在伊丽莎白女王执政前期，天花异常猖獗，一五六〇年代初期甚至演变为大流行，仿佛要淘汰掉“老弱妇孺”一般：贝德福德伯爵夫人与数百位贵族都相继患病。天花是种令人畏惧的疾病，除了威胁病患的生命外，病后痊愈的人外貌通常也都大受影响。托马斯·伦道夫便形容天花的早期症状为“头部剧痛，胃肠不适与剧烈咳嗽”。
一五六二年十月十日，伊丽莎白女王开始感受到身体不适，当时她正在汉普顿宫中。她与当时许多人一样，认为泡个热水澡，然后到户外走走就会好；但结果她反而感冒了。几个小时内，她便因高烧只能卧病在床。
伯考特医师（Dr.Burcot）是颇受敬重但脾气暴躁的德国医师，他被召入宫中医治伊丽莎白女王。他诊断为天花，但伊丽莎白女王身上连一颗疹子都没有，女王认为他不学无术，因而将他赶走。发疹情形被视为是天花大爆发的前兆，但却一点也没有，经过一天多的时间，女王高烧的情形加剧。十月十六日时，她已经病得非常严重了，首先是无力说话，接着更渐渐陷入无意识之中，这个状况维持了将近二十四个小时。宫廷御医担心女王的末日将届，紧急从伦敦召来了塞西尔。
隔天晚上，危机蛰伏，伊丽莎白女王恍恍惚惚地在意识边缘弥留，英国枢密院紧急仓促地召开集会，对于继位问题悬而未决，枢密院成员们都感到恐慌不已。若伊丽莎白女王如多数人所想般在此时离世，谁能接下英国王位呢？根据夸德拉大使的回报，接下来几天，枢密院与顾问们进行紧急磋商，政界意见分歧：激进派的新教人士赏识凯瑟琳·格雷小姐，温和派的新教团体则支持与女王血源甚远的亨丁顿伯爵。剩下的人则希望由大法官来裁决。没有任何人提及苏格兰女王玛丽·斯图亚特的名字。但毕竟政界并没有任何共识，也暗示着未来将出现分歧与厄运。
就在英国皇室准备着手进行女王追思仪式的同时，亨斯顿勋爵说服了顽强抵抗的伯考特医师——有人说他说服的筹码是一把尖锐的短刃——再度为女王进行治疗。他依据阿拉伯人最先采用，也是英国中世纪医师加德斯登的约翰（John of Gaddesden）建议的治疗方法，将女王包裹在红色法兰绒中，再让她睡在火炉旁的草褥上，接着服下一剂医师的特效药。两小时后，伊丽莎白女王奇迹般地恢复意识，甚至能开口说话。
宫廷顾问们忧心忡忡地聚集在她的病榻旁。此时她已经意识到自己病重，“死神紧紧地扼住了我，使我动弹不得，”随后她向国会代表表示，接着，她最忧心的部分，就转移到死后该如何维持政府运作。濒死之际，她只能将一切寄托在她最相信的人身上，她下令宫廷顾问们指派罗伯特·达德利作英国护国公，每年可得两万英镑的丰厚薪资。她也要求让达德利的贴身随从，就连睡眠时间都在达德利房中的坦沃斯（Tamworth），得到每年五百英镑的退休金。过去直到现在，许多人都认为，女王此举是为了封口，坦沃斯可能就是两人每次幽会时的看门狗，然而伊丽莎白女王认为能扭转定论，宣称“尽管她一直深爱着罗伯特·达德利，但有神作为见证，两人之间绝无见不得人的举动”。她当时显然认定自己即将面对最终审判，针对此事肯定不会说谎。
尽管宫廷顾问们对于她的命令感到愤怒，“但他们答应了她的任何要求”，因为她大限将至，没有人想要与她争论，让她感到为难，但夸德拉大使表示：“她的愿望不可能成真”。指定达德利为护国公只会引起政坛的权力斗争。
不久之后，伯考特医师带着一些药来到伊丽莎白女王的寝宫，就在此时，伊丽莎白女王一边呻吟着，一边发现第一波天花发疹出现在手上。
“天降瘟疫！”伯考特医师告诉充满威严的病患。“哪一个比较好？手上长了疹子，还是要长在脸上，或甚至长在致命的心窝？”他告诉焦虑不已的宫廷顾问们，出疹是个好现象，代表最糟的状况已经过去了。脓包很快会干燥，接着形成痂皮然后褪去。
