之后，他再将记录送至地方党支部。
两人宣称，1938年12月的一天，他们看到了钱学森的登记卡片。金普尔回忆道，因为约翰·德克尔的化名旁写着一个中国人的名字，当时他们还对这张卡片颇感好奇。“我很好奇他为什么会取德克尔这个名字作为党内代号。我想，或许他认识德克尔同志吧。”当时，在洛杉矶另一个共产党小组里，有一位名为伊内兹·德克尔（Inez Decker）的女士。两名警官当时把卡片上的内容自己抄了一份副本，这便是提交给法庭的证据。这份副本上有着“（1938 Book #NM）”和“NB”等字样，他们解释说，这代表着“1938年新党员”（new member）和“尚未领书”（no book）。
来自警方的指控听起来非常严重，但实际上，证据效力却非常低。他们并没有提交钱学森曾经入过党的直接证据。首先，他们所拥有的卡片上并没有钱学森的笔迹，而是出自金普尔之手。事实上，没人曾在任何一张党员登记卡、党员花名册或是与共产党有关的文件资料上找到过钱学森的笔迹。其次，没有证据表明，警方所掌握的这份名单是党员花名册，或是入党发展对象。最后，或许也是最奇怪的一点，当雷斯尼克夫妇被传唤出庭作证时，他们根本认不出这两位警官，而这两个人也没能认出他们。
钱学森试图向移民局解释他与威因鲍姆的关系。20世纪30年代晚期，钱学森经常充当马利纳和威因鲍姆家中的不速之客。他回忆道，偶尔在那里会碰上他不认识的人，但他以为那些都是威因鲍姆在加州理工学院的朋友。如今回想起来，钱学森承认，这些集会可能是共产党召开的小组会议。但是他对此无从知晓。“他们总是在争辩，”钱学森回忆说，“很多时候他们会因为我是中国人而来征求我的意见。”尽管在那里经常发生激烈的政治辩论，但钱学森以为，那不过是大学中常见的情形而已。
在听证会上，除了关于钱学森是否加入共产党的问题之外，他对美国政府的忠诚度问题也被加以同等关注。在某个戏剧化的环节，德尔·古奇奥问道：“如果在美国和中国之间发生冲突事件，你会为美国而战吗？”
钱学森沉默良久。他的辩护律师库珀抗议道，如果换成是他自己，可能要花上6个月的时间才能回答这个问题。对此，德尔·古奇奥语带讽刺地答道，他愿意等上6个月。最后，钱学森说：“我最终的效忠对象是中国人民。如果中美之间发生战争，而美国卷入战争的目的是为了中国人民的利益，那么我当然会为美国一方而战。”
钱学森反复强调，无论是在信仰还是行动上，他都不是一名共产党员。当被问及他更倾向于国共双方中的哪一方统治中国时，钱学森回应道，他只在乎中国人民。至于他对马克思主义和列宁主义的看法，钱学森表示，他之所以会参加在威因鲍姆家中举行的聚会，便是为了对这种哲学思想有更多的了解。但当被问到“你当时就不喜欢马克思主义和列宁主义了吗”的时候，钱学森回答说：“现在，毫无疑问，我不喜欢它们。但在那时，我仍在寻求答案的过程中。”
在听证会上，移民局向钱学森出示了一张理查德·刘易斯（Richard Lewis）的照片。当时担任特拉华大学化学教授的刘易斯曾是122教授小组的一名成员，而钱学森即被怀疑是这一组织的成员。钱学森宣称，他记不起照片上的人姓甚名谁，但看起来的确有点眼熟。1951年1月，移民局官员开始在费城对刘易斯进行审讯。最开始的时候，刘易斯拒绝作证，因为担心可能会殃及自身。但当政府表示，他在4年前接受安全检查时没有披露自己的共产党员身份，因此可能面对伪证罪的指控时，刘易斯改变了主意。
毫无疑问，刘易斯对这件事非常烦心。他对一个加州理工学院的朋友透露了他对钱学森案的疑虑。在一封写于1月8日的信中，刘易斯表示：“如果他们要求我回答关于钱学森是否是共产党员的问题，我会说，钱学森与我在同一个时期的确经常参加那些聚会，我曾经认为他可能是党员。但现在回过头再看，也有可能是因为他的外国人身份，使得他虽然实际上并非党员但依然被允许参加这些会议。我永远都不能确定他到底是不是共产党员。”
接下来的一个月，驱逐听证会在洛杉矶重新举行。移民局传讯了更多帕萨迪纳共产党支部的前成员出庭作证，但是没有一个人能够给出真正对钱学森不利的证据。在党支部掌管财政的加州理工学院生物学家雅各布·杜布诺夫说，他不记得曾经向钱学森收取过党费。另一名证人则表示，名字出现在入党发展对象名单上实在是再容易不过的事情。他举例说，除了钱学森，当时这个党支部还曾经考虑过发展加州理工学院的航空学教授克拉克·密利根入党，而后者在校园内以最激进的右翼教授而著称。曾在加州理工学院就读的一名学生回忆道：“这简直太荒谬了。我简直无法想象，像他那么右倾脑袋的人可能会听得进去共产党的那一套。”听证会因此宣告结束。普遍认为，结果应当还不错。
然而，出乎所有人的意料，听证会居然在4月份又重新举行了。这一次，理查德·刘易斯出庭作证了。在所有的证人证言中，他所给出的证词是最不利的。他说，他曾经在党小组会议上见到过钱学森，而且他相信钱学森就是个党员。但他依然表示，对此他并无证据，而且所有这些都出自猜测。弗兰克·马布尔写给冯·卡门的一封信中显示，刘易斯后来对他在加州理工学院的朋友卡尔·尼曼（Carl Niemann）表示，他当时经受了来自移民局的巨大压力，不得不出庭指证钱学森。但这一说法并未得到刘易斯本人的确认或否认。
1951年4月26日，移民局作出裁定。他们认定钱学森是“曾经加入过美国共产党的外国人”，因此必须将其驱逐出境。