从那之后，枢密院与多数臣民皆深深地松了一口气，伊丽莎白女王的健康情形大有进展——托马斯·伦道夫留下她仅卧床六天的记录——但死神之手曾那么接近，心怀感激的臣子们甚至发行硬币来纪念女王康复。对女王的生命与死神擦肩而过，“盲目的怒火与激烈的憎恨”如排山倒海而来，这样的气氛在和平稳定的政府与王位延续的不确定间一触即发，甚至有引发内战之势。恐惧让枢密院成员与国会议员们决心迫使女王尽早结婚，为国家生下一个继承人，不再犹豫，也不要再有冗长无结果的追求关系与外交协商。
在她缠绵病榻期间，伊丽莎白女王坚持只让她最宠爱的侍女贴近身边，没有人比她的好友，亨利·西得尼爵士的妻子与达德利的妹妹玛莉·西得尼小姐更全心全意地照顾她。女王身上天花留下的麻子最终褪去时，玛莉·西得尼小姐却得了天花，而且留下十分丑陋的疤痕，以至于她从此未再于宫廷内现身。玛莉·西得尼小姐生病期间亨利·西得尼爵士都在国外，后来他写下：“当我前往纽海芬时，我留下她孑然一身，她是个美丽的淑女，至少在我眼中是最美的，当我总算回国，我发现天花侮辱了她的美貌，这都是因为她不断地照顾女王陛下。而现在她只能被孤独囚禁。”
伊丽莎白女王为玛莉·西得尼小姐的悲剧感到遗憾不已，于是与她仍维持友好关系，她偶尔会在肯特郡的彭斯赫斯特庄园私下与她见面，这是西得尼家族乡间的住所。女王也会在非常罕见的情形下，说动玛莉·西得尼小姐前往皇宫，玛莉·西得尼小姐会一直躲在房里，而女王则放下所有皇室的惯例与礼仪，到她房里找她。
至于差点成为英国统治者的达德利，在十月二十日这天，伊丽莎白女王才刚赐予他每年一千英镑的退休金，同时终于将他拔擢为枢密院成员；为了维持和平，女王也将同样的荣耀赐给他的对手诺福克公爵。尽管两人之间的敌对关系一如往常地紧张，但现在在公开场合上，两人都表现出“亲密的样子”。至于达德利，为了证明自己是个忠诚又勤奋的枢密院士，他终其一生都比他人还要勤于参与院会。
到了十月二十五日，伊丽莎白女王总算恢复处理日常政务，然而对于国会将对她提出的部分要求，她也了然于心：国内的气氛与枢密院的态度，让她无法忽视大众的呼声。因此她只好设法推迟国会开会的时间，但他的顾问们一点儿也不想忍受她的拖延政策。十一月时，她与之前曾追求她的阿伦德尔伯爵亨利·菲查伦发生了火爆冲突，她也因此愤怒泪流，他坚持己见，并坚持王位继承权一事攸关全国利益，因此贵族们有权干涉。当月稍晚，伊丽莎白女王需要国会通过一笔预算，因此在毫无选择的情形下只好召开国会。
* * *
当伊丽莎白女王第二任的国会于一五六二年一月十二日召开时，国会议员们早已决心就此解决英国王位继承的棘手问题。在国会开议的仪式中，圣保罗大教堂司祭长亚利山德·诺瓦（Alexander Nowell，Dean of St.Paul’s），在达德利的命令下首先提及此事，指控女王不婚。
“就如玛丽女王的婚姻对英格兰造成的灾难一般，现在伊丽莎白女王的婚姻问题，也造成一样大的灾难。若您的父母也有相同的想法，何来有您？”他这样问女王，“呜呼！我等从何而来？”此后，伊丽莎白女王对他再也没好气。
但上下议院的议员们却一面倒地支持诺瓦，并且随即决定上下议院联手，要以委婉语气的请愿书上呈给女王陛下，呼吁她尽快成婚，或指定继位者，“让宫廷顾问们将担惊受怕，或让臣民感受到无尽的欢喜”。塞西尔非公开地支持这份请愿书——“这个问题太过深入，是我无法触及的范围”，他记录下这样的心情，“但神给了一个恰到好处的时机！”
两份请愿书的用字遣词皆谦卑，以伊丽莎白女王卧病期间对臣子们造成的恐慌为题，提醒她若未立继承人便离世将可能造成问题：
恐怖的内战、他国统治者的无情干涉，国内还可能有各派系野心勃勃的臣子叛乱暴动，贵族世家惨遭毒手，生灵涂炭，城镇遭到烧杀掳掠，人民拥有的一切包括生命与财产都会受到影响，公民权利遭到剥夺，叛国与各种灾祸将接踵而至。
臣等忧心国内异教派系，那异议不断且心怀不轨的天主教徒。自诺曼人征服英国后，大英帝国就不曾出现后继无以为定的景况。请女王陛下三思，若得后代子孙，将可带来安稳、确定与愉快的生活，也足以消弭各种阻碍与疑虑。
伊丽莎白女王总是认定，她的婚姻大事和英国王位继承问题与臣子们无关，是她的私人问题，但她无法失去国会的支持，因此只好诉诸模糊焦点与拖延战术。在一月二十八日的晚膳过后，女王在怀特霍尔宫回廊中接见了下议院代表。下议院议长单膝下跪呈上了下议院请愿书，女王“以感谢的心情”接下请愿书，接着发表了“一场完美的演说”，在演说中，女王允诺议长与议员们，自己对继位人选问题的关心与外界一致，尤其自大病初愈以来更甚之。并借由透露自己自病愈以来，继位问题便萦绕心头不去，赢得臣子的怜悯。“我最重视的不只是自己的安危，当然还有你们。”
她告诉臣子们自己非常努力，扛起难忍的重大责任。臣子们要求她指定一位继位者，但在经过审慎商议之前，她无法着手进行如此重要的问题，于是她宁愿考虑选择正确的接班人。若她的选择引发内战，臣子们都有失去性命的危险，“但我却更可能赔上性命与灵魂，”她说自己的任何行为都得为神负责。
为接班一事请愿并非臣子们的职责，女王如此劝说，但她能辨明出自爱与忠诚的人与那些挑拨离间的人之间的差异。她不想听到臣子们谈论她的身后事，毕竟她知道，自己一直都是个生死有命的凡人。她答应臣子们会多方采纳意见，给臣子们一个交代。
“因此我向诸位保证，”她以此作结，“在我死后，你们将可能经历许多继任者，但再也不会有向我如此天生自然的国母了。”
两天后，她又接见了带着上议院请愿书的代表，请愿书中同样敦促女王尽快成婚：“只要您愿意大婚，找一位适合与之成婚的人选，尽快成婚。”就算她选了罗伯特·达德利，他们也认为，选他总比不结婚好。若她拒绝婚姻，他们便只能请求她指定继位者，“毕竟统治者一死，法律随之衰败”。上议院的议员们都希望能尽快阻绝玛丽·斯图亚特的野心：“身为天生的英国人”，他们并不希望“在异邦统治者下俯首称臣”，而玛丽·斯图亚特“是个陌生人，依据英国法律，并没有接任英国王位之权”。曾经历都铎王朝四个统治者的拉尔夫·赛德勒爵士（Sir Ralph Sadler）就表示，若玛丽·斯图亚特统治英国，“就连路上的石板都会起而抗之”。
女王脸上明显表现出不悦，并告诉上议院代表，她已经答应过下议院代表，而且她已经发现“许多穷忙的人，脑袋中不断运转着不切实际的想法与无谓的判断”，但她期盼在如此重大的议题上，上议院有比强迫她更好的想法。要她结婚并非不可：“臣子们在她脸上看到的纹路并非皱纹，而是天花的遗毒，尽管她年纪大了点，神依然能如同圣依撒伯尔般，赐予她一个后裔，而议员们对于自己的提议最好深思熟虑，因为若她宣布了接班人，英格兰可能面临流血命运。”
一开始，上下两院被她展现的感激之情与雄辩的话术所蒙蔽，并没有发现这是伊丽莎白女王再度拖延的诡计；他们深深相信，女王定会逐步解决婚姻与继位问题，但事实上，她所说的话根本没有任何效力。随之而来的，是国会停止讨论继位问题，一直到二月十二日，下议院逐渐失去耐性，再度写信给女王，提醒女王上下议院都在等待她的答案。但伊丽莎白女王只是在争取时间，直到国会投票通过她的补助案。
此时，国会已然将焦点转向其他议题，如通过法案保护一五五九年的圣公会法案。这些法案从各种面向延伸了英王最高权威，并对向罗马教皇致敬与反对英国国教的人士予以惩罚。到了二月，宗教会议通过恢复亨利八世订定的圣公会三十九条信条（取代爱德华六世的四十二条信条），将英国国教的基本教义奉为圭臬：最后在一五七一年由英国国会通过。
是年四月十日，英国国会进行了休会典礼，得到了补助后的女王出席了休会典礼，并给了国玺大臣尼可拉斯·贝肯爵士一封亲笔信，里面是她针对上下议院的请愿回复的答案。因臣子们冒失的举动而愤怒不已，伊丽莎白女王先前拟了两份手稿，里面表示上下议院上呈给她的是“两大册文章”，但后来她怒气渐消，于是改掉了这些文字。最后她的亲笔信是这样的：
既然我已起誓并做出决定，若在座有人质疑我不想透过政治交易去过婚姻生活的决心（例如我的独身主义），就请他们停止这样的异议，你们必须相信那是错误的想法。那是我认为对喜欢独处的女人最好的选择，但我心里也忖度这定不符他国贵族的标准。但若我改变自己的喜好迎合诸位，我就不可能有这样的心思了。我仅盼此生能在宁静中“安然逝去”，若无法得到诸位一丝的保证，就算我身后也是无法安宁。
就是这样了。英国国会就在伊丽莎白女王形容为“没有回答的答案”中休会了，这对议员们精心起草的请愿书来说，是十分不满意的答案。
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拒绝了玛丽·斯图亚特成为伊丽莎白女王的接班人，英国上议院议员们，等于是暗中支持凯瑟琳·格雷小姐作为下一任英国女王。她支持者众多。凯瑟琳小姐与赫特福德郡勋爵自一五六一年八月起便一直在伦敦塔中，但他们并没有受到任何不好的对待。凯瑟琳小姐的牢房中悬吊着华美的帘幕与绣帷，她生活舒适，房里甚至还有土耳其地毯，她可以睡在坚固的床上，使用柔软的羽毛床垫。她的每一餐都是在牢房中由人伺候，而且她还养了一只宠物狗做伴。这一切的安排，女王全都知情，而且也都经过女王同意，但女王不知道看守凯瑟琳小姐的狱卒为了怜悯她和她的丈夫，让这对年轻的恋人时时见面，甚至在夜里还同睡在那张羽毛床上。
一五六二年秋天凯瑟琳小姐再度怀孕，在一五六三年二月生下了第二个儿子托马斯。这件事当然逃不过伊丽莎白女王的法眼，女王怒火中烧，于是下令无论如何，不准凯瑟琳·格雷小姐和赫特福德郡勋爵再见面。两人从此再也无缘相见，凯瑟琳小姐则将生命中的黄金年代，都用来为失去的爱哭泣。
赫特福德郡勋爵则被送交皇室法庭审理，他因“恣意摘取伊丽莎白皇室的处子血脉”被判有罪，甚至“一犯再犯”而加重其刑。他被判赔一万五千英镑，后下调为三千英镑。至于爱德华·华纳爵士（Sir Edward Warner），伦敦塔那位让这对小情人不时见面的好心副官，则遭到了解雇。
夏日时分，伦敦塔中出现了黑死病疫情，女王将这对年轻夫妇送往乡间，并派人严加看守，分别软禁在不同处。至此事态已然明了，伊丽莎白女王显然是将凯瑟琳·格雷小姐视为王位继承人，然是年稍后，传言凯瑟琳·格雷小姐密谋让两子合法化，消息一出，女王再度将姨甥女关回伦敦塔中，唯恐她成为叛乱者的目标。两人血缘相近，凯瑟琳小姐又育有两子，对伊丽莎白女王的王权造成非常大的威胁。此后凯瑟琳小姐便一直被囚禁在伦敦塔中，只能偶尔离开，短暂地在守卫陪同下返回萨福克郡，到克菲尔德宅邸副官的家中。赫特福德郡勋爵屡次可怜地要求能与她见面，却总是遭到断然拒绝。
凯瑟琳·格雷小姐一五六八年在克菲尔德宅中死于肺结核。女王出资为她在索尔兹伯里大教堂举办丧礼，从此对赫特福德郡勋爵不再抱着怨恨，并让他离开了伦敦塔。赫特福德郡勋爵之后至少再婚两次，而且非常长寿。至于他与凯瑟琳小姐所出的两个儿子，后来都由塞西尔负起教养之责，甚至与自己的孩子一同养育了一段时间。
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一五六三年二月，玛丽·斯图亚特也闹出了丑闻，自从返回苏格兰后，她对法国便起了思乡情怀，她雇用了一位年轻的法国人作为秘书，皮埃尔·德·沙特拉尔（Pierre de Chastelard）。玛丽·斯图亚特非常不智地展现了对这段畸恋的热爱，这个小伙子随即展开行动响应女主公的热情，苏格兰贵族们早已妒忌他的影响力，后又在玛丽·斯图亚特的床上发现了他，这严重地影响了她的名誉。皮埃尔·德·沙特拉尔随即遭到逮捕，于二月二十二日被处以极刑。
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伊丽莎白女王从天花病情中康复后，华威公爵安布洛斯·达德利带领的精兵终于出发前往法国，成功夺下了纽海芬。然而在一五六三年三月，胡格诺教派领袖落网，加上吉斯公爵遭到谋杀后，凯瑟琳·梅迪奇总算结束了这次宗教冲突。这批英国精兵显然成了冗员，但伊丽莎白女王依然拨款给他们，希望可以顺利夺回加莱港，并要求他们继续待在法国直到达成任务。只是法国恢复平静后，天主教与新教便联手转向对抗英国入侵者，致使纽海芬遭到封锁。英国的这支精兵中，竟然又出现严重黑死病疫情，严重削弱战力。过了几个月，围城态势不减，眼看夺回加莱港的希望更是渺茫。
就在此时，苏格兰女王玛丽·斯图亚特却固执地要支持她那“亲爱的姐妹、温柔的表姑与朋友”，她抗拒了吉斯派系拉拢她的所有诱惑。十一月二日这一天，玛丽·斯图亚特写信给伊丽莎白女王，表达对听闻表姑康复感到松了一口气，同时表示：“你那美丽的脸庞将依然完美无瑕。”玛丽·斯图亚特依然积极想见伊丽莎白女王，甚至更渴望表姑将她立为英国王位继承人。伊丽莎白女王也执笔写了一封文情并茂的信，表达对吉斯公爵之死的遗憾，在英国国会休会到四月后，伊丽莎白女王下令羁押约翰·黑尔斯（John Hales），这名律师写了一本册子嘲弄玛丽·斯图亚特对英国王位的觊觎，公开支持凯瑟琳·格雷小姐，并将册子广为流传。伊丽莎白女王也暂时解除尼可拉斯·贝肯爵士的圣职。
苏格兰大使威廉·梅特兰依然努力在为玛丽·斯图亚特争取成为预立继承人一事，然而伊丽莎白女王再清楚不过王位继承权是棘手的问题。王位继承权不是她能用来册封他人的礼物，这是攸关英国法纪的权利，而且就如同我们所见，竞争者间谁呼声最高也时有争议。若要英国国会接受苏格兰女王玛丽·斯图亚特为伊丽莎白女王的继承人，首先玛丽·斯图亚特就必须先表现出关心英国利益的态度，但她的婚姻关系到目前为止对此毫无帮助。伊丽莎白女王不住地向塞西尔抱怨，针对玛丽·斯图亚特与英国王位继承权的问题，她仿佛“身在迷宫中”，根本不知道该选哪条路好，但塞西尔也无法安抚她。伊丽莎白女王非常清楚，玛丽·斯图亚特的天主教倾向，致使塞西尔完全无法信任她，然而塞西尔曾警告过她，若将这个表亲完全从继承权上除名，最后两国只能走向战争这条路。塞西尔最不受欢迎的建议，就是要伊丽莎白女王尽快成婚。